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Old 27-01-2009, 11:52   #1
Ziosilvio
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[Official Thread]Software scientifico

Bentrovati.

In séguito ad una richiesta sull'uso di R, ho pensato che possa essere utile avere una discussione in rilievo sui software scientifici, in cui poter chiedere aiuti, consigli e suggerimenti sul loro uso, sulle librerie aggiuntive, e simili.
In effetti, questi software vengono di solito adoperati dai ricercatori, piuttosto che dai programmatori; per cui, anche postando nell'altra sezione, potrebbe essere difficile trovare aiuto sul modo di risolvere un problema in Matlab, semplicemente perché chi ha pratica col loro uso frequenta più Scienza e tecnica che non Programmazione.

Per cui, ecco a voi questo thread in cui parlare di:
  • Maple
  • Matlab
  • Mathematica
  • Maxima
  • Octave
  • R
  • Scilab
e anche di:
  • BLAS
  • Lapack
  • SciPy
e chi più ne ha più ne metta

Aspetto i vostri contributi ai post di servizio:
  • Matematica
  • Statistica
  • Fisica
  • Chimica
  • Biologia
  • Astronomia
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Old 27-01-2009, 11:58   #2
Ziosilvio
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Software matematico e statistico

Gnuplot
  • Sito ufficiale: http://www.gnuplot.info/
  • Licenza: Coperto da copyright ma distribuibile gratuitamente
  • Descrizione: (dal sito ufficiale)
    Gnuplot è una utility a riga di comando per tracciamento di grafici. La sua versatilità è sufficiente a permetterne l'impiego da parte di software di terze parti. Traccia grafici 2D e 3D, produce output in diversi formati tra cui TeX e JPEG, ed è estendibile per includere nuove modalità.
  • Link utili:

Matlab
Maxima
Octave
  • Sito ufficiale: http://www.gnu.org/software/octave/
  • Licenza: GNU GPL v3
  • Descrizione: (dal sito ufficiale)
    GNU Octave è un linguaggio di alto livello, pensato primariamente per la computazione numerica. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per la soluzione numerica di problemi lineari e non-lineari, e per l'esecuzione di altri esperimenti adoperando un linguaggio che è per lo più compatibile con Matlab. Può anche essere adoperato come linguaggio batch oriented.
  • Link utili:

R
wxMaxima (contribuito da The_ouroboros)
  • Sito ufficiale: http://wxmaxima.sourceforge.net/wiki....php/Main_Page
  • Licenza: GNU GPL v2
  • Descrizione:
    wxMaxima è un'interfaccia grafica cross-platform per Maxima (vedi sopra) basato su wxWidgets. Le sue caratteristiche comprendono:
    • visualizzazione in grafica 2D dell'output di Maxima
    • menu per la maggior parte dei comandi, e pulsanti per quelli più usati
    • finestre di dialogo per l'inserimento dei comandi con più argomenti
    • possibilità di creare, salvare e modificare documenti mescolando testo e calcoli
    • animazioni (versione 0.7.4 e successive)
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Ultima modifica di Ziosilvio : 20-03-2009 alle 12:42.
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Old 27-01-2009, 11:58   #3
Ziosilvio
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Software per fisica e astronomia

Crystal (contribuito da evelon)
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Ultima modifica di Ziosilvio : 27-11-2009 alle 13:09.
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Old 27-01-2009, 11:59   #4
Ziosilvio
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Software per chimica, biologia e medicina

Gaussian (contribuito da Lucrezio)
  • Sito ufficiale: www.gaussian.com
  • Licenza: Commerciale
  • Descrizione:
    Gaussian è fra i programmi più usati per simulazioni e calcoli di proprietà molecolari. Non solo svolge praticamente tutte le funzioni richieste ad un software della sua categoria, ma è anche dotato di un'interfaccia grafica user friendly.
    Il software può calcolare:
    • Energie
    • Ottimizzazioni di geometria
    • Proprietà di risposta tramite la teoria delle derivate analitiche (frequenze vibrazionali, proprieta' elettriche e magnetiche, tensori di schermo...
    • Proprietà di risposta dinamica (tramite la teoria della risposta lineare)
    il tutto a vari livelli di teoria, tra cui:
    • Hartree Fock
    • DFT, con la possibilità di scegliere fra numerosi funzionali, anche ibridi
    • Teoria perturbativa fino al quinto ordine
    • Interazione di configurazioni di singole e doppie, eventualmente quadratica
    • Coupled Cluster (CCSD, con eventuale inclusione perturbativa delle triple, CCSD(T))
    • CAS-SCF
    • Metodi semiempirici (AM1, PM3...)
    • Meccanica Molecolare (Amber...)
    e per gli stati eccitati:
    • TDHF e TDDFT con tutti i funzionali (anche il cam-b3lyp e' disponibile nelle versioni piu' recenti)
    • ZINDO
    • CIS
    • SAC-CI
    Per la maggioranza dei metodi sono disponibili i gradienti analitici. E' inoltre possibile includere l'effetto del solvente con modelli continui, come IEF-PCM o modelli piu' rudimentali.
    Il software può gestire calcoli per sistemi open e closed shell; sono implementate basi gaussiane di svariata natura (basi di Pople, basi cc-pVXZ, basi ECP).
  • Link utili:
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Ultima modifica di Ziosilvio : 03-02-2009 alle 08:44.
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Old 02-02-2009, 10:28   #5
gasgas86
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Iscritto dal: Dec 2006
Messaggi: 25
aiuto matlab!

