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25-03-2006, 18:31 | #1 |
Senior Member
Iscritto dal: Jun 2005
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Software per immagini scientifiche
Questo tread raccogli un elenco (in costante aggiornamento grazie alle vostre segnalazioni e consigli) delle applicazioni utili per la scrittura di documenti di carattere scientifico quindi non solo testo ma anche immagini, grafici, formule, formule di Lewis, e molto ancora.
I software elencati sono quelli che voi avete segnalato e che spero continuerete a segnalare in modo che io possa continuare ad aggiornare la lista. Generale
Chimica Un interessante elenco di software utili per lo studio e la rappresentazione della chimica sono disponibili alla pagina questa pagina, alcuni non sono compaiono nell'elenco sottostante.
Matematica e geometria
Biologia
Elettrotecnica
Termodinamica - energetica
Affinchè il tread rimanga una cosa ordinata mi piacerebbe che voi elencaste i vari programmi (magari con una breve descrizione) e poi io aggiorno di volta in volta questo primo post. Per la scrittura di documenti di una certa lunghezza e qualità (principalmente organizzati in capitoli, paragrafi, ...) e con la conivivenza di testo e formule matematiche (oltre ad immagini e altri contenuti comprese immagini 3D navigabili direttamente dal visualizzatore di file *.pdf) si consiglia l'uso del linguaggio LaTeX che può essere utilizzato anche per la scrittura di formule all'interno del forum. Per avere una panoramica dei tipi di documenti e dei contenuti che vanno oltre il testo che si possono realizzare con LaTeX si può accedere a questa pagina. Chi non ha conoscenze di LaTeX può agevolmente utilizzare MathType (in lista) per la generazione del codice LaTeX da usare nel forum o nei documenti appositi (naturalmente il codice generato sarà più "macchinoso" di quello creato manualmente). Sono graditi commenti, aiuti, critiche e complimenti... Fonti: http://www.macity.it/forum1/messages...tml?1100767993 http://www.itchiavari.org/chimica/software/index.html La proprietà delle immagini usate come anteprima resta in ogni caso del sito presso il quale sono ospitate, sono elencati solamente dei collegamenti a immagini presenti su altri siti web. Ultima modifica di *nicola* : 27-11-2009 alle 20:48. |
26-03-2006, 09:25 | #2 |
Senior Member
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Città: Singularity
Messaggi: 891
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Nella visualizzazione di funzioni e altri grafici matematici non si possono non citare Matlab (http://www.mathworks.com/) e Mathematica (http://www.wolfram.com/). Entrambi, oltre a potenti strumenti di elaborazione numerica (Matlab) e simbolica (Mathematica) hanno interfacce di visualizzazione molto flessibili.
Octave (http://www.octave.org/) e Maxima (http://maxima.sourceforge.net/) sono i corrispettivi programmi opensource, e offrono molte delle funzionalità degli altri due programmi, compreso il disegno di grafici. Un altro programma gratuito che permette il disegno di grafici (ed elaborazioni matematiche) è Scilab (http://scilabsoft.inria.fr/). C'è anche lo storico Maple (http://www.maplesoft.com/), molto popolare fra i fisici e i matematici, con un'interfaccia simile a Mathematica. Da una rapida occhiata qui ho visto che molti strumenti matematici per la chimica permettono la visualizzazione delle molecole. Probabilmente la lista può essere ulteriormente allungata
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echo 'main(k){float r,i,j,x,y=-15;while(puts(""),y++<16)for(x=-39;x++<40;putchar(" .:-;!/>"[k&7])) for(k=0,r=x/20,i=y/8;j=r*r-i*i+.1, i=2*r*i+.6,j*j+i*i<11&&k++<111;r=j);}'&>jul.c;gcc -o jul jul.c;./jul |Only Connect| "To understand is to perceive patterns" Isaiah Berlin "People often speak of their faith, but act according to their instincts." Nietzsche - Bayesian Empirimancer - wizardry |
26-03-2006, 14:43 | #3 |
Junior Member
Iscritto dal: Oct 2005
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Qualcuno di questi gira su Linux???
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26-03-2006, 14:57 | #4 |
Senior Member
Iscritto dal: Sep 2004
Messaggi: 706
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FastPCR: Per disegnare primer per PCR (tutorial e download).
