Freeze al boot di Windows 7 dopo boot Linux

[ddannyboodmann]

Premessa:
- ho due portatili Asus G73J, che devono essere identici nella configurazione (tranne che per lo stretto necessario al funzionamento, tipo IP, ...), in maniera da utilizzare il secondo se il primo avesse problemi
- ho installato Win 7 Pro (upgrade dal preinstallato Win 7 Home Premium) sul primo portatile e funziona tranquillamente.
- ho utilizzato CloneZilla per fare una copia dell'intero hd (MBR, partizione di recupero, OS, partizione dati)

Problema: ripristino la copia fatta con CloneZilla sul secondo portatile, avvio Windows e alla schermata di login (mentre inserisco la password o poco dopo) Windows si "freeza" (no BSOD), al che sono costretto a spegnere il computer forzatamente tramite il tasto di accensione e riavviare.
Per risolvere, scelgo di avviare in "Safe mode with MS-Dos Prompt" (o qualcosa del genere), mi loggo, lancio un chkdsk /f /r c: (ma sarebbe sufficiente senza /r), riavvio, Windows funziona correttamente, senza grossi problemi.
Ora però ho l'esigenza di avere un dual boot sulla macchina con una distribuzione Linux (nel caso specifico Kubuntu). Installo, mi riconosce le partizioni Win senza problemi e funziona. Riavvio in Windows, stesso freeze allo stesso punto. Risolvo con chkdsk /f c:, riavvio, Windows rifunziona.
Ogni volta che riavvio Kubuntu, però, mi da lo stesso problema. Se riavvio Windows, lo avvio da macchina spenta (dopo aver utilizzato Windows) o altro, non ho alcun problema; se invece lancio Kubuntu, il problema si ripresenta.

Idee?

edit: dimenticavo, ogni volta che eseguo il chkdsk mi vengono segnalati questi errori:

x (variabile, mi sembra) large file records processed
0 bad file records processed
2 EA records processed
60 records processed

poi, nella verifica dei security descriptors
255232 file SDs/SIDs processed
17393 data files processed
34223232 USN bytes processed

edit 2: ho già provato a ripristinare Win 7, senza esito