Rosetta - Proteins

[OrcaAssassina]

E' un anno che collaboro per Rosetta

Ho visto che c'è anche Proteins

Di cosa si tratta????

Mi sembra che un third ufficiale non esiste

Sapete dirmi le differenze tra i due????

Ciao e grazieeeeeeeee

[vor]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

E' un anno che collaboro per Rosetta

Ho visto che c'è anche Proteins

Di cosa si tratta????

Mi sembra che un third ufficiale non esiste

Sapete dirmi le differenze tra i due????

Ciao e grazieeeeeeeee

io collaboro in proteins qui c'è un link dove troverai tutte le informazioni di cui hai bisogno!

http://biology.polytechnique.fr/prot...mentation2.php

[OrcaAssassina]

Quali sono le differenze????

Si occupano delle stesse cose????

Quali mi consigliare di seguire di più????

Ciao e grazieeeeeeeeee

[vor]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Quali sono le differenze????

Si occupano delle stesse cose????

Quali mi consigliare di seguire di più????

Ciao e grazieeeeeeeeee

Non so cosa fa rosetta ma proteins@home in sunto fa questo:

On the server side, the workunits are prepared using a Perl script. A workunit corresponds to a pair of interacting amino acids within a particular protein. A generic X-PLOR (or CNS) script is edited for the specific protein at hand; for example, the 3D coordinates of the particular protein are embedded directly within the script. The script implements four of the six nested loops shown above: those corresponding to lines 2, 3, 7, and 8. It calculates all the energy matrix elements for a particular pair ij of amino acids. For a rotamer library with a total of 200 rotamers, 40,000 matrix elements are computed. For each one, about 50 steps of restrained energy minimization are performed, giving a total of two million energy evaluations per workunit. This requires about 1-2 hours on a typical volunteer machine. User memory requirements are quite small, and well-adapted to a wide variety of volunteer machines.

[Il Capitano]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Quali sono le differenze????
Si occupano delle stesse cose????

Sostanzialmente sono una il contrario dell'altra. Rosetta parte dagli amminoacidi e vule costruire la forma (il ripiegamento della proteina). Proteins parte dalla forma per ricavare tutte le possibili sequenze di amminoacidi che generano proteine con quella forma.

Le differenze dei proegtti sono:
rosetta imposti la durata della Wu a priori, consuma tanta, ma tanta ram.
proteins ha wu piccolissime, velocissime da elaborare e non usa una sega di ram.

Quali mi consigliare di seguire di più????

Ciao e grazieeeeeeeeee

Quello che prefersci tu. Tutti i progetti sono validi, ognuno sceglie quello che ritiene piu' valido. Leggi sulle home page dei progetti le loro finalita' e decidi tu.

Attualmente su rosetta e' in corso una sfida tra team, quindi se ti piacciono le sfide partecipa li'.

Io ti consiglio di elaborare seti

[vor]

Originariamente inviato da Il Capitano

Attualmente su rosetta e' in corso una sfida tra team, quindi se ti piacciono le sfide partecipa li'.

Su quali altri progetti sono i corso sfide tra team?

[OrcaAssassina]

Posso lavorare contemporaneamente su due progetti o non è ammesso????

[vor]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Posso lavorare contemporaneamente su due progetti o non è ammesso????

certo che puoi! io lavoro a 6 progetti!

[Il Capitano]

Originariamente inviato da vor

Su quali altri progetti sono i corso sfide tra team?

Ora solo rosetta.

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Posso lavorare contemporaneamente su due progetti o non è ammesso????

Certo che e' ammesso, puoi attaccarti a quanti progetti vuoi. Per farlo, vai su tools, attach project e segui le istruzioni.

Ti consiglio di non fare l'attach a molti progetti, altrimenti rischi la dealine sulle wu. Un paio, massimo 3 e' un buon compromesso.

[gabi.2437]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Posso lavorare contemporaneamente su due progetti o non è ammesso????

Certo che è ammesso, il calcolo distribuito è il più versatile possibile

[OrcaAssassina]

Lui colcola un progetto e poi l'altro alternati o tutti contemporanemente????

[Il Capitano]

Originariamente inviato da vor

certo che puoi! io lavoro a 6 progetti!

L'immagine in firma e' completamente irregolare

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Lui colcola un progetto e poi l'altro alternati o tutti contemporanemente????

Boinc passa da un progetto all'altro di default ogni ora, ma e' un parametro che puoi modificare dalle preferenze nell'home page del tuo account.
A volte pero' boinc cerca anche di rispettare le deadline e il sistema di debiti crediti dello scheduler. In pratica fa tutto lui in automatico.

[OrcaAssassina]

Ok ho capito

Quindi non si mette a lavorare su due progetti contemporaneamente "UCCIDENDO" il PC, ma lui da solo alterna il lavoro da un progetto ad un altro

[vor]

Originariamente inviato da Il Capitano

L'immagine in firma e' completamente irregolare

è irregolare perchè su worldcommunitygrid ancora non ho ricevuto crediti!

