Progetti BOINC seguiti dal team - Guida rapida per partecipare

[GHz]

Il team di Hardware Upgrade è presente in diversi progetti di calcolo distribuito che utilizzano la piattaforma BOINC. Di seguito l'elenco, con una breve descrizione per ciascuno ed alcuni link per aprrofondimenti (grazie per l'aiuto alla stesura ad alcuni membri del team). Nel secondo post trovate le istruzioni per partecipare in pochi passi ed iniziare subito ad elaborare con il team di HWU!

Seti@home


Seti@Home è uno dei più noti progetti di calcolo distribuito disponibili on line. In assoluto il progetto che ha risosso il maggior successo, sia in numero di partecipanti, che in quantità di potenza elaborativa. Lo scopo di questo progetto è la ricerca di segnali di intelligenza extraterrestre tramite l'analisi di segnali radio.
I moderni radiotelescopi riescono a scandagliare il cielo alla ricerca di informazioni di vario tipo, nella forma di onde radio. Questi dati devono ovviamente essere elaborati per poter stabilire se siano presenti informazioni di vario tipo (ad esempio, nel nostro caso, segnali provenienti da una intelligenza extraterrestre) e i computer rappresentano uno strumento ideale (per non dire l'unico). I ricercatori dell'università di Berkeley hanno intuito come fosse possibile suddividere l'enorme mole di dati da elaborare tra i PC di tutti coloro che desiderano collaborare a questo progetto di ricerca: la disponibilità di accessi internet ha reso questa ipotesi facilmente realizzabile e, per questo motivo, è nato il progetto Seti@home.
Con questo progetto vengono analizzati i dati delle registrazioni effettuate con il grande radiotelescopio di Arecibo (vedi foto sotto). Semplificando, le registrazioni radio (effettuate ad una determinata frequenza) siddivise in tante piccole parti ed inviate ai pc dei partecipanti, dove il client provvede all'eliminazione dei disturbi ed alla ricerca di vari tipi di segnale.



Hardware Upgrade è presente in questo progetto da diversi anni, ed oggi è ai vertici delle classifiche italiane e mondiali, grazie al costante contributo di tutti i membri del team.

Homepage progetto: http://setiweb.ssl.berkeley.edu
Link al team: http://setiweb.ssl.berkeley.edu/team...p?teamid=30265
Info ed approfondimenti: http://seticlassic.ssl.berkeley.edu/learnmore.html
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...r=sah&id=30265

climateprediction.net


Il progetto climateprediction è il più grande esperimento di previsione climatica a lungo termine. Questo progetto utilizza complessi algoritmi e modelli per determinare il mutamento e l'evoluzione del cliema del nostro pianeta. Ad ogni client viene inviato un modello da simulare, ed ogni client genera una sua previsione di come cambierà il tempo nei prossimi anni. Se vengono oltrepassati certi parametri, ovvero il modello non è buono, il calcolo verrà interrotto e verrà iniziato un nuovo modello. Per simulare con precisione, viene eseguita un calcolo partendo dal passato, per poi arrivare ai giorni nostri ed al prossimo futuro. E' possibile visualizzare l'avanzamento del calcolo su un bel grafico 3D, che visualizza temperature, precipitazioni, nuvole, pressione, ec altri dati relativi alla simulazione.



Homepage progetto: http://climateapps2.oucs.ox.ac.uk/cpdnboinc/index.php
Link al team: http://climateapps2.oucs.ox.ac.uk/cp...hp?teamid=2091
Info ed approfondimenti: http://www.climateprediction.net/science/index.php
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...r=cpdn&id=2091

BBC Climate Change Experiment


Questo progetto, lanciato da poco sempre dal team di climateprediction in collaborazione con la BBC, ha lo scopo di studiare in maniera più efficace l'evoluzione climatica del pianeta. Per questo serve una grossa potenza di calcolo, ed i requisiti minimi per i pc dei partecipanti sono piuttosto elevati. Questi modelli sono molto più dettagliati, ed introducono molte nuove variabili.



