Problemi con doppia installazione XP

[rookie]

Ho due copie di XP installate ognuna sul suo HD.
Ora vorrei eliminare la seconda installazione e togliere fisicamente il disco dal PC.
La prima invece la vorrei lasciare così com'è.

Ieri ho provato a scollegarlo e a far partire la prima installazione (che è la principale, con la lettera C: del drive) e immediatamente sono saltati fuori i problemi, in maniera casuale, alle volte in avvio, alle volte a log effettuato, appare una schermata blu che dice più o meno 'il sistema è stato arrestato per impedire danni al computer' ecc. ecc.

Immagino che sul secondo HD siano finiti files fondamentali al funzionamento del primo.
C'è qualche speranza di risolvere senza dover per forza formattare anche la prima installazione?
Tentare una disinstallazione di alcuni programmi che potrebbero interagire tra i due XP tipo Firefox?

Se provassi a disinstallare la seconda copia di XP?

A tal proposito, va bene questa procedura? Nel mio caso, volendo lasciare il primo, devo digitare 1 dalla console di ripristino?

Procedura di ripristino Boot:

Inserisci il CD di Windows Xp autoavviante e riavvia normalmente come se
dovessi installare nuovamente.
Quando ti compare la schermata di scegliere se installare o utilizzare
la consolle di ripristino ed un'altra voce che non ricordo, scegli R,
ovvero il ripristino.
Ti verrà chiesto in un ambiente su fondo nero come se ti trovassi in
ambiente Ms-dos di scegliere il sistema operativo da ripristinare, ad
esempio ti comparirà
1 WINDOWS
se hai un solo xp in C
e
1 WINDOWS
2 WINDOWS
se hai 2 sistemi operativi su deu partizioni.
Tu digita 1 (o 2 a seconda) e premi invio.
alla prossima riga di comando digita FIXBOOT e invio;
alla successiva riga di comando digita S (cioè si) e invio;
alla successiva riga di comando digita FIXMBR e invio;
alla successiva riga di comando digita S e invio;
infine digita EXIT.
Il pc si riavvierà, quindi togli il cd dal dispositivo ottico e come per
magia avrai il MBR (master boot record) di Windows che ti porterà
dentro il sistema operativo.