[PHP+MySQL] Connection timeout per script troppo lungo

[Tizio90]

Ciao ragazzi, ho un file CSV che contiene 10767 righe con 9 colonne ciascuna, e devo dividere il suo contenuto in tre tabelle MySQL. Ho già preparato tutto lo script che funziona a dovere (provato su 50 righe e funziona), tuttavia per il grande numero di righe del file il server mi da Connection Timeout dopo 1500-2000 record inseriti circa. C'è un modo per dividere in fasi lo script oppure aumentare il tempo a disposizione senza agire sulla configurazione del server? Non posso fare molte cose perchè sono su virtual hosting condiviso (decisioni superiori).

EDIT: Avevo terminato lo spazio a disposizione per il database. Ci aggiorneremo quando i miei superiori opteranno per un hosting migliore.