L'installazione di un Windows intacca l'altro già installato?

[Slamdunk]

Raga:

http://fixit.altervista.org/PC/

Questo il mio PC.
Ho il primo HD per l'OS principale, poi sul secondo HD ho due partizioni da 4Gb per metterci dei sistemi operativi in prova. Entrami formattati.
Metto come primary boot il CD-ROM, installo Windows 2000 Pro (tottally original) sulla prima partizione da 4Gb, avvio il sistema operativo di base e mi da errore: se lo avvio imn modalità provvisoria, al caricamento mi dice "Windows 2000 non è riuscito a caricare questi file, provare col CD-ROM" etc etc indicando dei file di sistema.

1) Perché mai l'installazione di un win da una parte mi ha cancellato dei file dall'altra parte?
2) Windows 2000??? Ma cosa centra se in quella partizione c'è XP?

Lasciando tutto com'è, installo XP nell'altra partizione da 4Gb, e magicamente il SO di base nell'HD primario riparte tutto completamente apposto.

3) Chi ha detto a XP-2 di mettere i file di sistema mancanti nella partizione primaria?

- Prima dei format, ho lavorato normalmente con internet e basta nel SO primario.
- Dopo l'installazione del 2000, in quel OS non ho fatto niente, ho riavviato perché dovevo scaricare dall'XP primario le DirectX 9
- Dopo l'installazione di XP-2, non ho fatto niente, ho riavviato e basta.

Insomma, qualcuno saprebbe spiegarmi che tazzo è successo???

[Slamdunk]

A sì scusate il fatto è che il 2000 mi ha cancellato proprio i file della C:\.......\system32, non solo corroto il boot