[Java] applicazioni desktop e DB embeddati

Ciao a tutti,

è da alcuni mesi che stò studiando e usando al tempo stesso Java per lavoro.

Mi occupo al momento di WebApp con J2EE ma la mia domanda è sulla realizzazione di Desktop applications con DB embeddati (JavaDB, Sqlite, H2 ecc).

Ho provato a creare delle semplici applicazioni console e con Swing da cui poi faccio il build in un comodissimo pacchetto JAR eseguibile.

La mia domande è: pensando di creare un software gestionale con uno dei DB di cui sopra per gestire la persistenza dei dati dove devo posizionarlo esattamente?
Mettiamo di usare un file di sqlite3 per fare ciò.

Se stesse tutto nel JAR lo stesso andrebbe a crescere in dimensioni ad ogni aggiunta nel DB. E' corretto così oppure il DB dovrebbe stare fuori da tutto il software contenuto nel JAR?

Spero di essermi spiegato bene.

Grazie in anticipo per ogni risposta.