Inserire Certificato dentro un Keystore

[stex1984]

ciao,
ho un certificato di una CA (fatta con openssl), in formato pem (cacert.pem) ed un certificato firmato dalla CA (miocertificato.cer).
ora da java devo importare tali certificati nel keystore, ma non ho la minima idea di come si faccia. prima il .pem, in quanto è quello della CA e poi il .cer.
posto il codice che ho scritto fin'ora.

FileInputStream fiscert = new FileInputStream("cacert.pem");
BufferedInputStream biscert= new BufferedInputStream(fiscert);
CertificateFactory cf = CertificateFactory.getInstance("X.509");
java.security.cert.Certificate cert = null;
while (biscert.available() > 0) {
        cert  =  cf.generateCertificate(biscert);
}
fis = new java.io.FileInputStream("keystore.jks");
ks.load(fis, password);
ks.setCertificateEntry("ca", cert);

fatto questo, apro il mio file keystore.jks, ma non compare il certificato della ca...
aiuto!!!