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Old 25-03-2006, 18:31   #1
*nicola*
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Software per immagini scientifiche

Questo tread raccogli un elenco (in costante aggiornamento grazie alle vostre segnalazioni e consigli) delle applicazioni utili per la scrittura di documenti di carattere scientifico quindi non solo testo ma anche immagini, grafici, formule, formule di Lewis, e molto ancora.
I software elencati sono quelli che voi avete segnalato e che spero continuerete a segnalare in modo che io possa continuare ad aggiornare la lista.

Generale
  • Graphviz: (opensource - LINK - anteprima) Software per disegnare grafi tutti i tipi, utile in diverse discipline.
  • Microsoft Visio: (a pagamento - LINK - anteprima) Permette di creare schematizazioni e grafici con una scelta di oggetti e stili abbastanza ampio (compresi circuiti elettrici, grafici ad albero, ...).
  • proFIT: (a pagamento - LINK - anteprima) Software disponibile in versione demo gratuita (con unico limite il numero di finestre apribili contemporaneamente) per creare grafici di ogni tipo.
  • DIA: (gratuiti - LINK - anteprima) E' un software per la creazione di grafici e con funzioni abbastanza simili a quelle di MS Visio (con la differenza che questo software è gratuito). Il software è modulare dunque l'utente può scaricare solamente i contenuti che gli interessano.
  • Graph Maker Plus: (gratuito - LINK - anteprima) Graph maker Plus è una piccola apllicazione in grado di generare grafici a colonne relativi a dati immessi manualmente nella schermata.
  • 3D Vertical Bar Graph Software: (a pagamento - LINK - anteprima) Questo programma genera diagrammi a colonna in 3D come quello mostrato nell'immagine di anteprima.

Chimica
Un interessante elenco di software utili per lo studio e la rappresentazione della chimica sono disponibili alla pagina questa pagina, alcuni non sono compaiono nell'elenco sottostante.
  • Ball and Stick: (gratuito, solo MAC - LINK) Programma che permette di creare grafici della disposizione 3d degli atomi o strutture molecolari in generale.
  • Chemdraw: (a pagamento - LINK) Fa parte del pacchetto (anche questo a pagamento) di ChemOfice. Permette di disegnare le famose formule di Lewis, a seconda della versione si possono fare anche disegni in 3D.
  • pyMol: (opensource - LINK) Anche questo programma permette di creare immagini 3D riguardanti la chimica (funziona su in ambiente Windows, Mac e Linux).
  • Isis Draw: (a pagamento ma gratuita, per fini universitari, la parte sulla modellizzazione delle molecole - LINK) Con questo programma si possono creare figure che rappresentano la struttura molecolare. E' anche dispobile un tool gratuito "Automatic Nomenclature" che genera nomi IUPAC di composti direttamente dalla struttura creata con ISIS/Draw o registrata nel database ISIS/Base.
  • Rasmol: (gratuito - LINK) Questo programma (un po' più impegnativo rispetto ai precedenti) permette di disegnare immagini di ambito chimico in 3D. Funziona sia in ambiente Windows sia in ambiente Mac.
  • Moldraw: (freeware - LINK) Come dice il nome è un software per disegnare le molecole.
  • ChemSketch: (a pagamento, gratuito fino alla versione 8 - LINK)Questo programma consente di disegnare rapidamente molecole, schemi di reazioni, strutture anche complesse.
  • Molgen 4: (a pagamento - LINK) Editor grafico per molecole e visualizzatore per le molecole create in 2D o 3D. Gira su Windows, Unix, Linux e Solaris
  • MOL2MOL 5.21: (a pagamento - LINK)Questo software serve per convertire le molecole create ed esportarle da un programma all'altro.
  • JOELib: (opensource - LINK - anteprima) Ancora un software per creare immagini in 3d di molecole.

