[Official Thread]Software scientifico

[Ziosilvio]

@Bounty:

Per la richiesta di aiuto: ho inserito nella discussione principale, che serve sia per dare consigli che per chiedere consigli

Per i link: ringrazio, ma ho qualche dubbio sui primi tre, che puntano a documenti in una sezione ad accesso libero di una società di consulenza privata.
Ne parlo in staff e ti faccio sapere.
EDIT: tutto a posto, le risorse sono disponibili liberamente, quindi linkabili

Per la firma:
Il regolamento dice, "3 righe a 1024 solo testo con un massimo di 3 smiles dell'Hardware Upgrade Forum oppure un'immagine 100 X 50 X 5KB e una riga di testo (non deve andare a capo)".
Questo vuol dire che delle due cose:

• tre righe con un massimo di tre faccine del forum
• un'immagine max 100x50x5kB e una riga di testo che non va a capo

devi sceglierne una e una sola, ma non puoi averle entrambe.
Quindi la tua sign attuale è irregolare. Sei pregato di editarla.

[Bounty_]

Forse ho capito come risolvere, sto provando dipende dalle '' e dalle ()

Originariamente inviato da codice

P: 200;
Prog:0;

array (Pr, flonum, Prog);
fillarray (Pr, [P]);

(
do
(
P: ''((50*3-(''Prog+2))/1),

''(Prog: ''(''Prog+1)),
''(rearray (Pr, ''Prog)),
Pr[Prog]: ''P,

if (1 > ''Pr[''Prog]) then return (Prog)));

Cosi' pero' non mi esce mai dal loop.

Ho modificato la firma.

Ciao

[Bounty_]

Originariamente inviato da codice

P: 200;
Prog: 0;

array (Pr, flonum, 0);
fillarray (Pr, [P]);

(

for a: 0 thru 3 step 1
do
(
P: ''a*3,
ev(Prog: Prog+1, numer),

ev(rearray (Pr, ''Prog), numer),

ev(Pr[Prog]: ''P, numer),

display(a),
display(Prog),
display(P),
ev(display(Pr[''Prog]), numer) ));

Le rige in grassetto e corsivo non riesco a farle funzionare.
La riga

ev(rearray (Pr, ''Prog), numer),

non sono sicuro che funzioni.
Il resto funziona.
Per provare che le altre righe funzionano potete far diventare un commento quelle che non funzionano
mettendole tra: /* */
Aiutooo


- - - - - - - - - - - - - - Curiosita' - - - - - - - - - - - - - -
Per curiosita'
P: ''a*3,

Originariamente inviato da commento

lo cicla in quanto a e' la variabile del ciclo

ev(Prog: Prog+1, numer),

Originariamente inviato da commento

/* senno' scritto cosi' Prog: Prog+1, non lo cicla, lo calcola una volta solo */

[sertor185]

ho questo problema devo caricare un file c generato da un programma contenete caratteri e intei e devo estrarre alcuni interi.
ci sono delle righe che contengono delle informazioni inutili e certe altre che contengono sia caratteri che numeri io in quella riga devo estrarre solamente il numero esempio:

----------------------------------------------------------
#include <stdio.h> RIGA INUTILE
#include "Fuzzy.h" RIGA INUTILE
int num_inputs = 4; RIGA UTILE
-----------------------------------------------.TXT-------
nella mia riga utile mi serve estrarre solo il 4 ok??

il mio codice che apre e scarica le varie righe è questo

dati = fopen('fuzzy.c','rt')


for i= 1:inf
s = fgetl(dati);
if (s == -1), break, end
c(i) = cellstr(s);
end
ora mi serve capire come da una determinata riga posso estrarre solo la parte intera!

GRAZIE

[Ziosilvio]

Sposto nel thread in rilievo

EDIT: vedo che hai inviato un messaggio uguale in Programmazione.
Questo si chiama crossposting e
Ho segnalato ai moderatori di sezione.

[checcot]

Originariamente inviato da sertor185

ho questo problema devo caricare un file c generato da un programma contenete caratteri e intei e devo estrarre alcuni interi.
ci sono delle righe che contengono delle informazioni inutili e certe altre che contengono sia caratteri che numeri io in quella riga devo estrarre solamente il numero esempio:

----------------------------------------------------------
#include <stdio.h> RIGA INUTILE
#include "Fuzzy.h" RIGA INUTILE
int num_inputs = 4; RIGA UTILE
-----------------------------------------------.TXT-------
nella mia riga utile mi serve estrarre solo il 4 ok??

il mio codice che apre e scarica le varie righe è questo

dati = fopen('fuzzy.c','rt')


for i= 1:inf
s = fgetl(dati);
if (s == -1), break, end
c(i) = cellstr(s);
end
ora mi serve capire come da una determinata riga posso estrarre solo la parte intera!

