Sincronizzazione sottotitoli ostinati

[Goya]

[Mi scuso in anticipo se la sezione è sbagliata. Ho controllato bene e non mi pare di aver trovato una sezione migliore]

Salve a tutti, è da una vita che lotto per attaccare sottotitoli a film vecchi e introvabili, ma stavolta sono davanti ad un muro; tra l'altro a questo film ci tenevo, perché contavo pure di farne riferimento nella mia tesi di laurea.

Il caso è questo: ho il dvd originale in lingua, l'ho convertito in .mkv con MakeMkv. I sottotitoli li ho presi da una versione youtube di qualità melmosa. Li attacco (sia quelli italiani che quelli inglesi) - niente, vanno fuori sync.
Allora li apro con subtitle edit e li sincronizzo con la prima battuta - niente, sfasano in pochissimo tempo, tanto che aggiustarli di volta in volta mentre guardo il film diventerebbe una specie di videogame.
Allora provo a modificare il framerate - niente. Scarico anche la versione youtube e dico a subtitleEdit di prendere il framerate di quella versione (in sync coi sottotitoli) e sostituirla con quella del mio .mkv - niente.

A questo punto non so che pesci pigliare. Non mi era mai capitato un caso così ostinato, non riesco a capire PERCHE' fa così. Quale potrebbe essere il problema? Il film è quello, ne sono sicuro, ho confrontato velocemente la versione youtube con quella che ho io ed è uguale, stessa durata, stessi contenuti.

So che teoricamente ci sono altre soluzioni per vederlo, tipo guardarlo su youtube a qualità compressa, ma non lo farò, è una questione di principio, per me è un offesa al regista e a chiunque ci abbia lavorato guardare un film in quelle condizioni, specie se è ritenuto un classico.
E poi dopo tutto 'sto lavoro inutile e tempo tolto alla mia vita è diventata una questione di principio.

Qualche idea?