Matematica e geometria
  • MathType: (a pagamento - LINK - anteprima) Permette di creare immagini di ridottissimo peso con formule matematiche, chimiche o fisiche in cui è necessario usare simboli matematici, apici, pedici, parentesi, ... da usare direttamente in Word o compatibili (vengono inserite automaticamente mentre si scrive) oppure da esportare per altri scopi come per delle pagine web. Lo si può agevolmente utilizzare all'interno di Microsoft Word e di tutto il pacchetto Office (in sostituzione di MS Equation già incluso in Office). Ha anche l'utile funzione di generare immediatamente negli appunti un codice LaTeX relativo alla formula appena scritta.
  • Rapid-Pi: (a pagamento - LINK - anteprima - Video) Come il precedente, anche questo software permette di inserire formule matematiche (o fisiche, chimiche, ...) all'interno di documenti Word (o altri programmi di scrittura). Le differenze sono counque abbastanza evidenti. Mentre con MathType la formula veniva creata in un'apposita finestra a parte e poi inserita subito qui viene tradotto del testo digitato da tastiera. Ad esempio scrivendo "y/x" apparirà immediatamente la formula "y fratto x" e così via previo click sul tasto del programma nella barra degli strumenti.
  • Derive:(a pagamento - LINK - anteprima) Tra le tante cose che fa permette anche di tracciare grafici sia in 2D sia in 3D (e di esportarli in altri documenti anche tramite gli Appunti).
  • Matlab: (a pagamento - LINK - anteprima) Software di elaborazione numerica e linguaggio di programmazione. Funzione di rappresentazione grafica.
  • Mathematica: (a pagamento - LINK - anteprima) Software di elaborazione simbolica e rappresentazione grafica.
  • Declic: (gratuito - [http://emmanuel.ostenne.free.fr/declic/]LINK[/url]) Con il Declic è possibile, come dice l’autore, ‘costruire con il mouse molte figure che si possono costruire con riga e compasso… ma anche molto di più’.
  • Maple: (a pagamento - LINK - anteprima) Software per lo studio matematico e per rappresentare graficamente le funzioni nel piano e nello spazio.
  • Octave: (gratuito - LINK - anteprima) Questo software permette di visualizzare i grafici delle funzioni matematiche. Disponibile per Linux, Mac OS e Windows.
  • Maxima: (opensource - LINK - anteprima) Maxima dispone di funzioni come, ad esempio, la raffigurazione grafica delle funzioni e l'integrazione simboli.
  • Scilab: (gratuito - LINK - anteprima) Programma che permette il disegno di grafici (ed elaborazioni matematiche)
  • Gnuplot: (gratuito - LINK - anteprima) Questo programma permette di creare grafici abbastanza gradevoli alla vista e non solo di ambito matematico-geometrico.
  • GeoGebra: (a pagamento - LINK - anteprima) E' un programma freeware java multiplatform per crare costruzioni geometriche interattive. Permette di creare con un click una pagina html contenente la nostra costruzione.

Biologia
  • FastPCR: (gratuito - LINK)Per disegnare primer per PCR. Funziona, attualmente, solo con MS Windows.
  • QuantityONE: (versione base gratuita, completa a pagamento - LINK) Software per visualizzare ed analizzare gel elettroforetici a 1-D, dot blot, arrays e colonie.
  • TotalLab: (a pagamento - LINK) Precedentemente commercializzato come ImageMaster (marchio Pharmacia, software Nonlinear) o Phoretix (stesso softwarre distribuito direttamente dal produttore). è l'equivalente, ma secondo me molto migliore, del Quantity One. Ovvero è il miglior software in commercio per processare le immagini 1D di gel e simili.
  • Progenesis: (a pagamento - LINK) Il software operativo per l'analisi di gel mono e bidimensionali accoppiata alla spettrometria di massa
  • Modas: (gratuito - LINK - anteprima) Il database integrato x analisi elettoreforetiche, spettrometria di massa e ricerche in banche dati genomiche.
  • MELANIE: (a pagamento - LINK - anteprima) lo storico ed il migliore sistema esperto di elaborazione immagini 1D e 2D, originariamente scritto x girare sulle workstation SUN ma ora disponibile x qualunque piattaforma, che ora verrà commercializzato anche con il nome di ImageMaster 2D Platinum v6 dalla Ge Helacare. Include potentissimi strumenti di database e di interpretazione per la spettrometria di massa e la ricerca su databese di sequenze genetiche e proteiche.
  • Msight: (gratuito - LINK) Un tool gratuito per visualizzare e intepretare gli spettri di separazione e di massa delle proteine
  • Make2D-DB II Package: (opensource - LINK) Software per costruirsi il proprio database 2D (ovvero con i propri risultati) che si autoaggiorna anche dallle altre banche dati, usabile per render publici i propri dati sul web.