GRAZIE

Puoi usare la funzione isstrprop(s, 'digit') dove s è la tua stringa.

[alimatteo86]

ho un problemuccio con matlab

è banale....ma sono stanco e devo avere tutto pronto per domattina, quindi chiedo il vostro aiuto....

ho vari file txt di dimensione 3x15000 che rappresentano 2 valori che variano nel tempo (in genere in maniera lineare o sinusoidale)

quello che vorrei fare è di creare un grafico (e, magari, una o più funzioni) che rappresenti media e varianza di quei valori in funzione del tempo

a me era venuto in mente giusto di calcolare media e varianza a gruppi di 10 o 20 dati e interpolare i punti....però mi sembra decisamente una porcata, soprattutto quando c'è da lavorare in zone sinusoidali a frequenza elevata

idee migliori?

[evelon]

Originariamente inviato da Ziosilvio

Bentrovati.

...

per chi può interessare c'è Cristal (Computational Tool for Solid State Chemistry and Physics) ora giunto alla versione 0.6 (credo)

qualche nota:

Full Features

Hamiltonians
• Hartree-Fock Theory
o Restricted
o Unrestricted

• Density Functional Theory
o Local functionals [L] and gradient-corrected functionals [G]
 Exchange functionals
 Slater (LDA) [L]
 von Barth-Hedin (VBH) [L]
 Becke '88 (BECKE) [G]
 Perdew-Wang '91 (PWGGA) [G]
 Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE) [G]
 Correlation functionals
 VWN (#5 parameterization) (VWN) [L]
 Perdew-Wang '91 (PWLSD) [L]
 Perdew-Zunger '81 (PZ) [L]
 von Barth-Hedin (VBH) [L]
 Lee-Yang-Parr (LYP) [G]
 Perdew '86 (P86) [G]
 Perdew-Wang '91 (PWGGA) [G]
 Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE) [G]
o Hybrid HF-DFT functionals
 B3PW, B3LYP (using the VWN5 functional)
 User-defined hybrid functionals
o Numerical-grid based numerical quadrature scheme

Energy derivatives
• Analytical first derivatives with respect to the nuclear coordinates and cell parameters
o Hartree-Fock and Density Functional methods
o All-electron and Effective Core Potentials
Type of calculation
• Single-point energy calculation
• Automated geometry optimization
o Uses a modified conjugate gradient algorithm
o Optimizes in symmetry-adapted cartesian coordinates
o Optimizes in redundant coordinates
o Full geometry optimization (cell parameters and atom coordinates)
o Freezes atoms during optimization
• Harmonic frequencies at Gamma
• Anharmonic frequencies for X-H bonds
Basis set
• Gaussian type functions basis sets
o s, p, d, and f GTFs
o Standard Pople Basis Sets
 STO-nG n=2-6 (H-Xe), 3-21G (H-Xe), 6-21G (H-Ar)
 polarization and diffuse function extensions
o User-specified basis sets supported
• Pseudopotential Basis Sets
o Available sets are:
 Hay-Wadt large core
 Hay-Wadt small core
o User-defined pseudopotential basis sets supported
Periodic systems
• Periodicity
o Consistent treatment of all periodic systems
o 3D - Crystalline solids (230 space groups)
o 2D - Films and surfaces (80 layer groups)
o 1D - Polymers (75 rod groups)
o 0D - Molecules (32 point groups)
• Automated geometry editing
o 3D to 2D - slab parallel to a selected crystalline face (hkl)
o 3D to 0D - cluster from a perfect crystal (H saturated)
o 3D to 0D - extraction of molecules from a molecular crystal
o 3D to n3D - supercell creation
o Several geometry manipulations (reduction of symmetry; insertion, displacement, substitution, deletion of atoms)
Wave function analysis and properties
• Band structure
• Density of states
o Band projected DOSS
o AO projected DOSS
• All Electron Charge Density - Spin Density
o Density maps
o Mulliken population analysis
o Density analytical derivatives
• Atomic multipoles
• Electric field
• Electric field gradient
• Structure factors
• Compton profiles
• Electron Momentum Density
• Electrostatic potential and its derivatives
o Quantum and classical electrostatic potential and its derivatives
o Electrostatic potential maps
• Fermi contact
• Localized Wannier Functions (Boys method)
• Dielectric properties
o Spontaneous polarization (Berry Phase)
o Spontaneous polarization (Localized Wannier Functions)
o Dielectric constant
Software performance
• Memory management: dynamic allocation
• Full parallelization of the code
o parallel SCF and gradients for both HF and DFT methods
o Replicated data version (MPI)
o Massive parallel version (MPI) (distributed memory)

[serbring]

ho una serie di punti che descrivono una funzione di trasferimento. E' possibile con matlab calcolare i parametri di un'equazione interpolante che abbia una ben precisa struttura? Nel mio caso l'equazione che devo usare per fare il fit, deve essere costituita da uno zero semplice e da un polo complesso e coniugato.

