Comportamento inspiegabile di copia/incolla win7

[magafe]

Ho cercato di trasferire col copia/incolla la partizione dati del mio disco fisso (263 giga) su un hardisk esterno. Quindi in input avevo la partizione D e in out ho creato una cartella intitolata "Dati 03-04-2015" sul disco esterno.
Dopo circa 6 ore ho verificato se aveva finito la copia e sembrava andato tutto a buon fine, ma andando a verificare i contenuti di input e output ho trovato 3 cartelle e due files mancanti. Ho fatto un ulteriore copia/incolla del materiale mancante e ora i contenuti sembrano uguali sia come nomi di cartelle e files sia come occupazione di ogni singolo elemento, però se leggo l'occupazione totale mediante "proprietà" trovo 271 giga per la partizione e 263 giga per il file in output.
Ho controllato lo stato hardware dei dischi con Crystaldiskinfo ed è buono per quello esterno e "a rischio" per il fisso perchè ha 97 settori riallocati su una soglia di 37.
Chiedo lumi agli esperti soprattutto per capire se la copia è affidabile.

[Eress]

In quella situazione del disco esterno, rischi di perdere dati in continuazione, appena puoi ti conviene sostituirlo.

[magafe]

Eress forse ti volevi riferire al disco fisso che ha 97 settori riallocati perchè il disco esterno ha dato risultato "buono" e, del resto, è stato usato pochissimo.
Ma nonostante i settori riallocati, che affidabilità ha un software che non si accorge di aver perso dei files durante una copia? E come è possibile che l'interrogazione per mezzo di "proprietà" mi dia occupazioni diverse fra la partizione e la copia che ne ho fatto sul disco esterno?

[Eress]

Si, chiaramente mi rifersco al disco coi 97 settori riallocati. Le discordanze nascono dai problemi al disco.