Programmetti per lab... link?

Dr Nick Riviera · 19-11-2005, 04:59

Salve raga.. conoscete qualche link a programmi per lab, anche in versione sharewear o demo... così, solo per avere un'idea di cosa viene utilizzato..
Mi riferisco a programmi come ad esempio QuantityOne (per avere una misura quantitativa di bande di DNA analizzando la foto di un gel elettroforetico)... e così via..
Grazie per l'aiuto..

Lorekon · 20-11-2005, 17:07

VectorNTI della Invitrogen è una suite abbastanza completa e adesso è free, basta registrarsi e fa un pò tutto (allinea, disegna, trova oligo, testa gli oligo, simula digestioni, simula amplificazioni, etc...) e si interfaccia a NCBI via internet (puoi tirarti giù direttamente le sequenze). Questa versione non l'ho ancora usata.

per la PCR in particolare puoi usare anche FastPCR che è più specializzato sui primer. (li sceglie, li testa, mostra hairpin, dimeri, Tm, e tutto quel che in genere serve).

per la modellistica tridimensionale c'è in giro roba sui siti di proteomica (swissProt, Expasy, etc)

per i blast in rete (blastn, blastp, etc..) ci sono in giro dei programmini in dos ma non li ho sottomano, se vuoi te li mando in mail con le regolette della sintassi (sono da riga di comando).

buon lavoro

Lorekon · 20-11-2005, 17:10

per la quantificazione delle bande i programmi sono di solito mooooolto costosi (di solito incorporano anche il software per le bidimensionali di proteine, per la quatificazione degli spot dei macroarray) e non ne conosco molti.

prova sul sito della Nonlinear, o di Phoretix o qlcs del genere.

in media cmq per il DNA si fa tutto a occhio

(a meno che non fai robe quantitative o semi.quantitative nel qual caso tu affidi allo spettrofotometro con assorbanza a 260 nm o, se ne hai la possibilità, al fluorimetro che è molto più sensibile).

ma a te cosa serve esattamente?

Dr Nick Riviera · 20-11-2005, 19:57

Grazie Lorekon.. vedrò un po' nei siti che mi hai consigliato..

PS: FastPCR lo conoscevo anch'io

..c'hanno spiegato il suo funzionamento e la sua utilità all'uni..

Grazie ancora..

19-11-2005, 04:59	#1
Dr Nick Riviera Senior Member Iscritto dal: Sep 2004 Messaggi: 706	Programmetti per lab... link? Salve raga.. conoscete qualche link a programmi per lab, anche in versione sharewear o demo... così, solo per avere un'idea di cosa viene utilizzato.. Mi riferisco a programmi come ad esempio QuantityOne (per avere una misura quantitativa di bande di DNA analizzando la foto di un gel elettroforetico)... e così via.. Grazie per l'aiuto..

20-11-2005, 17:07	#2
Lorekon Senior Member Iscritto dal: May 2002 Città: Pavia.. a volte Milano o Como...talora Buccinasco! Firenze fino al 15/7 Messaggi: 2143	VectorNTI della Invitrogen è una suite abbastanza completa e adesso è free, basta registrarsi e fa un pò tutto (allinea, disegna, trova oligo, testa gli oligo, simula digestioni, simula amplificazioni, etc...) e si interfaccia a NCBI via internet (puoi tirarti giù direttamente le sequenze). Questa versione non l'ho ancora usata. per la PCR in particolare puoi usare anche FastPCR che è più specializzato sui primer. (li sceglie, li testa, mostra hairpin, dimeri, Tm, e tutto quel che in genere serve). per la modellistica tridimensionale c'è in giro roba sui siti di proteomica (swissProt, Expasy, etc) per i blast in rete (blastn, blastp, etc..) ci sono in giro dei programmini in dos ma non li ho sottomano, se vuoi te li mando in mail con le regolette della sintassi (sono da riga di comando). buon lavoro __________________ "Le masse sono abbagliate più facilmente da una grande bugia che da una piccola". (Adolf Hitler) "Se sei bello ti tirano le pietre, se sei brutto ti tirano le pietre. se sei al duomo ti tirano il duomo". (cit. un mio amico ) Ultima modifica di Lorekon : 20-11-2005 alle 17:11.

20-11-2005, 17:10	#3
Lorekon Senior Member Iscritto dal: May 2002 Città: Pavia.. a volte Milano o Como...talora Buccinasco! Firenze fino al 15/7 Messaggi: 2143	per la quantificazione delle bande i programmi sono di solito mooooolto costosi (di solito incorporano anche il software per le bidimensionali di proteine, per la quatificazione degli spot dei macroarray) e non ne conosco molti. prova sul sito della Nonlinear, o di Phoretix o qlcs del genere. in media cmq per il DNA si fa tutto a occhio (a meno che non fai robe quantitative o semi.quantitative nel qual caso tu affidi allo spettrofotometro con assorbanza a 260 nm o, se ne hai la possibilità, al fluorimetro che è molto più sensibile). ma a te cosa serve esattamente? __________________ "Le masse sono abbagliate più facilmente da una grande bugia che da una piccola". (Adolf Hitler) "Se sei bello ti tirano le pietre, se sei brutto ti tirano le pietre. se sei al duomo ti tirano il duomo". (cit. un mio amico )

20-11-2005, 19:57	#4
Dr Nick Riviera Senior Member Iscritto dal: Sep 2004 Messaggi: 706	Grazie Lorekon.. vedrò un po' nei siti che mi hai consigliato.. PS: FastPCR lo conoscevo anch'io ..c'hanno spiegato il suo funzionamento e la sua utilità all'uni.. Grazie ancora..

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