QuantityONE: software per visualizzare ed analizzare gel elettroforetici a 1-D, dot blot, arrays e colonie. Ultima modifica di Dr Nick Riviera : 20-12-2006 alle 13:50. |
26-03-2006, 16:46 | #5 |
Senior Member
Iscritto dal: Jun 2005
Messaggi: 401
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Aggiunti! Spero che per gli ultimi due citati vada bene la sezione biologia (la PCR non è quella per la duplicazione del DNA???)
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26-03-2006, 19:13 | #6 | |
Senior Member
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Messaggi: 990
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si usa per fare analisi di DNA con replicazione delle catene da prime
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26-03-2006, 19:50 | #7 | |
Senior Member
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27-03-2006, 09:58 | #8 |
Senior Member
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Per quanto riguarda la biologia, in particolare l'elettroforesi monodimensionale e bidimensionale applicata da sola ed in congiunzione con la spettrometria di massa, c'è tutta la linea della britannica >> Non Linear Dynamics <<
TotalLab, precedentemente commercializzato come ImageMaster (marchio Pharmacia, software Nonlinear) o Phoretix (stesso softwarre distribuito direttamente dal produttore). è l'equivalente, ma secondo me molto migliore, del Quantity One. Ovvero è il miglior software in commercio (escluso MELANIE che xò x la 1D è specato) per processare le immagini 1D di gel e simili. http://www.nonlinear.com/products/totallab/ Progenesis, il software operativo per l'analisi di gel mono e bidimensionali accoppiata alla spettrometria di massa http://www.nonlinear.com/products/progenesis/ Modas, il database integrato x analisi elettoreforetiche, spettrometria di massa e ricerche in banche dati genomiche http://www.nonlinear.com/products/modas/ Oltre a questi notevoli prodotti, io citerei anche il capostipite di tutti i software esperti per l'elaborazione di immagini, come tutto il resto del software prodotto dall' instituo svizzero di bioniformatica (quasi tutti gratuiti) http://www.isb-sib.ch/ MELANIE, lo storico ed il migliore sistema esperto di elaborazione immagini 1D e 2D, originariamente scritto x girare sulle workstation SUN ma ora disponibile x qualunque piattaforma, che ora verrà commercializzato anche con il nome di ImageMaster 2D Platinum v6 dalla Ge Helacare, per ulteriori info http://www.expasy.ch/melanie/ e qui http://www.2d-gel-analysis.com/ . Include OVVIAMENTE potentissimi strumenti di database e di interpretazione per la spettrometria di massa e la ricerca su databese di sequenze genetiche e proteiche. Msight, un tool gratuito x visualizzare e intepretare gli spettri di separazione e di massa delle proteine http://www.expasy.ch/MSight/ E infine Make2D-DB II Package , un pack gratuito ed OPEN SOURCE per costruirsi il proprio database 2D (ovvero con i propri risultati) che si autoaggiorna anche dallle altre banche dati, usabile sia per scopi interni che x render publici i propri dati sul web. http://www.expasy.ch/ch2d/make2ddb/ per ora non viene + in mente nulla saluti Gyxx P.S. x p3e2 : rasmol, melanine, derive girano ottimamente sotto UNIX (sia sun che SGI), oltre a tutta la roba dell’ istituo svizzero di bioniformatica dovrebbero andare alla gnade anche anche sotto linux ….. P.P.S. consiglio di dare un occhio anche alle risorse che potete trovare all’ istituto europeo di bioinformatica, l’EBI http://www.ebi.ac.uk P.P.P.S. date un occhio anche qui : www.expasy.ch , già citato nel 3D in rilievo.
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>> VENDO CANON EOS 20D PERFETTA + ACCESSORI <<
VAI FERRARI ! - 4 VOLTE CAMPIONI DEL MONDO !!! - Fletto i muscoli e sono nel vuoto ... Ultima modifica di Gyxx : 27-03-2006 alle 11:48. |
27-03-2006, 11:11 | #9 | |
Senior Member
Iscritto dal: Jul 2005
Messaggi: 990
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aspettavo che passassi di qui!!! Avrei una domanda: si potrebbe anche mettere se i SW indicati siano freeware o no?...sono una fan del freeware e il pc da cui scrivo, escluso il SO che c'era già, è tutto con programmi free o opensource!