Homepage progetto: http://bbc.cpdn.org
Link al team: http://bbc.cpdn.org/team_display.php?teamid=779
Info ed approfondimenti: http://bbc.cpdn.org/help.php
Statistiche team:: http://www.boincstats.com/stats/team...?pr=cce&id=779

Seasonal Attribution Project


Un'altro nuovo progetto relativo allo studio del clima, realizzato in collaborazione con il team di climateprediction.net e con l'appoggio del WWF. Lo scopo di questo progetto è capire in che misura è possibile attribuire la causa di certi eventi climatici estremi e catastrofici all'influenza dell'uomo sul clima. Anche in questo caso vengono utilizzati modelli matematici sofisticati ed abbastanza pesanti da elaborare. L'analisi viene fatta dalla comparazione dei risultati dei vari modelli, eseguiti con parametri diversi. Piccole variazioni iniziali, possono portare a grandi differenze finali (viene citato sul sito il famoso "Butterfly Effect": http://en.wikipedia.org/wiki/Butterfly_effect ). Per questo c'è bisogno di eseguire tantissimi modelli diversi e c'è bisogno di una grande potenza di calcolo.



Homepage progetto: http://attribution.cpdn.org/
Link al team: http://attribution.cpdn.org/team_display.php?teamid=48
Info ed approfondimenti: http://attribution.cpdn.org/about.php
Statistiche team:: http://www.boincstats.com/stats/team...p?pr=sap&id=48

Einstein@home


In onore di Albert Einstein, che nella sua teoria generale della relatività aveva avanzato l'ipotesi che la gravità generata dai corpi spaziali distorce il tempo e lo spazio, i ricercatori del Laser Interferometer Gravitational Wave Observatory (LIGO) hanno dato inizio alla ricerca di queste onde di gravità provenienti dalle pulsar.



Homepage progetto: http://einstein.phys.uwm.edu/
Link al team: http://einstein.phys.uwm.edu/team_di...hp?teamid=1561
Info ed approfondimenti: http://einstein.phys.uwm.edu/PartialS3Results - http://einstein.phys.uwm.edu/starsphere.php
Statistiche team:: http://www.boincstats.com/stats/team...nstein&id=1561

Predictor@home

Questo progetto si occupa di trovare nuove strutture proteiche partendo da una sequenza di aminoacidi, tentando di predirne la piegatura ed il funzionamento a priori, cioè, in assenza di conoscenza strutturale dettagliata, o dall'omologia con altra conosciuta, ma non identica, proteina.



Homepage progetto: http://predictor.scripps.edu
Link al team: http://predictor.scripps.edu/team_di...hp?teamid=1079
Info ed approfondimenti: http://predictor.scripps.edu/predictor_model.php - http://predictor.scripps.edu/scienti...te_gallery.php
Statistiche team:: http://www.boincstats.com/stats/team...pr=pah&id=1079

LHC@home

LHC sta per Large Hadron Collider, che è il più grande e potente acceleratore di particelle mai costruito. Questo progetto aiuta a migliorare la struttura e la ricerca dell'LHC, simulando il viaggio delle particelle attaverso il tunnel lungo 27 Km. Con l'aiuto delle informazioni calcolate gli addetti che controllano l'acceleratore possono calibrare il tutto con maggiore precisione.



Homepage progetto: http://lhcathome.cern.ch
Link al team: http://lhcathome.cern.ch/team_display.php?teamid=595
Info ed approfondimenti: http://athome.web.cern.ch/athome
Statistiche team:: http://www.boincstats.com/stats/team...?pr=lhc&id=595

[GHz]

Rosetta@home


Rosetta@home è un progetto medico, con lo scopo di determinare la forma tridimensionale delle proteine in una ricerca che mira a trovare cure per alcune tra le maggiori malattie umane. Facendo girare Rosetta sul tuo computer aiuti ad accelerare ed estendere le ricerche. Aiuterai inoltre anche gli sforzi di disegnare nuove proteine per combattere malattie quali l'HIV, la malaria, il cancro e l'Alzheimer (vedi link approfondimento sotto). Giornamlente sul sito vengono riportate le migliori proteine trovate ed i rispettivi utenti che le hanno elaborate.



