Nuovi progetti supportati dal team: Cosmology, Riesel Sieve, POEM

[GHz]

Vi informo che è stato appena aperto il team su questi 3 nuovi progetti, secondo il nuovo metodo scelto per il supporto ai nuovi progetti sa parte del team:

Cosmology@home:
http://www.cosmologyathome.org/team_...php?teamid=454

Riesel Sieve:
http://boinc.rieselsieve.com/orig/te...hp?teamid=1063

e POEM@home:
http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=319


Rimane ancora da valutare TAMPAKU che è stato proposto ma non ho ancora letto nessuna info a riguardo. C'è da dire che la lingua madre del sito non invita molto

Buon scaccolo a tutti!

Ciao,
GHz

[7D9]

Joinato POEM.

Ho anche tradotto la descrizione del progetto che c'è sulla homepege:

La proteine sono i macchinari nanometrici di tutte le cellule viventi conosciute. Incredibilmente, queste grandi molecole con più di 100.000 atomi si ripiegano in un’unica forma tridimensionale nella quale funzionano.
Queste funzioni includono tutta la chimica cellulare (metabolismo), conversione energetica (fotosintesi) e trasporto (trasporto dell’ossigeno), elaborazione dei segnali nel cervello (neuroni), risposta immunitaria e molti altri, spesso con un’efficienza non raggiungibile da nessun processo artificiale. Il malfunzionamento delle proteine è spesso collegato alle malattie e ad oggi sono state identificate migliaia di proteine associate a disturbi, molte delle quali con una struttura ancora sconosciuta.
Per comprendere, controllare o anche progettare proteine è necessario studiare la loro struttura, la quale è molto più difficile da ottenere sperimentalmente rispetto alle informazioni sulla composizione chimica (sequenza) di una specifica proteina.

Partecipando a questo progetto contribuirete ad un approccio computazionale per
· predire la struttura biologicamente attiva delle proteine
· capire i meccanismi di riconoscimento e interazione che si instaurano quando una proteina interagisce con un’altra
· comprendere le malattie collegate a malfunzionamento o aggregazione di proteine
· sviluppare nuovi farmaci sulla base della struttura tridimensionale di proteine di importanza biologica

POEM@HOME utilizza un nuovo approccio per comprendere questi aspetti della struttura proteica, il quale si presta molto bene al calcolo distribuito. L’approccio scientifico che sta dietro a POEM@HOME è una realizzazione al computer dell’ipotesi termodinamica con cui C. B. Anfinsen ha vinto il premio Nobel per la chimica nel 1972.

Partecipando a POEM@HOME ci aiuterete a risolvere i misteri scientifici sopra descritti e a decifrare l’informazione biologica contenuta nelle proteine di struttura sconosciuta.

POEM@HOME è un progetto puramente accademico e no-profit che vuole migliorare la nostra comprensione della struttura e funzione biomolecolare. Tutti i risultati significativi di POEM@HOME saranno pubblicati su una rivista internazionale con un giusto riconoscimento ai volontari partecipanti a POEM@HOME come voi.

Se qualcuno avesse voglia di fare il thread ufficiale la descrizione è già pronta. Io in sto periodo non ho molto tempo...

Inoltre penso che sarebbe utile fare una traduzione di questo messaggio postato sul forum di POEM dagli sviluppatori che spiega bene le differenze tra alcuni progetti sulle proteine. Magari poi lo mettiamo nella pagina dei progetti seguiti dal team, come appendice alla fine dei progetti medici. Potrebbe essere d'aiuto a chi non ci si raccapezza più tra tutti sti progetti "proteici".

Hi,

many thanks, for the good wishes and also for joining. We are still preparing the "science" pages, which I hope will answer your questions thoroughly.

As a quick first answer: Protein simulation is presently dominated by two approaches.

1) You learn/copy from nature (ROSETTA@HOME is a good example). Given a new sequence, one tries to copy structural fragments of known proteins and assembles them to good structures. Pros: Works for big proteins, gives excellent structures for high sequence similarity. Cons: Does not work, when there is no sequence similarity (new folds), does not work when there is no experimental data (transmembrane proteins, to which 40% of all known drugs bind), no kinetics

2) You simulate the folding process as it occurs in nature (Folding@Home) with a biophysical model. This is done with molecular dynamics (MD), an essentially sequential method with a time resolution of 10E-15 s/step. For a folding process in millisecond range you need A LOT of steps. Pros: full dynamics info, folding times, high accuracy structures, Cons: works only for small proteins, specific questions

POEM tries to interpolate between these two worlds. It uses an atomistic model for the protein free energy, i.e. is can work for new folds and applications in nanobiotechnology, where there is no experimental data. In contrast to MD, it exploits Anfinsons thermodynamic hypothesis (Nobel Prize in Chemistry 1972) that proteins in their biologically active state have a minimal free energy. The simulation process is thus replaced by an optimization process that is thousands of times faster than MD. Pros: Can do at least medium size proteins, gets the folding landscape, works for "new folds", Cons: still limited to proteins < 100 amino acids, no real kinetics (yet).