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27-03-2006, 11:20 | #10 | |
Senior Member
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Città: London
Messaggi: 356
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Ad esempio, sono sicuro che Octave gira su quasi ogni S.O. del mondo (io lo usavo sotto Linux e Solaris). Gli altri non saprei. |
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28-03-2006, 11:43 | #11 | |
Senior Member
Iscritto dal: Jun 2005
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01-04-2006, 16:21 | #12 |
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Iscritto dal: Jun 2005
Messaggi: 401
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Vorrei scrivere una piccola relazione e dovrei inserire anche delle immagini con dei vettori (e le varie operazioni tra loro), in pratica mi basterebbe un piano cartesiano e dei vettori (dove indicare anche il nome, l'angolo compreso e poco altro). Voi quale programma mi conisgliereste? E' probabilmente più importante lìaspetto estetico rispetto alla precisine nanometrica del disegno. Grazie
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01-04-2006, 16:52 | #13 |
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C'è anche Scientific Workplace
www.mackichan.com grafici in 2 e 3 dimesioni e calcoli analitici Un Mathematica ma con sintassi molto più semplificata |
03-04-2006, 13:21 | #14 |
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Chroma Lite (Freeweare)
http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html Questo post comunque sta diventando interessante, quasi quasi lo sistemo per il mio sito e metto tutti i nick in fondo al post di chi ha contribuito.. Comunque sia sul sito della Bio-Rad ce ne sono un bel po' di software.. |
04-04-2006, 19:48 | #15 |
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Adesso li aggiungo. Non ne conoscete uno per disegnare dei vettori? Ho provato con MS Visio ma non riesco a lasciare i quadretti come sfondo e, senza quelli, non si capisce molto.
PS: Ricordo che vanno inseriti nella lista solo software per creare immagini e non per fare es calcoli di derivate, integrali o altro che non riguardi il disegnare un'immagine da importare poi allinterno di un doc. |
05-04-2006, 09:54 | #16 |
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A pagamento:
Icepak (Fluent) - simulazione e visualizzazione dell'andamento termofluidodinamico per dispositivi elettronici. (sia w che l) Airpack (Fluent) - simulazione e visualizzazione dell'andamento termofluidodinamico in ambienti con produzione di calore e/o freddo. (sia w che l) Fluent - CFD in generale. (sia w che l ) Free: Dia - simile a Visio (l) Felt - analisi agli elementi finiti.(l) Mouse - CFD in generale. (l) OpenDX - ottimo software IBM per la visualizzazione scientifica. maggiori informazioni ed altro software su http://packages.debian.org/unstable/ e http://sal.jyu.fi/index.shtml |
13-04-2006, 20:55 | #17 | |
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Quote:
*nicola*, credo sarebbe una buona idea evidenziare quali siano i programmi gratuiti e quali quelli a pagamento, e l'ideale sarebbe mettere anche i linki per il download di quelli che si possono scaricare liberamente. Intanto, metto in rilievo
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How you have fallen from heaven, O star of the morning, son of the dawn! You have been cut down to the earth, You who have weakened the nations! (Isaiah 14:12) |
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13-04-2006, 23:54 | #18 |
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Ultimamente ho un po' trascurato questo tread lo so però mi sto preparando (o almeno ci provo) per l'esame di elettortecnica (materia di cui non so praticamente nulla!)
Appena ho tempo (probabilmente da mercoledì sera) do una riordinata. OK per segnalare quelli gratuiti, riguardo l'elencare i software utili per studiare una materia (anzichè creare immagini) pensi sia meglio aprire un altro tread oppure inserirli in questo in una apposita parte)? Grazie per averlo messo in rilievo. |
14-04-2006, 00:51 | #19 |
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Arrrgghhh elettrotecnica! Questo esame mi evoca brutti ricordi...
Ci mancherebbe, pensa innanzitutto all'esame, prima te lo togli, meglio è! Per quanto riguarda gli altri programmi e dove metterli, domani ti mando un pvt, così non andiamo OT qui.
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14-04-2006, 21:53 | #20 |
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Rinnovo l'invito a postare nomi (e magari anche una breve descrizione e/o link ad una pagina di riferimento) di software da usare per creare immagini da inserire in pubblicazioni scientifiche.
PS: In particolare sono ancora alla ricerca di un programma per disegnare i vettori, con MS Visio è abbastanza semplice crearli però non riesco ad esportare poi anche la griglia quadrettata dietro l'immagine che è necessaria per i miei scopi. Ad esempio se devo spiegare la somma di due vettori è inmportante avere dei quadretti come riferimento. Se qualcuno sa come aiutarmi è il benvenuto. |
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