Homepage progetto: http://boinc.bakerlab.org/rosetta
Link al team: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/te...php?teamid=276
Info ed approfondimenti: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_science_faq.php - http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_graphics.php - http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_research.php
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...rosetta&id=276

SIMAP - Similarity Matrix of Proteins


SIMAP è una database pubblico di somiglianze tra proteine precalcolate, che contiene tutte le sequenze proteiche attualmente conosciute e viene continuamente aggiornato.
Le proteine sono molecole di polimeri lineari, composte da monomeri di aminoacidi che vanno a formare le cosiddette "catene" proteiche. Il ripiegamento delle proteine dipende dalla sequenza di aminoacidi che le compongono, infatti ognuno di essi avrà proprie caratteristiche geometriche ed elettriche che determineranno la loro posizione nello spazio. Spesso le diverse proteine si differenziano solo per il numero o l'ordine dei loro aminoacidi.
Il discorso poi diventa più complesso se si va ad analizzare la struttura proteica, perchè esistono proteine più semplici dove le varie catene di aminoacidi sono singole, altre in cui si hanno tre catene affiancate, altre che formano dei foglietti di catene sovrapposti tra loro.
In pratica con questo progetto si studia la struttura della proteina e si fanno comparazioni tra strutture simili per poi catalogare tutto in un database accessibile a tutti.

Homepage progetto: http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap
Link al team: http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsim...php?teamid=530
Info ed approfondimenti: http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/project.php
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...r=simap&id=530


Leiden Classical


Scopo del progetto e' la creazione di una rete di pc da sfruttare per risolvere problemi scientifici che richiedono notevoli potenze di calcolo per poter essere simulati. Questa rete puo' essere usata sia da scenziati che da studenti che non hanno accesso a supercomputer o altre reti di computer. Possono usare questa rete anche gli stessi partecipanti (qualora il loro progetto abbia una valenza rilevante ). La speranza e' di avere un numero sufficientemente alto di pc nella rete tale da garantire sempre l'elevata potenza di calcolo necessaria alle ricerche che verranno portate avanti con questo progetto. Leiden classical è indicato per le simulazioni fisico/meccaniche dinamiche, ed il codice sorgente è disponibile sul sito. E' disponibile anche la documentazione sulle potenzialità del client per poter eseguire simulazioni e sviluppare progetti.



Homepage progetto: http://boinc.gorlaeus.net
Link al team: http://boinc.gorlaeus.net/team_display.php?teamid=146
Info ed approfondimenti: http://boinc.gorlaeus.net/download/classical.poster.pdf (+ vedi i vari link nella home page del progetto)
Statistiche team: http://www.boincsynergy.com/stats/te...46&project=ldn


uFluids


La prima u sta per la lettera greca "µ" simbolo di micro ovvero 10^(-6).

Lo scopo del progetto e' la simulazione del comportamento e della stabilita' dei fluidi a 2 fasi in condizioni di microgravita' e microfluidita'. Il fine di questa simulazione e' la creazione di migliori dispositivi per la gestione del propellente per satelliti. Ma anche riuscire a indirizzare meglio un fluido all'interno di un mircocanale o di un MEMS , ovvero microsistemi elettromeccanici (tipo micropompe). Nel primo caso pensate a quando invece di portare propellente (solido) al motore la pompa (di benzina ) porta del gas, per una errata gestione dello stesso, e' molto pericoloso! Nel caso dei MEMS uno dei problemi da risolvere e' la creazione di bolle all'interno di un microcanale o micropompa che bloccano il fluido. Sebbene queste possano essere eliminate con un aumento della pressione del fluido, cio' non e' sempre possibile su scale molto piccole, perche' le pompe potrebbero non essere sufficientemente potenti. Per ovviare a cio' si puo' modificare la topologia della pompa e del microcanale, che e' quello che si sta cercando di fare.