With POEM@HOME we will try to make progress on these two cons. Specifically we hope to make progress for


* "new fold" proteins with low sequence similarity to existing proteins
* proteins in nonphysiological environments (we just got a grant to develop implants, which are more biocompatible)
* understanding the folding process of more complex proteins that cannot be studied with direct kinetic simulation
* protein-protein interactions, where the partners change their conformation upon docking (biological signal process)
* refinement of model structures for transmembrane proteins


I hope this helps, more later!
Cheers
Wolfgang

(pensateci voi... Io adesso chiudo il portatile in cantina e mi metto a studiare fino a domenica sera sennò rimango indietro CIAO!)

[djtux]

Ho fatto il join su POEM e RieselSieve... purtroppo non riesco a farlo su Cosmology@home... BOINC mi dice "Project temporarily unavailable".

Comunque per il momento sono impegnato su Einstein@home, per il quale tra l'altro ho convinto due miei amici a scaccolare!!!

[EDIT]
Ce l'ho fatta a joinare a Cosmology@home!

[Effelle]

Mi sono staccato da TANPAKU. Prima di riattaccarmi a questo progetto, vorrei capire meglio alcune cose, ma sarà senz'altro necessario del tempo.

Grazie Giga.

[djtux]

I due amici che ho arruolato sono Lorenzo88 e Ulric86.

[iCasty2005]

Originariamente inviato da GHz

Vi informo che è stato appena aperto il team su questi 3 nuovi progetti, secondo il nuovo metodo scelto per il supporto ai nuovi progetti sa parte del team:

Cosmology@home:
http://www.cosmologyathome.org/team_...php?teamid=454

Riesel Sieve:
http://boinc.rieselsieve.com/orig/te...hp?teamid=1063

e POEM@home:
http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=319


Rimane ancora da valutare TAMPAKU che è stato proposto ma non ho ancora letto nessuna info a riguardo. C'è da dire che la lingua madre del sito non invita molto

Buon scaccolo a tutti!

Ciao,
GHz

La Flotta Stellare si è aggangiata praticamente subito per RIESELSIEVE.

Saluti.
iCasty

[Heric]

Originariamente inviato da GHz

Vi informo che è stato appena aperto il team su questi 3 nuovi progetti, secondo il nuovo metodo scelto per il supporto ai nuovi progetti sa parte del team:

Cosmology@home:
http://www.cosmologyathome.org/team_...php?teamid=454

Riesel Sieve:
http://boinc.rieselsieve.com/orig/te...hp?teamid=1063

e POEM@home:
http://boinc.fzk.de/poem/team_display.php?teamid=319

Grande! Joinato a tutti e 3.
Sono appena "rientrato" alla base, dopo mesi di assenza, mi scuso. Quale nuovo metodo è stato deciso?

[novalis2]

di fare il team nei progetti nuovi più importanti dopo un'attenta valutazione del tipo no profit scopo benefico..e parlarne nel team

[Effelle]

L'ultima WU di POEM ha fatto passare i crediti del progeto da 789 a 969!

[novalis2]

Originariamente inviato da Effelle

L'ultima WU di POEM ha fatto passare i crediti del progeto da 789 a 969!

quante ore durano le wu di poem

[Heric]

Originariamente inviato da novalis2

di fare il team nei progetti nuovi più importanti dopo un'attenta valutazione del tipo no profit scopo benefico..e parlarne nel team

Ottima idea!

PS. Thx per la risposta..

[Effelle]

Originariamente inviato da novalis2

quante ore durano le wu di poem

Dipende, ma in genere durano grosso modo 3 ore.
Quella qua sopra, la più grande WU che ho visto scaricare dal mio client, è durata circa 15 ore.
Il PC, quello in firma, però è quello che è, è vecchio, ha almeno quattro anni.

[paolodiparma]

Che si dice di " The Lattice project" ?

[Heric]

Originariamente inviato da paolodiparma

Che si dice di " The Lattice project" ?

Non ci scaccolo da un secolo. Mancava di check-point, era davvero frustrante certe volte! Le informazioni che pubblicano sul sito sono risicate all'osso (ad essere buoni) e pare un insieme di tanti diversi progetti che dovrebbero ruotare in ambito medico e biologico, portati avanti da differenti Team di ricerca, come accade in WCG, ma senza le medesime garanzie di quest'ultimo! http://lattice.umiacs.umd.edu/research.php

Per esempio:

"The Cummings Laboratory and others are using GARLI to infer evolutionary relationships based on DNA sequence data."

E questa è la sola descrizione del primo progetto. Magari non si pretende una relazione dettagliata sul metodo e nello specifico le sequenze genomiche confrontate. Ma di quali specie e su che arco di tempo magari si. Esseri umani? Piante, animali, protozooi, batteri, miceti, virus.. Il discorso cambia molto..