[c++]eclipse cdt problema compilatore?

[kid17]

Salve,
ho installato:
eclipse cdt su vista
wingw
facendo un semplice "Hello world" tutto ok.
Tuttavia creando un nuovo progetto che fa uso di una libreria(generata da me con il matlab) mi genera i seguenti errori:

mclmcr.h:212: error: conflicting declaration 'typedef long int int32_t'
c:\mingw\bin\../lib/gcc/mingw32/4.3.2/../../../../include/stdint.h:31: error: 'int32_t' has a previous declaration as 'typedef int int32_t'
..\/mclmcr.h:536: error: 'mxInt64' has not been declared
..\/mclmcr.h:536: error: 'virtual int array_ref::get_numeric(int*, int)' cannot be overloaded
..\/mclmcr.h:534: error: with 'virtual int array_ref::get_numeric(mxInt32*, int)'
..\/mclmcr.h:537: error: 'mxUint64' has not been declared
continuano...

Uno stesso programma con il visual studio c++ funziona...ma io lo devo fare con eclipse...
Può essere un problema di wingw?
Se è così quale altro compilatore c++ funzionante per eclipse devo installare?