Elettrotecnica
  • Pspice: (a pagamento, gratuita la versione student - LINK - anteprima) Questo software permette di disegnare reti elettriche (e poi anche di risolverle).

Termodinamica - energetica
  • CyclePad: (gratuito - LINK - anteprima) Questo software è in grado di disegnare schemi ci cicli termodinamici e poi, attraverso dei passaggi non proprio immediati, di generare il ciclo sui piani termodinamici T-s, p-h,.... Purtroppo la scelta della grafica relativa ai vari componenti è pittosto limitata e non si capisce nemmeno perchè nel collegamento tra due apparecchi venga disegnata una "pancia" alla conduttura. Inoltre la generazione dei piani termodinamici è particolarmente complicata.
  • Engineering Equation Solver: (a pagamento - LINK - anteprima) EEs è un programma per la risoluzione analitica di di sistemi matematici in generale ma particolarmente indicata per esercizi di fluidodinamica attraverso le diverse librerie presenti contenenti le proprietà di moltissimi materiali. Il software della F-chart è in grado di generare plot con diagrammi 2d 3 3d relativamente ai risultati trovati e contiene i più importanti diagrammi termodinamici dove sovradisegnare cicli termodinamici.



Affinchè il tread rimanga una cosa ordinata mi piacerebbe che voi elencaste i vari programmi (magari con una breve descrizione) e poi io aggiorno di volta in volta questo primo post.

Per la scrittura di documenti di una certa lunghezza e qualità (principalmente organizzati in capitoli, paragrafi, ...) e con la conivivenza di testo e formule matematiche (oltre ad immagini e altri contenuti comprese immagini 3D navigabili direttamente dal visualizzatore di file *.pdf) si consiglia l'uso del linguaggio LaTeX che può essere utilizzato anche per la scrittura di formule all'interno del forum.
Per avere una panoramica dei tipi di documenti e dei contenuti che vanno oltre il testo che si possono realizzare con LaTeX si può accedere a questa pagina.
Chi non ha conoscenze di LaTeX può agevolmente utilizzare MathType (in lista) per la generazione del codice LaTeX da usare nel forum o nei documenti appositi (naturalmente il codice generato sarà più "macchinoso" di quello creato manualmente).

Sono graditi commenti, aiuti, critiche e complimenti...

Fonti:
http://www.macity.it/forum1/messages...tml?1100767993
http://www.itchiavari.org/chimica/software/index.html


La proprietà delle immagini usate come anteprima resta in ogni caso del sito presso il quale sono ospitate, sono elencati solamente dei collegamenti a immagini presenti su altri siti web.

Ultima modifica di *nicola* : 27-11-2009 alle 20:48.
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 09:25   #2
Banus
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Iscritto dal: Nov 2002
Città: Singularity
Messaggi: 904
Nella visualizzazione di funzioni e altri grafici matematici non si possono non citare Matlab (http://www.mathworks.com/) e Mathematica (http://www.wolfram.com/). Entrambi, oltre a potenti strumenti di elaborazione numerica (Matlab) e simbolica (Mathematica) hanno interfacce di visualizzazione molto flessibili.
Octave (http://www.octave.org/) e Maxima (http://maxima.sourceforge.net/) sono i corrispettivi programmi opensource, e offrono molte delle funzionalità degli altri due programmi, compreso il disegno di grafici.
Un altro programma gratuito che permette il disegno di grafici (ed elaborazioni matematiche) è Scilab (http://scilabsoft.inria.fr/).

C'è anche lo storico Maple (http://www.maplesoft.com/), molto popolare fra i fisici e i matematici, con un'interfaccia simile a Mathematica.

