Maxtor tra linux e windows

[Softino]

Salve a tutti, utilizzo un maxtor basic da 500 gb per scaricare tutte le cose che mi voglio conservare, anche quando scarico da adunanza (cose non ccoperte da copyright). e scarico sia da adunanza in ambiente linux che in ambiente windows, e certe volte mi va in panne l'hard disk, mi dice che l'MFT è danneggiato, e devo fare una controllatina con chkdsk, ma quando lo eseguo mi perdo un bel po di dati preziosi che avevo scaricato. come mai secondo voi succede qquesto? sbaglio qqualcosa?
alla fine per recuperare qualcosa vado in ambiente linux e il programma Acronis che utilizzo per controllare l'hard disk mi crea delle cartelle di nome FOUND001 etc. e dentro cci trovo qualcosa, ma non tutto.
Ora vorrei formattare e dare una controllata, mi suggerite qualche filesystem per entrambi gli ambienti?