Buongiorno a tutti,
avendo poche conoscenze di matlab mi trovo in difficoltà con una cosa che potrebbe anche risultare ovvia.. Ho una serie di punti nello spazio,in quota x,y,z e li devo collegare creando una superficie (dovrebbe venire una specie di "montagna" ) ma non riesco a capire quale comando usare.. Il comando meshgrid mi chiede come terzo valore una matrice ma non capisco. Se qualcuno mi può aiutare! grazie mille
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Old 02-02-2009, 14:45   #6
checcot
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Iscritto dal: Nov 2003
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Quote:
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Buongiorno a tutti,
avendo poche conoscenze di matlab mi trovo in difficoltà con una cosa che potrebbe anche risultare ovvia.. Ho una serie di punti nello spazio,in quota x,y,z e li devo collegare creando una superficie (dovrebbe venire una specie di "montagna" ) ma non riesco a capire quale comando usare.. Il comando meshgrid mi chiede come terzo valore una matrice ma non capisco. Se qualcuno mi può aiutare! grazie mille
Qui trovi tutti i comandi grafici di Matlab:

Link

Quello che cerchi dovrebbe essere surf(X,Y,Z)
checcot è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 02-02-2009, 17:28   #7
gasgas86
Junior Member
 
Iscritto dal: Dec 2006
Messaggi: 25
boh

il problema è che anche con surf il terzo dato da inserire deve essere una matrice,mentre io ho i miei 3 vettori di punti nello spazio!!
gasgas86 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 02-02-2009, 20:52   #8
checcot
Junior Member
 
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Messaggi: 12
Quote:
Originariamente inviato da gasgas86 Guarda i messaggi
il problema è che anche con surf il terzo dato da inserire deve essere una matrice,mentre io ho i miei 3 vettori di punti nello spazio!!
Hai ragione. Z deve essere una matrice di dimensioni [n,m], dove n è la lunghezza di x e m la lunghezza di y. e i valori sono quelli contenuti nel vettore z ripetuti tante volte quante volte è necessario per comporre la tua matrice.

Es:

Poniamo che il tuo x = [1,2,3], y = [4,5,6,7] e z = [8,9,10,11]. La tua nuova matrice Z deve essere:

Quote:
8 9 10 11
8 9 10 11
8 9 10 11
8 9 10 11
Spero sia chiaro.
checcot è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 03-02-2009, 08:18   #9
Lucrezio
Senior Member
 
L'Avatar di Lucrezio
 
Iscritto dal: Dec 2003
Città: Trento, Pisa... ultimamente il mio studio...
Messaggi: 4369
Qualche parola si potrebbe spendere su uno dei software piu' completi per la chimica teorica, parlo del Gaussian
www.gaussian.com
Non e' un software libero - la licenza costa un botto di soldi! - ma e' fra i programmi piu' usati per simulazioni e calcoli di proprieta' molecolari.
Ha il vantaggio di essere user-friendly, grazie all'interfaccia grafica GaussView, e di fare praticamente tutto.
Ne riassumo rapidamente le caratteristiche.

Calcola a vari livelli di teoria
- Energie
- Ottimizzazioni di geometria
- Proprieta' di risposta tramite la teoria delle derivate analitiche (frequenze vibrazionali, proprieta' elettriche e magnetiche, tensori di schermo...
- Proprieta' di risposta dinamica (tramite la teoria della risposta lineare)

I livelli di teoria disponibili sono
- Hartree Fock
- DFT, con la possibilita' di scegliere fra numerosi funzionali, anche ibridi
- Teoria perturbativa fino al quinto ordine
- Interazione di configurazioni di singole e doppie, eventualmente quadratica
- Coupled Cluster (CCSD, con eventuale inclusione perturbativa delle triple, CCSD(T))
- CAS-SCF
- Metodi semiempirici (AM1, PM3...)
- Meccanica Molecolare (Amber...)

