Time card check in java.

[Samaritan]

Salve, ho un dispositivo di lettura card magnetiche connesso tramite porta seriale che registra i passaggi delle card, salvando su un db vari dati corrispondenti al codice univoco memorizzato sulle card, quindi orario, data, sede e altri. Il problema è che dal suo software applicativo installato su win xp funziona tutto correttamente e si possono leggere i passaggi senza problemi. Leggendo i dati che passano sulla seriale ad ogni lettura si nota un formato in byte del tipo "02 41 65 03" ,quindi a coppie esadecimali che iniziano sempre con 02 e terminano con 03 in un continuo hand-shaking tra il pc e la macchinetta che riceve il comando. Il pc manda un comando e il lettore rimanda un codice di conferma che è sempre uguale...riparte lo stesso comando dal pc, nuova conferma e così via e ai dati veri e propri da leggere si arriva sempre dopo 2 passaggi avanti e indietro dello stesso comando. Se provo ad interrogare la macchinetta da codice java utilizzando le java com ed una classe che intercetta gli eventi della porta seriale, si incasinano le cose. Le prime 17 letture di n passaggi vengono lette correttamente, mentre dalla 18 in poi iniziano ad arrivare dati incoerenti che sembrano shiftati o che comunque non seguono il formato usato precedentemente, come per esempio il fatto che tutto iniziava con 02 e finiva con 03,mentre dopo la lettura 17 tutto inizia con 00.
Qualche consiglio?
Grazie in anticipo!