Homepage progetto: http://www.ufluids.net
Link al team: http://www.ufluids.net/team_display.php?teamid=383
Info ed approfondimenti: -
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...ufluids&id=361


SZTAKI Desktop Grid


Il progetto ha finalità puramente matematico/teoriche. Anche se gli stessi autori vedono già delle possibili applicazioni in crittografia.
Nella pratica stanno cercando tra le matrici 11x11 quelle che hanno le condizioni necessarie e sufficienti a generare un sistema di numeri. Il perchè debbano essere proprio 11x11 non si capisce bene, dicono solo che per loro il caso 11 sembra risolvibile (il caso 10 è stato già concluso). Concentrano invece l'attenzione sul fatto che vogliono riuscire a trovare le matrici per cui ogni vettore dello spazio abbia una sua rappresentazione finita nella base formata da queste matrici con cifre che siano solo i numeri da 0 a 10.
Fanno notare inoltre che, a differenza della rappresentazione canonica, dove vettori "vicini" hanno coordinate simili, in questa nuova rappresentazione ciò non è più vero. E da qui si può pensare alle applicazini in crittografia (chiavi simili portano a soluzioni molto diverse tra loro).
Quello che chiedono ai nostri pc è di elaborare una grandissima quantità di matrici candidate per trovare quelle buone. Le matrici candidate sono fortunatamente in numero finito ma tale numero è sfortunatamente funzione esponenziale della dimensione delle matrici stesse (11). Più tecnicamente l'output che ottengono non sono le matrici ma i loro polinomi caratteristici.
Vanno poi ancora oltre e considerano anche potenze negative delle matrici nella rappresentazione dei vettori e hanno trovato che la rappresentazine non è più unica, ma anche che la frontiera dell'insieme dei vettori rappresentabili è formata da vettori con rappresentazione in seire di sole potenze negative e che tale frontiera è un frattale, cioè ha dimensione frazionaria.

Homepage progetto: http://szdg.lpds.sztaki.hu/szdg
Link al team: http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsim...php?teamid=530
Info ed approfondimenti: http://compalg.inf.elte.hu/projects/binsys
Statistiche team: http://www.boincstats.com/stats/team...pr=szdg&id=483

[GHz]

Guida rapida per partecipare

In 4 semplici passi è possibile iniziare subito ad elaborare per uno o più progetti. Vediamo come:

1. DONWLOAD BOINC: scaricare l'ultima versione di BOINC per il vostro sistema da qua: http://boinc.berkeley.edu/download.php
2. INSTALLARE BOINC:
   • WINDOWS: una volta scaricato, eseguire il setup, e scegliere la modalità di installazione preferita (single user, multi, o servizio). Se non si hanno particolari esigenze è consigliato lasciare la scelta di default, ovvero single user e proseguire fino alla fine del wizard di installazione.
   • LINUX: il file scaricato è un archivio autoestraente. Aprite una shell, portatevi nella directory dove è stato scaricato il client e digitate:

