Errore nel registro di sistema?!

[tortello]

Mettendo a posto (!) il computer di un amico, mi è capitata una cosa "strana".
Ogni due-tre boot del s.o. (Win ME) compare una simpatica finestrella col messaggio "errore nel registro di Windows: il sistema verrà riavviato ed il problema risolto": morale della favola dopo il re-boot, tutte le applicazioni sono sparite dal registro, e non vengono più riconosciute da Windows.
Ciò nonostante, il problema ricompare sistematicamente.
Ho riformattato da capo il disco, reinstallato il solo sistema operativo, ma niente da fare, il maledetto messaggio era li, di nuovo ad aspettarmi. Ma quale registro, se c’era solo Win ME, senza neppure i driver dedicati delle periferiche?!
Allora ho cambiato disco fisso (ho pensato che poteva esserci un settore danneggiato nonostante scandisk giurasse il contrario), ma niente da fare: solita finestrella, solita (triste) conclusione!
Avete mica qualche dritta da darmi?
Grazie a tutti!
Marcello