[Bounty_]

global T = 11807
Temperatura (1,1) = T
global PmolKg = 1.00794*2/1000
global R = 8.314472
global vp = 0
vp = sqrt((2*R*Temperatura(1,Prog))/PmolKg)

In quest'ultima riga Octave mi segnala errore di sintassi.


Cosi' perchè sappiate di cosa si tratta,
sto calcolandola velocità più probabile nella distribuzione di Maxwell-Boltzmann a 11807°K:

http://en.wikipedia.org/wiki/Maxwell...n_distribution

Il problema che avevo nei post sopra ci ho rinunciato a farlo con Maxima,
ho tradotto il programma in linguaggio Octave=Matlab e lo sto correggendo in Octave appunto.

Grazie in anticipo per tutto l'aiuto che riuscite/potete.
Ciao

[serbring]

Originariamente inviato da serbring

ho una serie di punti che descrivono una funzione di trasferimento. E' possibile con matlab calcolare i parametri di un'equazione interpolante che abbia una ben precisa struttura? Nel mio caso l'equazione che devo usare per fare il fit, deve essere costituita da uno zero semplice e da un polo complesso e coniugato.

ho risolto con questo tool per matlab è fantastico

http://www.physicsforums.com/showthread.php?t=203898

[serbring]

vi descrivo per bene il problema perchè mi sono bloccato più avanti.

Ho una serie di punti che descrivono il guadagno di una certa risposta in frequenza misurata sperimentalmente. Ho l'equazione teorica della funzione di risposta armonica del mio sistema. Attraverso il fit del guadagno voglio calcolare certi parametri che sono contenuti nell'equazione, che mi risulterebbero impossibili da calcolare. C'è un modo da matlab per passare dalla risposta armonica al guadagno? Ho provato a calcolare il guadagno a mano ma mi è venuta una slavagnata di conti che ho paura di aver sbagliato.

Detto in altre parole ho il diagramma di bode del guadagno ricavato sperimentalmente e l'equazione teorica del modello con dei parametri incogniti; io voglio fare il fit del digramma del guadagno per ricavare questi parametri incogniti.

[Bounty_]

Originariamente inviato da Bounty_

global T = 11807
Temperatura (1,1) = T
global PmolKg = 1.00794*2/1000
global R = 8.314472
global vp = 0
vp = sqrt((2*R*Temperatura(1,Prog))/PmolKg)

In quest'ultima riga Octave mi segnala errore di sintassi.


Cosi' perchè sappiate di cosa si tratta,
sto calcolandola velocità più probabile nella distribuzione di Maxwell-Boltzmann a 11807°K:

http://en.wikipedia.org/wiki/Maxwell...n_distribution

Il problema che avevo nei post sopra ci ho rinunciato a farlo con Maxima,
ho tradotto il programma in linguaggio Octave=Matlab e lo sto correggendo in Octave appunto.

Grazie in anticipo per tutto l'aiuto che riuscite/potete.
Ciao

Non avevo messo il ";" alla fine della riga che era all'interno di un ciclo.
vp = sqrt((2*R*Temperatura(1,Prog))/PmolKg);

Ciao

[Bounty_]

Devo fare una ricerca dicotomica (Binary search algorithm)
su una matrice per trovarmi o, l'indice del valore corrispondente,
oppure l'indice del valore appena minore.
http://en.wikipedia.org/wiki/Binary_search
http://en.wikipedia.org/wiki/Interpolation_search

Originariamente inviato da codice OCTAVE=MATLAB

Prog = 7; % nel programma definitivo questa riga non serve, e' qui' solo per dargli l'indice massimo della Matrice in cui cercare (cosa che nel programma definitivo avra' a disposizione proprio nel valore di questa variabile)
tempo = [4, 6, 6, 8, 1, 2, 9]; % nel programma definitivo questa riga non serve, e' qui' solo per dargli una Matrice dove cercare


% Algoritmo di ricerca dicotomica Binary search algorithm
function secondi = Proggr_s (secondi)

Sup = Prog;
Infer = 0;
Uscita = 2;
while Uscita != 1

Medio = floor((Sup-Infer)/2)+Infer;
if tempo(1,Medio) == tempo(1,secondi)

secondi=Medio;
Uscita = 1;

else

if tempo(1,Medio) < tempo(1,secondi)

Infer = tempo(1,Medio);

else
if Medio-Infer==1

secondi=Infer;
Uscita = 1;

else

Sup = tempo(1,Medio);

endif

endif

endif

endwhile

endfunction

Mi da' l'errore:
"can't perform indexing operations for <unknown type> type"


Aiutooo grazie

[Bounty_]

Beh, l'errore non l'ho trovato pero' ho risolto lo stesso.