Da una rapida occhiata qui ho visto che molti strumenti matematici per la chimica permettono la visualizzazione delle molecole. Probabilmente la lista può essere ulteriormente allungata
__________________
echo 'main(k){float r,i,j,x,y=-15;while(puts(""),y++<16)for(x=-39;x++<40;putchar(" .:-;!/>"[k&7])) for(k=0,r=x/20,i=y/8;j=r*r-i*i+.1, i=2*r*i+.6,j*j+i*i<11&&k++<111;r=j);}'&>jul.c;gcc -o jul jul.c;./jul |Only Connect| "To understand is to perceive patterns" Isaiah Berlin "People often speak of their faith, but act according to their instincts." Nietzsche - Bayesian Empirimancer - wizardry
Banus è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 14:43   #3
p3e2
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Iscritto dal: Oct 2005
Messaggi: 13
Qualcuno di questi gira su Linux???
__________________
p3e2 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 14:57   #4
Dr Nick Riviera
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Iscritto dal: Sep 2004
Messaggi: 705
FastPCR: Per disegnare primer per PCR (tutorial e download).
QuantityONE: software per visualizzare ed analizzare gel elettroforetici a 1-D, dot blot, arrays e colonie.

Ultima modifica di Dr Nick Riviera : 20-12-2006 alle 13:50.
Dr Nick Riviera è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 16:46   #5
*nicola*
Senior Member
 
L'Avatar di *nicola*
 
Iscritto dal: Jun 2005
Messaggi: 401
Aggiunti! Spero che per gli ultimi due citati vada bene la sezione biologia (la PCR non è quella per la duplicazione del DNA???)
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 19:13   #6
zena
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L'Avatar di zena
 
Iscritto dal: Jul 2005
Messaggi: 990
Quote:
Originariamente inviato da *nicola*
Aggiunti! Spero che per gli ultimi due citati vada bene la sezione biologia (la PCR non è quella per la duplicazione del DNA???)
si...polymerase chain reaction...
si usa per fare analisi di DNA con replicazione delle catene da prime
__________________
Io non uso il tasto cerca
"Non ti sei accorto di vivere perchè disponevi, credevi di disporre, di un credito illimitato" carpe diem
zena è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 26-03-2006, 19:50   #7
*nicola*
Senior Member
 
L'Avatar di *nicola*
 
Iscritto dal: Jun 2005
Messaggi: 401
Quote:
Originariamente inviato da zena
si...polymerase chain reaction...
si usa per fare analisi di DNA con replicazione delle catene da prime
Mi ricordo ancora qualcosa di biologia, microbiologia e tutte le materie cugine allora...
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 27-03-2006, 09:58   #8
Gyxx
Senior Member
 
L'Avatar di Gyxx
 
Iscritto dal: Aug 2001
Città: Siena (loc. Quercegrossa)
Messaggi: 1760
Per quanto riguarda la biologia, in particolare l'elettroforesi monodimensionale e bidimensionale applicata da sola ed in congiunzione con la spettrometria di massa, c'è tutta la linea della britannica >> Non Linear Dynamics <<

TotalLab, precedentemente commercializzato come ImageMaster (marchio Pharmacia, software Nonlinear) o Phoretix (stesso softwarre distribuito direttamente dal produttore). è l'equivalente, ma secondo me molto migliore, del Quantity One. Ovvero è il miglior software in commercio (escluso MELANIE che xò x la 1D è specato) per processare le immagini 1D di gel e simili.
http://www.nonlinear.com/products/totallab/

Progenesis, il software operativo per l'analisi di gel mono e bidimensionali accoppiata alla spettrometria di massa http://www.nonlinear.com/products/progenesis/

Modas, il database integrato x analisi elettoreforetiche, spettrometria di massa e ricerche in banche dati genomiche
http://www.nonlinear.com/products/modas/

Oltre a questi notevoli prodotti, io citerei anche il capostipite di tutti i software esperti per l'elaborazione di immagini, come tutto il resto del software prodotto dall' instituo svizzero di bioniformatica (quasi tutti gratuiti)
http://www.isb-sib.ch/

MELANIE, lo storico ed il migliore sistema esperto di elaborazione immagini 1D e 2D, originariamente scritto x girare sulle workstation SUN ma ora disponibile x qualunque piattaforma, che ora verrà commercializzato anche con il nome di ImageMaster 2D Platinum v6 dalla Ge Helacare, per ulteriori info
http://www.expasy.ch/melanie/ e qui http://www.2d-gel-analysis.com/ . Include OVVIAMENTE potentissimi strumenti di database e di interpretazione per la spettrometria di massa e la ricerca su databese di sequenze genetiche e proteiche.

