Folding@Home

[gabi.2437]

No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

[davide155]

Originariamente inviato da Polpi_91

il tempo è calcolato in base al loro sistema di di riferimento, quindi loro se ti amndano un WU di 3h am il loro riferimento è un P4 @ 2.0Ghz è sicuro che ci impieghi di meno a svolgerla.

io l'ho notato quando con certe WU sono al 60% dopo 60min e mi dice tempo rimenente di oltre un'ora ma in realtà la finisco in una quarantina di minuti

Eppure i conti tornano........25% dopo 50 minuti......moltiplica i 50 minuti per quattro (25% x 4 = 100%) e ti da più di 3 ore.


Boh

[Polpi_91]

Originariamente inviato da gabi.2437

No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

per rosetta lo so che al WU la determino io, io parlavo di altri progetti tipo ABC o SETI dove la lunghezza non la determino io

[davide155]

Originariamente inviato da gabi.2437

No, semplicemente perchè le WU di Rosetta macinano modelli per un tempo determinato dall'utente E di default è 3 ore, quindi per 3 ore macina modelli sulla WU, poi chiude e spedisce quelli fatti (ah non è che a 3 ore chiude e scarta quello a metà che sta facendo eh, lo porta a termine l'ultimo... non che di solito ci voglia molto). Più potente è il processore, più modelli fai in quel periodo e più punti fai

Puoi cambiare il periodo, 3 ore, 6 ore etc fino a 24ore... qua abbiamo 6ore noi di Flotta

Ahhhhhhhh..........quindi non è che ti danno un pacchetto da sgretolare.
Ti danno un tot di tempo e più pacchetti sgretoli in quel tempo e più crediti ti danno.

Ho capito........è un sistema diverso dal folding. E' per questo che non ci arrivavo......

[gabi.2437]

Polpi si riferiva a folding E ciò che dice ha senso infatti, ma per folding...te invece parli di rosetta (folding non è su BOINC)

Yep, tra Folding e Rosetta c'è proprio una differenza di metodi, non sono due progetti identici, studiano le proteine ma con metodi diversi, diciamo che quello di Folding è più preciso e rigoroso perchè simula i movimenti della proteina passo passo fino alla fine, cosa che però è MOLTO MOLTO MOLTO pesante come richiesta di potenza di calcolo! Una proteina fa un sacco di movimenti casuali prima di trovare la sua forma finale

Rosetta no, cerca la forma con minor energia, ovvero quella che alla fine assume la proteina (se faccio cader un qualcosa a terra, questo raggiunge la posizione con minor energia, ovvero a terra, non rimane sospeso a mezz'aria) e lo fa buttando a random milioni e milioni di tentativi (se guardi il grafico vedi che appunto ci son le strutture, una è la migliore di quel modello, una è l'ultima considerata valida e l'altra è quella attuale, che di solito cambia MOLTO velocemente (migliaia al secondo nella ricerca a bassa risoluzione, di meno quando passa poi a quella ad alta), non a caso ovviamente! Ma sfruttando algoritmi fatti apposta per beccare la struttura finale nel modo più efficiente possibile (il tentativo con la proteina a forma di pikachu ecco non lo tenta neanche)
Funziona? Si e anche molto bene, come dimostrano i vari paper e i grafici dove sovrappongono la struttura simulata a quella reale

[Polpi_91]

edit: già chiarito

[davide155]

Si si parlavo di rosetta........avevo anche specificato BOINC.
Ma non rosetta

[Polpi_91]

Originariamente inviato da davide155

Si si parlavo di rosetta........avevo anche specificato BOINC.
Ma non rosetta

Folding ti da un pacchetto e lo lavori finchè non è finito
Rosetta invece ti da un apcchetto e lo lavori per un tempo che decidi tu

[gabi.2437]

Che poi approfondendo, quelli di Folding ti dan la proteina e ti dicono "simulami cosa fanno i suoi atomi per questo tot di tempo", Rosetta invece "piglia sta proteina e ripiegala di modo da farmi dei modelli attinenti alla realtà, ti dò 3 ore (di default)"
Per questo per Folding è importante restituir la WU in fretta, il passaggio successivo non si può fare finchè non ritorna il risultato precedente

Insomma, si monta la simulazione totale un pacchetto alla volta! E nel log file potete vedere all'inizio dell'elaborazione "run clone gen" che vi dice che punto del ramo dell'enorme albero della simulazione di quella proteina (ovviamente si portano avanti più simulazioni di una proteina, magari in un caso gli atomi decidono di piegarsi in un modo mentre nell'altra decidono di piegarsi di là, tutto è regolato dall'agitazione atomica, pura fisica!) fa parte la WU

[davide155]

Capito........sono due modi diversi per fare la stessa cosa.

