PC per calcolo scientifico

[Raghnar-The coWolf-]

Salve a tutti, per quanto i fondi per la ricerca siano bassi, i pochi che ci danno li possiamo spendere in hardware... quest'anno ho io l'ingrato compito di decidere come :P

Budget:
2500euro

Esigenze:
Calcolo su x86.
Potrebbe esserci la necessità di renderla workstation e non solo macchina di calcolo. Quindi scheda video all'osso (solo per l'interfaccia grafica), ma presente, ovvero niente rack, a meno di avere una convenienza tale da potersi permettere SIA un rack CHE una postazione.
Calcoli numerici in parallelo, non so se il multithreading è un vantaggio, dovremmo fare dei benchmark.

Considerazione:
Allora, Possibilmente piattaforma workstation Xeon bi-processore, sono aperto ad altre idee. Non so se la deriva doppio Xeon viene ad aumentare il prezzo di ogni componente (RAM ECC, Quadro...etc...) in modo da rendere difficile stare nel budget, è da una vita che non preparo personalmente la configurazione workstation.
In caso si potrebbe optare anche per desktop con i5/i7 belli pompatini, magari in un minitower da mettere uno affianco all'altro, ma la scelta doppio processore ha anche altri vantaggi correlati al tipo di lavoro (meglio avere una macchina il doppio più performante, rispetto a due macchine, così un run di emergenza viene pronto in 3 giorni e non in una settimana) che non so se i desktop possono compensare (decisamente maggiore frequenza degli Ivy bridge, che si possono pure OC, rispetto agli Xeon-E Sandy).

Un i7 ivy 3770K a 3.5GHz (o un i5 3570K a 3.4 se vediamo che Hyperthreading non serve) si può pompare a 4GHz con un TDP di 100W (a naso, giusto?), e a quel punto non risulta decisamente più performante del Sandy Xeon E-2620 che con 100W gestisce 6 core ma a 2GHz (o peggio di un 2609 che costa come l'i7, non ha HT, non ha turbo ed è a 2.4GHz con 4 core)? Quali sono i vantaggi di una soluzione Xeon in questo momento?

[Deus-Ex]

salve,
come faccio ad avere un'idea sul tipo di software e di calcoli che verranno svolti dalla macchina?
il vantaggio di una soluzione server, oltre alla robustessa (sono certificati per lavori 24/24) è quello di nn dover accorpare più macchine in cluster, specialmente se il lavoro nn è molto multithread o scorporabile

[Raghnar-The coWolf-]

sono calcoli con software per fisica delle proteine e qualcosa di nucleare.
Sono calcoli paralleli (in linea di principio multithread, ma con un benchmark su uno dei software abbiamo notato che passare da 4 thread a 8, sempre su 4 core fisici in 1 processore fisico, c'è un incremento solo di circa il 15/20%, mentre aumentare il numero di core fisici aumenta le prestazioni praticamente linearmente. Comunque quello vediamo alla fine quanto incide sul prezzo finale, dato che ci sono altre considerazioni da fare sull' HT*) ma non predisposti per la scorporazione su cluster di più macchine.

Servirà per lavori di carico medio, dovà lavorare 24/7 ma con run nell'ordine di qualche giorno (per progetti più grossi abbiamo slot di supercalcolo).
Attualmente non abbiamo macchine Xeon e multiprocesscertificazioniore, solo desktop "consumer", e non c'è la necessità intrinseca di più affidabilità (con un accurato montaggio le nostre macchine comunque reggono 24/7, e non abbiamo bisogno di e se capita un down ogni tanto non è un dramma, non stanno caricando siti internet...).

Si cerca solo di fare una macchina efficiente e con un buon rapporto potenza/prezzo, ovviamente sempre mantenendo una buona affidabilità.

In questa prospettiva andare su Xeon conviene davvero?

* tipo il fatto che possa venire sfruttato per garantire un ambiente di lavoro anche sotto carico dei core fisici senza mortificarne le prestazione, o che comunque il software calcolo nucleare lo sfrutta bene bene (dato che sono programmi singolo core praticamente, ne si possono lanciare in maggior numero con HT)

[esse09]

Ciao, ma il software di calcolo e' sviluppato da voi o e' di terze parti?

Se voi avete sempre avuto macchine consumer io rimarrei in ambito consumer.
L'unica considerazione da fare, conoscendo il tipo di calcolo
- Sandy Bridge E se puo' portare benefici avere una banda passante elevata tra cpu e ram (considerato il quad channel)
- Ivy Bridge se quel dettaglio non e' fondamentale

Comunque io resterei su Sandy Bridge E con cpu esacore.

EDIT: scusa, non avevo letto che erano calcoli di fisica delle proteine. L'unico che conosco e' Folding@Home e' quello puo' sfruttare le gpu. Se il vostro codice e' scritto sfruttando OpenCL o Cuda, una scheda AMD con architettura GCN o Nvidia arch Fermi porterebbe significativi vantaggi in termini di tempo di calcolo.

[Raghnar-The coWolf-]

Uno è un software commerciale, che volendo può sfruttare le Tesla ma non ne abbiamo bisogno e costano troppo.