Msight, un tool gratuito x visualizzare e intepretare gli spettri di separazione e di massa delle proteine
http://www.expasy.ch/MSight/

E infine

Make2D-DB II Package , un pack gratuito ed OPEN SOURCE per costruirsi il proprio database 2D (ovvero con i propri risultati) che si autoaggiorna anche dallle altre banche dati, usabile sia per scopi interni che x render publici i propri dati sul web.
http://www.expasy.ch/ch2d/make2ddb/

per ora non viene + in mente nulla



saluti


Gyxx

P.S. x p3e2 : rasmol, melanine, derive girano ottimamente sotto UNIX (sia sun che SGI), oltre a tutta la roba dell’ istituo svizzero di bioniformatica dovrebbero andare alla gnade anche anche sotto linux …..

P.P.S. consiglio di dare un occhio anche alle risorse che potete trovare all’ istituto europeo di bioinformatica, l’EBI
http://www.ebi.ac.uk

P.P.P.S. date un occhio anche qui : www.expasy.ch , già citato nel 3D in rilievo.
__________________

Ultima modifica di Gyxx : 27-03-2006 alle 11:48.
Gyxx è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 27-03-2006, 11:11   #9
zena
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L'Avatar di zena
 
Iscritto dal: Jul 2005
Messaggi: 990
Quote:
Originariamente inviato da Gyxx
....


aspettavo che passassi di qui!!!



Avrei una domanda: si potrebbe anche mettere se i SW indicati siano freeware o no?...sono una fan del freeware e il pc da cui scrivo, escluso il SO che c'era già, è tutto con programmi free o opensource!
__________________
Io non uso il tasto cerca
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zena è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 27-03-2006, 11:20   #10
Xiaoma
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Iscritto dal: Dec 2000
Città: London
Messaggi: 354
Quote:
Originariamente inviato da p3e2
Qualcuno di questi gira su Linux???
Molti si. Magari sarebbe il caso di aggiungere un "bollino" alla lista con L per Linux e W per windows.

Ad esempio, sono sicuro che Octave gira su quasi ogni S.O. del mondo (io lo usavo sotto Linux e Solaris). Gli altri non saprei.
__________________
H.P.Lovecraft Archive
Xiaoma è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 28-03-2006, 11:43   #11
*nicola*
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Messaggi: 401
Quote:
Originariamente inviato da Morkar Karamat
Se interessa c'è graphviz (www.graphviz.org) per disegnare grafi tutti i tipi, utile in diverse discipline.

E' open e mi pare multipiattaforma
Ottimo!
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 01-04-2006, 16:21   #12
*nicola*
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L'Avatar di *nicola*
 
Iscritto dal: Jun 2005
Messaggi: 401
Vorrei scrivere una piccola relazione e dovrei inserire anche delle immagini con dei vettori (e le varie operazioni tra loro), in pratica mi basterebbe un piano cartesiano e dei vettori (dove indicare anche il nome, l'angolo compreso e poco altro). Voi quale programma mi conisgliereste? E' probabilmente più importante lìaspetto estetico rispetto alla precisine nanometrica del disegno. Grazie
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 01-04-2006, 16:52   #13
gtr84
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L'Avatar di gtr84
 
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Città: Brindisi
Messaggi: 855
C'è anche Scientific Workplace
www.mackichan.com

grafici in 2 e 3 dimesioni e calcoli analitici


Un Mathematica ma con sintassi molto più semplificata
gtr84 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 03-04-2006, 13:21   #14
Dr Nick Riviera
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L'Avatar di Dr Nick Riviera
 
Iscritto dal: Sep 2004
Messaggi: 705
Chroma Lite (Freeweare)
http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html



Questo post comunque sta diventando interessante, quasi quasi lo sistemo per il mio sito e metto tutti i nick in fondo al post di chi ha contribuito..