     sh boinc_5.2.13_i686-pc-linux-gnu.sh

     (sostituendo ovviamente il nome del file se differente da questo di esempio). Eseguendo questo viene creata una cartella BOINC con dentro i file dell'archivio. Chiudete adesso la shell e tramite KDE (o il vostro windows manager) entrate nella cartella BOINC appena creata ed avviate BoincManager.
   • MAC OSX: aprire l'archivio zip cliccandoci sopra se non è già aperto. Cliccare su BOINC.pkg per avviare l'installer e seguire le indicazioni che compaiono. Una volta terminato, chiudete l'installer e verrà automaticamente avviato il BoincManager.
3. CREAZIONE ACCOUNT ED AGGANCIO AL PROGETTO: alla prima apertura del BoincManager, il client BOINC farà il benchmark del PC, lo potete vedere nella finestra "Messages". Attendete quindi un minuto prima di fare qualsiasi operazione. Dato che non c'è nessun progetto, automaticamente dovrebbe avviarsi la procedura guidata di aggancio ad un progetto (procedura di attach). Cliccate su avanti, e vi verrà chiesto l'url del progetto al quale volete partecipare. Il link è quello dell'homepage del progetto, che trovate nella lista dei progetti qui sopra. Una volta selezionato quello che preferite, incollatelo nella casella e cliccate su avanti. Dopo qualche secondo BOINC vi chiederà se siete nuovi utenti o se avete già un account. Selezionate la voce giusta e riempite il form con i dati richiesti (email e password). Cliccate su avanti, e se tutto va bene, verrà scritto che la procedura di attach è andata a buon fine. Chiudere quindi il wizard, e controllate nella finestra "Project" se effettivamente c'è il progetto. Una volta agganciati, BOINC provvederà a scaricare i file necessari dal server del perogetto ed iniziare ad elaborare. Controllate nella finestra "Task" le work unit ed il loro stato.
   I nuovi utenti riceveranno una mail dal pogetto con i dati dell'account, conservateli in modo sicuro.
4. JOIN AL TEAM: una volta avviata l'elaborazione, non resta che far entrare il vostro account nel team di HWU. Cliccate sul link del team riportato nella lista sopra relativo al progetto al quale vi siete agganciati. Nella pagina del team cliccate sul link "JOIN" e poi date conferma. Vi verrà richiesto di fare il login, e voi inserite i dati immessi precedentemente dal BoincManager (mail e passoword). Date conferma ed alla fine vi verrà scritto che siete dentro!

Per maggiori informazioni sul funzionamento, utilizzo e configurazione di BOINC è disponibile la guida completa QUA

[GHz]

Ecco la nuova guida rapida ai progetti ed allo scaccolo da mettere in rilievo

Ancora non è completa, ci mancano le descrizioni di alcuni progetti e magari per altri si potrebbe migliorare. Sulla medicina e sulla fisica ci capisco poco, quindi chi ne sa qualcosa può dare il proprio contributo per completare e migliorare questa guida, magari indicando link, immagini, aggiunte, modifiche dove ritiene opportuno. Wubby e iCasty controllate la parte dell'installazione di BOINC per linux e mac, quella per linux l'ho provata almeno una volta, quella per mac ho solo letto la guida sul sito di BOINC e ho fatto una traduzione, spero vada bene
Sicuramente c'è da sistemare qualche errore, vista l'ora dei vari post quindi segnalate pure

Quando sarà ok verranno messi in rilievo solamente i primi 3 post ed il topic chiuso.

Ciao,
GHz

[ConanSeldon]

Spero di non aver fatto una cavolata a risponderti qui... nel caso sorry.
Ho fatto una minitraduzione rielaborata x rosetta, vedi se ti può essere d'aiuto.

Rosetta@home ha bisogno del tuo aiuto per determinare la forma tridimensionale delle proteine in una ricerca che mira a trovare cure per alcune tra le maggiori malattie umane. Facendo girare Rosetta sul tuo computer ci potresti aiutare ad accelerare ed estendere le nostre ricerche. Ci aiuterai inoltre anche nei nostri sforzi di disegnare nuove proteine per combattere malattie quali l'HIV, la malaria, il cancro e l'Alzheimer.


Ciao GHz.

[Il Capitano]

Leiden classical.

Scopo del progetto e' la creazione di una rete di pc da sfruttare per risolvere problemi scientifici che richiedono notevoli potenze di calcolo per poter essere simulati. Questa rete puo' essere usata sia da scenziati che da studenti che non hanno accesso a supercomputer o altre reti di computer. Possono usare questa rete anche gli stessi partecipanti (qualora il loro progetto abbia una valenza rilevante ). La speranza e' di avere un numero sufficientemente alto di pc nella rete tale da garantire sempre un'elevata potenza di calcolo.