L'altro è un software sviluppato da noi e va su x86.

I consumer comunque ora arrivano al triple channel giusto?

Avere un Ivy Bridge Triple Channel con memorie spintarelle forse è comunque buono. Certo lo Xeon con Quad Channel ECC è un bel mostrino, ma il costo viene a superare il budget che non possiamo assolutamente permetterci di sforare (magari è qualcosa sopra i 2500, però quello che è non possiamo sforarlo neanche di 10 euro).
Purtroppo non conosco il programma, chiederò dove sta il carico maggiore... dove posso trovare dei buoni benchmark?

PCmark segnala l'i7 3770K con un punteggio di 10k, mentre l'esacore Xeon Sandy E 2620 a 9k.

[esse09]

Gli ivy bridge sono dual channel.
I sandy bridge E sono QUAD channel.

A "breve" usciranno gli ivy bridge E... pero' non so bene tra quanto tempo.

Secondo me si puo' lavorare partendo da una configurazione di questo tipo



Non ho inserito una scheda grafica, perche' ero indeciso.
Secondo me basta una fascia bassa da 30 euro, ma se preferisci installare una Quadro parliamo di minimo 150 euro...

Con quel dissipatore dovresti avere una buona capacita' di reggere overclock.
Le ram sono a 1600 mhz perche' al momento di piu' veloci non ne hanno a basso profilo, e rischiano di cozzare con il dissipatore.

[Raghnar-The coWolf-]

grazie per la proposta, mi sembra un'ottima configurazione, dove l'hai fatta?
il processore 3930 è meglio del 3770? Con quella configurazione posso sfruttare il quad channel?

Alimentatore credo basti qualche W in meno.
Sulla scheda hai ragione, 30 euro bastano e avanzano, anzi ne farei anche a meno se la Intel integrata fosse supportata come si deve in Linux, basta che non disturbi troppo il flusso d'aria.
Licenza windows non serve.

[esse09]

Ciao,
mi ero dimenticato dell'alimentatore, io metterei l'AX650 sempre della corsair ma al momento non era disponibile... ho inserito il 750.
La scheda integrata su quella serie di processori i7-39xx non c'e'.
Il i7-3770 e' un ivy bridge come architettura, mentre il 3930 e' sandy bridge-e. Anche se i nomi confondono, e' un po' piu' vecchio ma al momento non e' ancora stato sostituito.
Il quad channel lo puoi usare. Sfruttare dipende dal software
Il sito te lo giro via pm.
Aspetterei anche il parere di Deus-ex che e' molto competente.

[Raghnar-The coWolf-]

grazie 1000 esse, sei stato preziosissimo

[esse09]

Puoi vedere qui una veloce comparativa i7-3770k vs i7-3930k
http://www.anandtech.com/bench/Product/552?vs=551

sul single thread si vedono i vantaggi dell'architettura ivy del 3770.
considera pero' che tu usando pesantemente il multi thread con il 3930 avresti sei core fisici, facilmente portabili a 4,5 ghz

[Deus-Ex]

per il discorso 24/7 si ci vogliono mezzi professionali, ciò nn toglie che comuqnue è possibile lavorare su prodotti consumer; per intenderci ho esperienza di macchine che lavoravano con Moldraw (presumo un programmi simile al tuo) usando 3 sistemi desktop con cpu comuni (phenom esacore e 8gb di ram ciascuno); comunque se il software gestisca bene il multicore, scalando oltre i quadcore si può anche pensare di usare una coppia di pc desktop, sempre se è supportato il cluster

[Raghnar-The coWolf-]

aggiornamento:
abbiamo raccolto i fondi di più gruppi, budget salito a 5500/6500 euro circa.
Esigenze simili:

tanta potenza di calcolo anche dispersa su più core, possibilmente però tutti riferenti allo stesso nodo.
potenza grafica inutile.
hard disk da valutare.
quache esigenza in più in termini di memoria (almeno 16 giga, possibilmente 32).

Abbiamo anche slot nei rack del centro calcolo volendo indirizzarci verso quello.

[Deus-Ex]

saresti più votato ad utilizzare maggiori macchine in render node oppure un pacchetto singolo/doppio di rack da server?

[Raghnar-The coWolf-]

Originariamente inviato da Deus-Ex

saresti più votato ad utilizzare maggiori macchine in render node oppure un pacchetto singolo/doppio di rack da server?

tendenzialmente di più usare dei rack, i render node fra più macchine mi danno l'impressione (magari mi sbaglio) di richiedere più tweaking e manutenzione che non possiamo permetterci, se poi dovessimo riscrivere parti di codice diventerebbe atroce...

[Deus-Ex]

aspetta aspetta, se il software è scritto epr essere parallelizabile, se viene usato su una macchina quad socket o su quattro single socket (a parità di altre risorse hardware) è quasi indifferente, se invece il software è meno predisposto oppure si vogliono sfruttare più thread in ogni istanza meglio usare un sistema server chiuso, se il lavoro è gestibile anche in più momenti diversi, con un rendr node si risparmia sul costo iniziale a parità di potenza hardware