[vor]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Ok ho capito

Quindi non si mette a lavorare su due progetti contemporaneamente "UCCIDENDO" il PC, ma lui da solo alterna il lavoro da un progetto ad un altro

se hai un processore dualcore(o superiore) o con HT lavora su 2 o più progetti contemporaneamente

[Il Capitano]

Originariamente inviato da OrcaAssassina

Ok ho capito

Quindi non si mette a lavorare su due progetti contemporaneamente "UCCIDENDO" il PC, ma lui da solo alterna il lavoro da un progetto ad un altro

Si, ma boinc NON UCCIDE il pc, neanche se facesse lavorare due o piu' progetti contemporaneamente, perche' tutti i progetti girano sempre con priorita' bassa. Ogni progetto, quando e' il suo turno, usa tutto il tuo processore, al 100%, ma non appena un altro programma rivendica per se la cpu, boinc cede subito tutto. Se ci fossero due progetti ad elaborare ognuno di loro avrebbe il 50% di cpu, ma anche loro, se un altro programma richiedesse la cpu, cederebbero subito.
Boinc non uccide il pc

Originariamente inviato da vor

è irregolare perchè su worldcommunitygrid ancora non ho ricevuto crediti!

Originariamente inviato da vor

se hai un processore dualcore(o superiore) o con HT lavora su 2 o più progetti contemporaneamente

NO! Se hai un processore dual core o superiore, boinc fa elaborare 2 Wu (o piu') dello stesso progetto, creando due istanze diverse del client. E poi come al solito alternera' i progetti, ma sempre un progetto la volta.
Potrai vedere due progetti diversi su un dualcore, se uno di loro ha una sola Wu in cache.

[lucab76]

Originariamente inviato da Il Capitano

NO! Se hai un processore dual core o superiore, boinc fa elaborare 2 Wu (o piu') dello stesso progetto, creando due istanze diverse del client. E poi come al solito alternera' i progetti, ma sempre un progetto la volta.
Potrai vedere due progetti diversi su un dualcore, se uno di loro ha una sola Wu in cache.

Non se sarei così sicuro, Capitano!

E' sempre una questione legata ai debiti di elaborazione. Se hai un dual core e hai due progetti attivi, ma non ci sono debiti di un progetto nei confronti dell'altro, lo scheduler può anche decidere di usare SEMPRE un core per l'uno e un core per l'altro.

Usando il Debt Viewer e resettando i debiti, a me capita spessissimo di ritrovarmi progetti diversi in elaborazione contemporanea. Il che è anche meglio, perchè così si differenziano gli accessi in cache e in memoria.

E in più puoi affiancare WUs leggere e WUs pesanti... supponi di usare Rosetta e Einstein... due core su Rosetta userebbero 400MB di RAM, due core su Einstein 30MB; bilanciando avresti sempre poco più di 200MB in uso... molto meglio, no?

Tra l'altro mi sembra di ricordare che a Berkeley stiano pensando di inserire anche la CPU-affinity per assegnare a processori multi-core progetti diversi.

[Il Capitano]

Originariamente inviato da lucab76

Non se sarei così sicuro, Capitano!

E' sempre una questione legata ai debiti di elaborazione. Se hai un dual core e hai due progetti attivi, ma non ci sono debiti di un progetto nei confronti dell'altro, lo scheduler può anche decidere di usare SEMPRE un core per l'uno e un core per l'altro.

Usando il Debt Viewer e resettando i debiti, a me capita spessissimo di ritrovarmi progetti diversi in elaborazione contemporanea. Il che è anche meglio, perchè così si differenziano gli accessi in cache e in memoria.

E in più puoi affiancare WUs leggere e WUs pesanti... supponi di usare Rosetta e Einstein... due core su Rosetta userebbero 400MB di RAM, due core su Einstein 30MB; bilanciando avresti sempre poco più di 200MB in uso... molto meglio, no?

Tra l'altro mi sembra di ricordare che a Berkeley stiano pensando di inserire anche la CPU-affinity per assegnare a processori multi-core progetti diversi.

A dire la verita' avevo evitato di proposito il discorso dei debiti, perche' troppo tecnico. Sostanzialmente, per ora, nella maggior parte dei casi boinc fa girare un progetto per volta. E chiaro che cio' non e' sempre vero, ma mi premeva mettere l'accento sul fatto che avendo fatto l'attach a 2 progetti, questi non vengono elaborati contemporaneamente.
Ma tu come al solito, ne sai piu' di tutti e quindi mi prostro

[OrcaAssassina]

Su Rosetta.

Quanto tenete questi valori????

On multiprocessors, use at most

Use at most
Enforced by version 5.6 and greater



Use at most % of page file (swap space)

Use at most
Enforced by version 5.8 and greater % of memory when computer is in use

Use at most
Enforced by version 5.8 and greater % of memory when computer is idle

[vor]

NO! Se hai un processore dual core o superiore, boinc fa elaborare 2 Wu (o piu') dello stesso progetto, creando due istanze diverse del client. E poi come al solito alternera' i progetti, ma sempre un progetto la volta.
Potrai vedere due progetti diversi su un dualcore, se uno di loro ha una sola Wu in cache.

Ti assicuro che il mio P4,avendo HT fa girare perennemente 2 progetti la volta,einstein e CPDN,o malaria e proteins,o seti e WCG,o tutte le combinazioni possibili,non mi fa quasi mai girare 2 WU dello stesso progetto insieme!