Ps non c'e' niente di mio qui, ho solo tradotto un po' di roba dal loro sito, spero vada bene.

[zena]

"SIMAP è una database pubblico di somiglianze tra proteine precalcolate, che contiene tutte le sequenze proteiche attualmente conosciute e viene continuamente aggiornato."

In pratica si studia la struttura della proteina e si fanno comparazioni tra strutture simili.





Appena ho un po' di tempo potrei anche fare un breve riassunto di cosa siano le proteine e le loro principali caratteristiche...


EDIT:Le proteine sono molecole di polimeri lineari, composte da monomeri di aminoacidi che vanno a formare le cosiddette "catene" proteiche. Il ripiegamento delle proteine dipende dalla sequenza di aminoacidi che le compongono, infatti ognuno di essi avrà proprie caratteristiche geometriche ed elettriche che determineranno la loro posizione nello spazio. Spesso le diverse proteine si differenziano solo per il numero o l'ordine dei loro aminoacidi.

Il discorso poi diventa più complesso se si va ad analizzare la struttura proteica, perchè esistono proteine più semplici dove le varie catene di aminoacidi sono singole, altre in cui si hanno tre catene affiancate, altre che formano dei foglietti di catene sovrapposti tra loro.







arriveranno altri dettagli...

[Il Capitano]

uFluids

dove la prima u sta per la lettera greca \mu simbolo di micro ovvero 10^(-6).

Lo scopo del progetto e' la simulazione del comportamento e della stabilita' dei fluidi a 2 fasi in condizioni di microgravita' e microfluidita'. Il fine di questa simulazione e' la creazione di migliori dispositivi per la gestione del propellente per satelliti. Ma anche riuscire a indirizzare meglio un fluido all'interno di un mircocanale o di un MEMS , ovvero microsistemi elettromeccanici (tipo micropompe). Nel primo caso pensate a quando invece di portare propellente (solido) al motore la pompa (di benzina ) porta del gas, per una errante gestione dello stesso, e' molto pericoloso! Nel caso dei MEMS uno dei problemi da risolvere e' la creazione di bolle all'interno di un microcanale o micropompa che bloccano il fluido. Sebbene queste possano essere eliminate con un aumento della pressione del fluido, cio' non e' sempre possibile su scale molto piccole, perche' le pompe potrebbero non essere sufficientemente potenti. Per ovviare a cio' si puo' modificare la topologia della pompa e del microcanale, che e' quello che si sta cercando di fare.

PS. Il discorso e' semplificato dagli stessi addetti ai lavori, ma rende l'idea degli obiettivi che si vogliono raggiungere. Fasix puo' essere piu' preciso di me.

PS La topologia e' una branca della matematica, ma potete pensare ad essa come cio' che descrive geometricamente come e' fatto un oggetto (se ci sono o meno buchi, gobbe, spigoli ecc)

[fasix]

chiedete... per quello che so.. sono disponibile :d

[Il Capitano]

Originariamente inviato da fasix

chiedete... per quello che so.. sono disponibile :d

Solo un'occhiata se quello che ho scritto su ufluids e' corretto grazie

[wubby]

Originariamente inviato da ConanSeldon

Facendo girare Rosetta sul tuo computer ci potresti aiutare ad accelerare ed estendere le nostre ricerche.

Io metterei: potresti aiutarci. Lo trovo piu' leggibile!

[fasix]

Ghz... ma SzTaki@Home non lo hai messo nella lista? perche?

[fasix]

Il progetto ha finalità puramente teoriche. Anche se gli stessi autori vedono già delle possibili applicazioni in crittografia.

Nella pratica stanno cercando tra le matrici 11x11 quelle che hanno le condizioni necessarie e sufficienti a generare un sistema di numeri. Il perchè debbano essere proprio 11x11 non lo dicono, dicono solo che per loro il caso 11 sembra risolvibile. Concentrano invece l'attenzione sul fatto che vogliono riuscire a trovare le matrici per cui ogni vettore dello spazio abbia una sua rappresentazione finita nella base formata da queste matrici con cifre che siano solo i numeri da 0 a 10.