Originariamente inviato da Codice OCTAVE=Matlab

function i = bsearch(x,n);

i = find(x<=n)(end);

endfunction

Trovato qui':
http://www.nabble.com/Re%3A-bsearch-...e-p276416.html

Ciao

[gugoXX]

Qualcuno sa se per caso il vecchio Derive per Dos e' disponibile sotto freeware oggi (abandonware), oppure esistono pacchetti free simili?
Devo giocare con delle sommatorie - serie

[Ziosilvio]

Originariamente inviato da gugoXX

Qualcuno sa se per caso il vecchio Derive per Dos e' disponibile sotto freeware oggi (abandonware), oppure esistono pacchetti free simili?
Devo giocare con delle sommatorie - serie

"Abandonware" non è una categoria legalmente riconosciuta. A scaricare abandonware si rischia comunque di violare i diritti d'autore.
Prova Maxima, è software libero.

[dario fgx]

salve ragazzi, devo chiedere l'aiuto di voi smanettoni perchè ho smesso di usare matlab almeno 2 anni fà ed ho bisogno di rinfrescarmi la memoria.

Non entrerò nei dettagli della fisica che devo simulare (fasci gaussiani) ma mi limiterò a spiegare cosa vorrei realizzare:

Ho una funzione q(z) immaginaria della variabile reale z, questa q(z) a sua volta dipende da 2 funzioni reali w(z) ed r(z) della stessa variabile z.

innanzitutto vorrei sapere come poter maneggiare in maniera facile e veloce questa dipendenza senza incorrere in una pletora di errori.

Il calcolo simbolico dichiarando

"syms z"

potrebbe essere la soluzione?

C'è qualcuno disposto a seguirmi in questo e in quello che devo fare dopo?

Grazie a tutti.

[dario fgx]

help!

[dario fgx]

Originariamente inviato da dario fgx

salve ragazzi, devo chiedere l'aiuto di voi smanettoni perchè ho smesso di usare matlab almeno 2 anni fà ed ho bisogno di rinfrescarmi la memoria.

Non entrerò nei dettagli della fisica che devo simulare (fasci gaussiani) ma mi limiterò a spiegare cosa vorrei realizzare:

Ho una funzione q(z) immaginaria della variabile reale z, questa q(z) a sua volta dipende da 2 funzioni reali w(z) ed r(z) della stessa variabile z.

innanzitutto vorrei sapere come poter maneggiare in maniera facile e veloce questa dipendenza senza incorrere in una pletora di errori.

Il calcolo simbolico dichiarando

"syms z"

potrebbe essere la soluzione?

C'è qualcuno disposto a seguirmi in questo e in quello che devo fare dopo?

Grazie a tutti.

allora q(z) descrive un fascio gaussiano.

Ecco un primo abbozzo ed il problema

>> syms z real
>> r = z*(1+((0.5*10^(-3))^2)/(z.^2));
>> w = (10*10^(-6))*(sqrt(1+(z/(0.5*10^(-3))).^2));
>> qinv = 1/r - i*((633*10^(-9)/pi)/(w).^2);
>> f = imag(qinv);
>> w2 = (-(633*10^(-9)/pi)/f)^0.5

dunque con queste righe mi calcolo 1/q(z).

adesso voglio fare una verifica:
mi calcolo la parte immaginaria di qinv (1/q(z))
da questa mi ricavo di nuovo w (w(2))
verifico con un ezplot che w e w(2) coincidano
d infatti facendo il plot ed assegnando dei valori numerici coincidono!

Poi devo vedere cosa accade al fascio gaussiano q(z) quando si propaga attraverso degli elementi ottici.
per fare questo si usano le matrici ABCD che richiedono non 1/q(z) ma richiedono q(z)

mi calcolo q(z), lo faccio propagare attraverso le matrici ABCD
a questo punto l'espressione di q(z) si è complicata e quando vado a calcolare la parte immaginaria del nuovo q(z) accade che il matlab sbaglia, mi da una espressione assurda che contiene l'immaginario "i"

Help!