Per gli stati eccitati:
- TDHF e TDDFT con tutti i funzionali (anche il cam-b3lyp e' disponibile nelle versioni piu' recenti)
- ZINDO
- CIS
- SAC-CI

Per la maggioranza dei metodi sono disponibili i gradienti analitici, e' inoltre possibile includere l'effetto del solvente con modelli continui, come IEF-PCM o modelli piu' rudimentali.
Il programma e' in grado di gestire calcoli per sistemi open e closed shell; sono implementate basi gaussiane di svariata natura (basi di Pople, basi cc-pVXZ, basi ECP).
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"Expedit esse deos, et, ut expedit, esse putemus" (Ovidio)
Il mio "TESSORO": SuperMicro 733TQ, SuperMicro X8DAI I5520, 2x Xeon Quad E5620 Westmere, 12x Kingston 4GB DDR3 1333MHz, 4x WD 1Tb 32MB 7.2krpm
Lucrezio è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 03-02-2009, 09:36   #10
gasgas86
Junior Member
 
Iscritto dal: Dec 2006
Messaggi: 25
buono

si,la zeta deve essere una matrice.. ma ora il problema che mi si pone è su come "pilotare" il collegamento dei punti come voglio io; c'è un modo per agire sulla sequenza di collegamento che opera mesh o i comandi di grafica in genere? grazie mille!
gasgas86 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 04-02-2009, 16:49   #11
kikino
Member
 
L'Avatar di kikino
 
Iscritto dal: Nov 2003
Città: Moro num pais tropical Abençoado por Deus Bonito por natureza
Messaggi: 88
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avendo poche conoscenze di matlab mi trovo in difficoltà con una cosa che potrebbe anche risultare ovvia.. Ho una serie di punti nello spazio,in quota x,y,z e li devo collegare creando una superficie (dovrebbe venire una specie di "montagna" ) ma non riesco a capire quale comando usare.. Il comando meshgrid mi chiede come terzo valore una matrice ma non capisco. Se qualcuno mi può aiutare! grazie mille
domanda: devi necessariamnete meshare i punti con Matlab o puoi ricorrere a un qualche altro software?

Esiste il surfer che legge terne di punti da file excel o TXT, ma anche in altri formati. Di ogni terna considera i primi due elementi come coordinata sul piano e a questo assegna la quota del terzo numero letto.
Quanto al problema del come collegarli... ovviamente una volta che hai la disposizione spaziale dovresti avere risolto... ma questo programma ti fa scegliere i diversi algoritmi di krieging
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TIRANNIDE indistintamente appellare si debbe ogni qualunque governo, in cui chi è preposto alla esecuzion delle leggi, può farle, distruggerle, infrangerle, interpretarle, impedirle, sospenderle; od anche soltanto deluderle, con sicurezza d'impunità. Vittorio Alfieri 1777
kikino è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 04-02-2009, 17:33   #12
Ziosilvio
Moderatore
 
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Quote:
Originariamente inviato da kikino Guarda i messaggi
Esiste il surfer
A solo 599 dollari

Visto che già parecchi soldi sono stati investiti in Matlab, da gasgas86 o dalla sua università o azienda, tanto vale forse imparare a fare tutto con quello...
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Ziosilvio è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 04-02-2009, 23:19   #13
gasgas86
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Iscritto dal: Dec 2006
Messaggi: 25
effettivamente..

si in effetti se riuscivo a evitare è meglio,ma ho visto c'è anche la demo di surfer.. provo poi aggiorno qui! grazie comunque a tutti,al più chiedo una colletta per comprarlo...
gasgas86 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 05-02-2009, 09:48   #14
entanglement
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L'Avatar di entanglement
 
Iscritto dal: Sep 2008
Città: ...dove Sile a Cagnan s'accompagna...
Messaggi: 1001
porto l'esperienza dell'uso di:

origin (il 6), ora è da poco uscito l'8. fa tutto quello che ad uno scienziato serve e per cui excel non è sufficiente.

http://www.originlab.com/


chemoffice (io ho usato il 2005), versione attuale: 2008. programma ormai standard per modellazione di molecole, computazioni varie (gaussian supportato, gamess incluso nel pacchetto. un po' costoso !

http://www.cambridgesoft.com/softwar...s/?ds=1&dsv=66
__________________
And did you exchange a walk on part in the war for a lead role in a cage?
nerdtest: 36% - http://www.nerdtests.com
entanglement è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 05-02-2009, 15:55   #15
gasgas86
Junior Member
 
Iscritto dal: Dec 2006
Messaggi: 25
risolto

alla fine era solo questione di ricombinare correttamente i dati di inserimento, ,in quanto il mesh richiede tre matrici in ingresso nel tridimensionale quindi ho passato le mie tre matrici formate da tante righe quanti piani avevo creato... scusate se mi spiego male ma è difficile rendere l'idea,se qualcuno ha bisogno cerco di rendermi meno dislessico! grazie mille
gasgas86 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 05-02-2009, 18:21   #16
checcot
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Iscritto dal: Nov 2003
Messaggi: 12
Qui c'è una bella gallery di grafici fatti con R competi di codice:
http://addictedtor.free.fr/graphiques/