Fanno notare inoltre che, a differenza della rappresentazione canonica, dove vettori "vicini" hanno coordinate simili, in questa nuova rappresentazione ciò non è più vero. E da qui si può pensare alle applicazini in crittografia (chiavi simili portano a soluzioni molto diverse tra loro).

Quello che chiedono ai nostri pc è di scaccolare tra tutte le matrici candidate per trovare quelle buone. Le matrici candidate sono fortunatamente in numero finito ma tale numero è sfortunatamente funzione esponenziale della dimensione delle matrici stesse (11). Più tecnicamente l'output che ottengono non sono le matrici ma i loro polinomi caratteristici.

Vanno poi ancora oltre e considerano anche potenze negative delle matrici nella rappresentazione dei vettori e hanno trovato che la rappresentazine non è più unica, ma anche che la frontiera dell'insieme dei vettori rappresentabili è formata da vettori con rappresentazione in seire di sole potenze negative e che tale frontiera è un frattale, cioè ha dimensione frazionaria.



PS: tratto da un post de Il Capitano...

[GHz]

Ops, mi sono scordato di Sticazzi destop grid

Grazie per gli aiuti, appena posso finisco di sistemare

Se avete altre cose da poter inserire o commenti postate pure

Ciao,
GHz

[zena]

Le proteine sono composti organici complessi, costituenti fondamentali di tutte le cellule animali e vegetali. Dal punto di vista chimico, una proteina è un polimero (o anche una macromolecola) costituita da un insieme di 20 diversi monomeri detti amminoacidi spesso in associazione con altre molecole e/o ioni metallici (in questo caso si parla di proteina coniugata). Le proteine hanno una organizzazione tridimensionale (struttura) molto complessa a cui è associata sempre una funzione biologica.Possono essere classificate in due grandi famiglie: le proteine globulari e le proteine a struttura estesa o fibrosa. (Queste due organizzazioni riflettono le due grosse separazioni funzionali che le contradistinguono).

Una proteina nella sua organizzazione nativa, e quindi funzionalmente attiva, può esistere solo in soluzioni saline diluite e la sua struttura dipende esclusivamente dalle caratteristiche chimico-fisiche della soluzione acquosa in cui si trova (pH, presenza di ioni salini, temperatura, pressione, presenza di composti organici come urea, alcoli, ecc.). Il variare di questi parametri può determinare delle modifiche nella struttura (cambi strutturali o conformazionali) che possono alterare le proprietà funzionali, fino ad annullarle (proteina denaturata).

Gli amminoacidi presenti negli organismi viventi sono numerosissimi ma solo venti di essi (tutti della serie stereochimica L) sono sottoposti al controllo genetico, come conseguenza dei processi evolutivi, e contenuti nelle proteine.

Struttura
La proteina può essere paragonata ad una struttura tridimensionale articolata su 4 livelli, in relazione fra di loro.

La struttura primaria è formata dalla sequenza specifica degli amminoacidi, dalla catena peptidica e dal numero stesso delle catene.
La struttura secondaria consiste nella configurazione spaziale delle catene;
ad esempio la conformazione a spirale (o ad alfa elica), mantenuta e consentita dai legami a idrogeno, quella del collageno a pieghe (detta anche a foglio ripiegato) o quelle globulari appartenenti al gruppo KEMF (cheratina, epidermina, miosina, fibrinogeno).

