[C++ & Eclipse] Come compilare??

[Bonfo]

Non crediate che sia cosi' semplice come sembra

Cerchero' di esser chiaro e telegrafico
Sto sviluppando in C++ ( CDT ) con le wxWidgets.
Il mio progetto e' un Managed Make C++ Project e ho creato 3 cartelle:
- src
- include
- libs
..direi che sono sufficentemente autoesplicative

Il problema e' che tra gli include di wxWidgets ci sono dei file .cpp che Eclipse cerca, scioccamente, di compilare. Ho bisogno di tenerli e quindi chiedo: come si fa a dirgli di compilare solo la cartella src ??

Oppure qualcuno sa come si fa con un Standard Make C++ project di Eclipse? Risolverebbe il problema? A modificare makefile sono bravissimo...ma a farli da 0 per niente




P.S.: aggiunta per i piu' curiosi.
In realta' le wxWidgets sono pensata per essere un tool "installato" sulla macchina, quindi fisse in c:\wxWidgets.
Infatti tutti gli esempi riportano #include <wx/wx.h>.
Io pero' volevo e voglio un progetto self-contained ovvero "trasportabile tra macchine diverse". Quindi mi sono preso tutti i pezzi necessarie mi sono fatto le 2 cartelle include e libs