[gabi.2437]

Esatto, entrambi efficienti, mi preme di ricordare (insomma che non si venga a dire che rosetta è "ah quelli che fan le proteine tirando la monetina" )

[davide155]

Originariamente inviato da gabi.2437

E sotto messages potete vedere all'inizio dell'elaborazione "run clone gen" che vi dice che punto del ramo dell'enorme albero della simulazione di quella proteina (ovviamente si portano avanti più simulazioni di una proteina, magari in un caso gli atomi decidono di piegarsi in un modo mentre nell'altra decidono di piegarsi di là, tutto è regolato dall'agitazione atomica, pura fisica!) fa parte la WU

Questa cosa non la vedo.......in che punto esatto del programma?

[gabi.2437]

Preparing to commence simulation
[18:38:43] - Looking at optimizations...
[18:38:43] - Files status OK
[18:38:44] - Expanded 88445 -> 447304 (decompressed 505.7 percent)
[18:38:44] Called DecompressByteArray: compressed_data_size=88445 data_size=447304, decompressed_data_size=447304 diff=0
[18:38:44] - Digital signature verified
[18:38:44]
[18:38:44] Project: 4744 (Run 6, Clone 407, Gen 3)
[18:38:44]
[18:38:44] Assembly optimizations on if available.
[18:38:44] Entering M.D.
[18:38:50] Will resume from checkpoint file
[18:38:50] Working on p4744_lam5w_300K
[18:38:50] Client config found, loading data.
[18:38:50] Starting GUI Server
[18:38:53] Resuming from checkpoint
[18:38:53] Verified work/wudata_09.log
[18:38:53] Verified work/wudata_09.edr
[18:38:54] Verified work/wudata_09.xtc
[18:38:54] Completed 12%
[18:42:37] Completed 13%
[18:46:20] Completed 14%

Quando comincia (o riprende se fai partire il programma) una WU

[davide155]

Originariamente inviato da gabi.2437

Quando comincia (o riprende se fai partire il programma) una WU

Non ce l'ho quella voce, cmq se ce l'avessi cosa dovrei schiacciare? Sopra quella scritta "clone"?

[gabi.2437]

Ma no, apri il log file e cerca, non c'è niente da cliccare, è solo una curiosità

(in effetti messages è su boinc, su folding status-->log file ma il succo è quello)

[davide155]

Originariamente inviato da gabi.2437

Ma no, apri il log file e cerca, non c'è niente da cliccare, è solo una curiosità

(in effetti messages è su boinc, su folding status-->log file ma il succo è quello)

Ahhhhhhhhhh vabbè.......ti dice il nome in codice.

Su ps3 invece è fatto molto meglio. In pratica pigiando un tasto ti dice tutta la descrizione della proteina che stai elaborando, che tipo è, a cosa serve e che risultato può restituire. Credo si possa fare anche con folding cpu e gpu. Ma non ho mai provato.

[gabi.2437]

Per pc se vai sul sito puoi cercare i vari progetti e ti dà una piccola descrizione

[davide155]

Originariamente inviato da gabi.2437

Per pc se vai sul sito puoi cercare i vari progetti e ti dà una piccola descrizione

E' si si infatti.......

[davide155]

No ragazzi c'è qualcosa che non va in boinc.

Adesso anche dopo un ora e mezzo mi da 100% WU completata. Pronta da riportare.

Non è che l'overclock produce errori di calcolo e non finisce la WU?

Ps: Noto ora che fra le opzioni di boinc c'è scritto "cambia applicazione ogni 60minuti". I minuti si possono cambiare a piacimento. Forse è questa che dopo 1 ora cambia WU e non è l'overclock??

[Polpi_91]

Originariamente inviato da davide155

No ragazzi c'è qualcosa che non va in boinc.

Adesso anche dopo un ora e mezzo mi da 100% WU completata. Pronta da riportare.

Non è che l'overclock produce errori di calcolo e non finisce la WU?

Ps: Noto ora che fra le opzioni di boinc c'è scritto "cambia applicazione ogni 60minuti". I minuti si possono cambiare a piacimento. Forse è questa che dopo 1 ora cambia WU e non è l'overclock??

quell'opzione cambia automaticamente la WU su cui il PC lavora ogni ora, mettendone una in pausa e facendone partire un'altra che hai in coda.

L'oc riduvce i tempi. io ho una serie dei WU di seti da 57 minuti che le finisco in 45/47 min