La struttura terziaria è rappresentata dalla configurazione tridimensionale che la catena polipeptidica assume nell'ambiente in cui si trova, che viene anche consentita e mantenuta anche dalle forze di Van der Waals. Gran parte delle strutture terziarie può essere classificato come globulare o fibrosa. In generale la struttura terziaria deriva dalle interazioni che i gruppi R, idrofobi e idrofili, del polipeptide, hanno con l'ambiente in cui si trovano. Dal punto di vista della termodinamica è la forma con la più bassa energia libera.
La struttura quaternaria è quella che deriva dall'associazione di due o più unità polipeptidiche, unite tra loro da legami deboli (e a volte ponti disolfuro) in un modo molto specifico, come ad esempio avviene nella costituzione dell'enzima fosforilasi, costituito da quattro sub-unità, o dall'emoglobina, la molecola responsabile del trasporto dell'ossigeno nell'organismo.
Le proteine che contengono anche una parte non polipeptidica, gruppo prostetico, sono dette proteine coniugate.

La conformazione spaziale di una proteina è fondamentale affinché questa esplichi la sua attività biologica.

per completezza ho tagliato un pochino un testo che avevo utilizzato tempo fa per fare una lezioncina, una specie di bignamino sulle proteine. E' un po' lunghetto, però spiega bene a cosa serve studiare come sono ripiegate (per rosetta e simap) e come la loro struttura a minor energia sia importante.

Se serve vi cedo l'uso!!

[fasix]

Originariamente inviato da GHz

Ops, mi sono scordato di Sticazzi destop grid

Grazie per gli aiuti, appena posso finisco di sistemare

Se avete altre cose da poter inserire o commenti postate pure

Ciao,
GHz

appena trovato qualcosa altro posto subito

[GHz]

Grazie a tutti per le risorse che avete postato

Penso di aver compliato tutti i progetti, se trovate errori o avete qualcosa da aggiungere postate pure qua! Ho copiato il topic in rilievo (chiuso)

Ciao,
GHz

[Il Capitano]

Piccole correzioni, l'italiano non era dei migliori

Leiden Classical


Scopo del progetto e' la creazione di una rete di pc da sfruttare per risolvere problemi scientifici che richiedono notevoli potenze di calcolo per poter essere simulati. Questa rete puo' essere usata sia da scenziati che da studenti che non hanno accesso a supercomputer o altre reti di computer. Possono usare questa rete anche gli stessi partecipanti (qualora il loro progetto abbia una valenza rilevante ). La speranza e' di avere un numero sufficientemente alto di pc nella rete tale da garantire sempre l'elevata potenza di calcolo necessaria alle ricerche che verranno portate avanti con questo progetto. Leiden classical è indicato per le simulazioni fisico/meccaniche dinamiche, ed il codice sorgente è disponibile sul sito. E' disponibile anche la documentazione sulle potenzialità del client per poter eseguire simulazioni e sviluppare progetti.

uFluids


La prima u sta per la lettera greca "µ" simbolo di micro ovvero 10^(-6).

Lo scopo del progetto e' la simulazione del comportamento e della stabilita' dei fluidi a 2 fasi in condizioni di microgravita' e microfluidita'. Il fine di questa simulazione e' la creazione di migliori dispositivi per la gestione del propellente per satelliti. Ma anche riuscire a indirizzare meglio un fluido all'interno di un mircocanale o di un MEMS , ovvero microsistemi elettromeccanici (tipo micropompe). Nel primo caso pensate a quando invece di portare propellente (solido) al motore la pompa (di benzina ) porta del gas, per una errata gestione dello stesso, e' molto pericoloso! Nel caso dei MEMS uno dei problemi da risolvere e' la creazione di bolle all'interno di un microcanale o micropompa che bloccano il fluido. Sebbene queste possano essere eliminate con un aumento della pressione del fluido, cio' non e' sempre possibile su scale molto piccole, perche' le pompe potrebbero non essere sufficientemente potenti. Per ovviare a cio' si puo' modificare la topologia della pompa e del microcanale, che e' quello che si sta cercando di fare.

[fasix]

forse forse faro` la tesi sui MEMs.....

[GHz]

Originariamente inviato da Il Capitano

Piccole correzioni, l'italiano non era dei migliori

Tnx, aggiornato