Problema boot di 7

[Dante92]

Salve a tutti.
Mi è stato regalato windows 7 ultimate da un mio parente tornato da un viaggio in America
Dopo averlo installato su una partizione precendentemente creata con Paragon Partition Manager (E) ho formattato l'altra partizione (C) su cui avevo installato windows xp e ho proceduto all'installazione di driver e software sulla nuova installazione di 7, dopo di che ho spentio il pc.
Stamattina all'avvio, il pc non eseguiva più correttamente il boot del so
e allora ho provveduto a reinstallare 7 sulla partizione c, vuota in seguito alla formattazione del giorno prima.
Terminata la nuova installazione tramite un programma sono riuscito a fare il boot dell'altra partizione (E).
Ora la mia domanda è: posso formattare la partizione C mantenendo il solo boot della E o mi tocca riformattare tutto?
Ho provato a formattare nuovamente la C ma il problema si è ripresentato come se la partizione E non sia bootabile e sia dipendente da quella C.
Spero di essere stato chiaro.