Problema disallineamento e advanced format WD

[Cait Sith]

Tempo fa avevo comprato 2 HD da 2 TB caviar green con sigla WD20EARS. Un paio di mesi fa ne ho acquistato un altro con sigla WD20EARX. In entrambe le occasioni avevo eseguito la formattazione standard di windows xp.
Ieri controllando per caso con il gestore dischi di ubuntu ho notato che sul disco nuovo WD20EARX mi dava un warning per un presunto disallineamento di 512 byte che potrebbe causare un peggiornamento delle performance. Ho cercato un po' in rete e in effetti ho scoperto che WD usa un nuovo standard Advanced Format per il partizionamento. Dato che i sistemi vecchi come xp non lo supportano ho scaricato il programmino apposito WD Align.
Lo lancio e cosa mi dice: il disco nuovo WD20EARX (quello con il disallineamento) non usa l'advanced format, quindi su quello non può fare nulla, mentre invece c'è un disallineamento sui dischi più vecchi WD20EARS (per i quali non avevo avuto nessun warning) su cui può operare.
Dato che i dischi vecchi sono pieno, non ho intenzione per ora di fare nulla, anche perchè ubuntu non mi ha parlato di nessun disallineamento. Ma cosa posso fare per l'altro disco?
Potrei riformattarlo usando come lunghezza blocchi 4 KB, solo che ci mette una vita a formattare. Qualcuno sa come risolvere in modo che io possa andare a colpo sicuro senza dover riformattare un sacco di volte per niente.