Backup di file su server linux con Cobian per Windows

[jgood_one]

Ciao a tutti.

Vi spiego subito qual'è il problema.
In uno studio di architettura abbiamo un file server con Ubuntu Server Linux 10.04 x64 (sempre acceso) ed un print server con Windows XP pro (lo so non è proprio un server ma lo usiamo solo per le stampanti). Ogni sera quest'ultimo lo spegnamo attraverso Cobian (Avviare tutti i task ora con spegni il computer spuntato). Il backup è impostato su incrementale in modo da limitare la quantità di dati da salvare al giorno (ovvero da lun a giov incrementale, il ven fa un backup completo).
Il problema.
I backup incrementali non sono tali ovvero alcune cartelle vengono salvate ugualmente nonostante non abbiano subito alcuna modifica con la conseguenza di occupare una quantità di dati superiore al NAS in nostro possesso. Mi pare di capire che cobian non riesce a tenere traccia di cosa ha memorizzato e cosa è cambiato.
Mi sapreste suggerire come fare a risolvere il problema?
Grazie anticipatamente.

P.S. Mi dimenticavo di dire che l'attuale print server prima era anche il file server (lo so, lo so, ma il mio capo non ha voglia di investire molto! solo dopo una lunga lotta sono riuscito a riciclare un vecchio pc dello studio da usare con linux) e cobian non commetteva tali errori.