Mentre qui trovate altri esempi e file utili presi da un corso sulla visualizzazione dei dati in R:
http://classweb.gmu.edu/dcarr/eda/schedule.html
checcot è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 13-02-2009, 09:29   #17
vincenzo83
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L'Avatar di vincenzo83
 
Iscritto dal: Jun 2001
Messaggi: 458
Volendo nel primo post si può indicare quali sono i software gratuiti
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VIDEOLEZIONI di Matematica, Informatica, Fisica I & II e MOLTO altro, GRATIS !!!
Dooove ? leggete: www.hwupgrade.it/forum/showthread.php?t=1703702

vincenzo83 è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 20-02-2009, 23:18   #18
The_ouroboros
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L'Avatar di The_ouroboros
 
Iscritto dal: May 2007
Città: Irlanda
Messaggi: 6181
wxMaxima is a cross platform GUI for the computer algebra system Maxima based on wxWidgets.

wxMaxima features include:

* 2D formatted math display: wxMaxima implements its own math display engine to nicely display maxima output.
* Menu system: most Maxima commands are available through menus. Most used functions are also available through a button panel below the document.
* Dialogs: commands which require more that one argument can be entered through dialogs so that there is no need to remember the exact syntax.
* Create documents: text can be mixed with math calculations to create documents. Documents can be saved and edited again later.
* Animations: version 0.7.4 adds support for simple animations.

wxMaxima is released under the GPL2 licence.

http://wxmaxima.sourceforge.net/wiki....php/Main_Page
__________________
Xbox: TheDarkCisco
The_ouroboros è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 22-02-2009, 18:24   #19
Bounty_
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L'Avatar di Bounty_
 
Iscritto dal: Jun 2003
Città: Padova
Messaggi: 381
Spiegazioni per Maxima offerte e richieste

--------------------Il mio apporto:-------------------------
Ottime e semplici spigazioni sull'uso di Maxima:
http://www.hippasus.com/resources/sy...aximacalc.html
http://www.hippasus.com/resources/sy...maximasym.html
http://www.hippasus.com/resources/sy...matypeset.html

Spiegazione, un po' datata ma, corposa e scritta con un occhio di riguardo alla programmazione:
http://www.math.psu.edu/glasner/Max_doc/macref.pdf

Ciao
__________________
Lnk ReferendumCostituzionale Ho messo la croce sul NO! per adempiere al mio giuramento militare.

Ultima modifica di Bounty_ : 22-02-2009 alle 19:21.
Bounty_ è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
Old 22-02-2009, 19:24   #20
Bounty_
Senior Member
 
L'Avatar di Bounty_
 
Iscritto dal: Jun 2003
Città: Padova
Messaggi: 381
Aiuto in Maxima

====================Il mio problema===============

Quote:
Originariamente inviato da Codice
P: 10500;
Prog:0;

array (Pr, flonum, Prog);
fillarray (Pr, [P]);

if (1 < Pr[Prog]) then
do
(
P: 500*(300*(Prog+1))/10^Prog,

Prog: Prog+1,
rearray (Pr, ''Prog),
Pr[Prog]: P
);
Genera
Quote:
Originariamente inviato da Errore
Array Pr has dimensions [0], but was called with [1]
praticamente nella riga: Prog: Prog+1, non mi incrementa Prog
quindi quando dopo va' a ridimensionare l'array non lo incrementa e perche' poi,
quando ci voglio inserire il valore di P invece fa' riferimento ad un valore incrementato??


L'espressione
Quote:
P: 500*(300*(Prog+1))/10^Prog,
e' solo dimostrativa, non e' quella con cui opero, pero' la sintassi e' quella e,
l'errore che mi si genera e' lo stesso.
Uso xMaxima su WinXP.

Aiuto grazie

Se ad altri puo' servire ho trovato questi collegamenti molto utili:
http://www.hippasus.com/resources/sy...aximacalc.html
http://www.hippasus.com/resources/sy...maximasym.html
http://www.hippasus.com/resources/sy...matypeset.html

Spiegazione, un po' datata ma, corposa e scritta con un occhio di riguardo alla programmazione:
http://www.math.psu.edu/glasner/Max_doc/macref.pdf


P.S. ============================================
Se prossimamente si fa' una cena di gruppo finalmente non sono piu' :
ma sono: Ho comprato un'autooo.

Ciao
__________________
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Bounty_ è offline   Rispondi citando il messaggio o parte di esso
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