Comunque sia sul sito della Bio-Rad ce ne sono un bel po' di software..
Dr Nick Riviera è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 04-04-2006, 19:48   #15
*nicola*
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Messaggi: 401
Adesso li aggiungo. Non ne conoscete uno per disegnare dei vettori? Ho provato con MS Visio ma non riesco a lasciare i quadretti come sfondo e, senza quelli, non si capisce molto.

PS: Ricordo che vanno inseriti nella lista solo software per creare immagini e non per fare es calcoli di derivate, integrali o altro che non riguardi il disegnare un'immagine da importare poi allinterno di un doc.
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 05-04-2006, 09:54   #16
taddeus
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A pagamento:
Icepak (Fluent) - simulazione e visualizzazione dell'andamento termofluidodinamico per dispositivi elettronici. (sia w che l)

Airpack (Fluent) - simulazione e visualizzazione dell'andamento termofluidodinamico in ambienti con produzione di calore e/o freddo. (sia w che l)

Fluent - CFD in generale. (sia w che l )

Free:

Dia - simile a Visio (l)
Felt - analisi agli elementi finiti.(l)
Mouse - CFD in generale. (l)
OpenDX - ottimo software IBM per la visualizzazione scientifica.

maggiori informazioni ed altro software su http://packages.debian.org/unstable/ e http://sal.jyu.fi/index.shtml
__________________
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AXU
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Old 13-04-2006, 20:55   #17
ChristinaAemiliana
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Quote:
Originariamente inviato da *nicola*
PS: Ricordo che vanno inseriti nella lista solo software per creare immagini e non per fare es calcoli di derivate, integrali o altro che non riguardi il disegnare un'immagine da importare poi allinterno di un doc.
A tale proposito, sarebbe carino fare un elenco anche di questi altri software, no?

*nicola*, credo sarebbe una buona idea evidenziare quali siano i programmi gratuiti e quali quelli a pagamento, e l'ideale sarebbe mettere anche i linki per il download di quelli che si possono scaricare liberamente.

Intanto, metto in rilievo
__________________
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How you have fallen from heaven, O star of the morning, son of the dawn!
You have been cut down to the earth, You who have weakened the nations!
(Isaiah 14:12)
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Old 13-04-2006, 23:54   #18
*nicola*
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Messaggi: 401
Ultimamente ho un po' trascurato questo tread lo so però mi sto preparando (o almeno ci provo) per l'esame di elettortecnica (materia di cui non so praticamente nulla!)
Appena ho tempo (probabilmente da mercoledì sera) do una riordinata. OK per segnalare quelli gratuiti, riguardo l'elencare i software utili per studiare una materia (anzichè creare immagini) pensi sia meglio aprire un altro tread oppure inserirli in questo in una apposita parte)?

Grazie per averlo messo in rilievo.
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 14-04-2006, 00:51   #19
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Arrrgghhh elettrotecnica! Questo esame mi evoca brutti ricordi...

Ci mancherebbe, pensa innanzitutto all'esame, prima te lo togli, meglio è!

Per quanto riguarda gli altri programmi e dove metterli, domani ti mando un pvt, così non andiamo OT qui.
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Old 14-04-2006, 21:53   #20
*nicola*
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Messaggi: 401
Rinnovo l'invito a postare nomi (e magari anche una breve descrizione e/o link ad una pagina di riferimento) di software da usare per creare immagini da inserire in pubblicazioni scientifiche.

PS: In particolare sono ancora alla ricerca di un programma per disegnare i vettori, con MS Visio è abbastanza semplice crearli però non riesco ad esportare poi anche la griglia quadrettata dietro l'immagine che è necessaria per i miei scopi. Ad esempio se devo spiegare la somma di due vettori è inmportante avere dei quadretti come riferimento. Se qualcuno sa come aiutarmi è il benvenuto.
*nicola* è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
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