conversione FAT32 -> NTFS, avvio lento, defrag "inutile"

[Ministry]

Buongiorno!
Ho reinstallato WinXP sul mio portatile utilizzando i cd di ripristino forniti da Acer.
Poiché di default la partizione viene formattata in FAT32 (e non trovo la possibilità di specificare altrimenti), ho deciso di convertirla in NTFS mediante il comando (come suggerito dai tutorial trovati in rete):
Convert X: /FS:NTFS /V /NoSecurity

L'operazione va a buon fine, ma al successivo riavvio il disco comincia a swappare di burtto... ad esempio tra la schermata di login e l'accesso effettivo al desktop passa quasi un minuto (ed il sistema è praticamente "vergine", e prima della conversione del file system l'accesso era immediato). Dopo un po' la situazione torna alla normalità.

Ho disabilitato l'indicizzazione dei file.
Ho provato ad eseguire un defrag, ma trovo ampie zone del disco marcate in verde ("file fissi"). Windows stesso mi consiglia di deframmentare ma ovviamente, trattandosi di file fissi, al termine dell'operazione non cambia nulla.
E' quello il problema della lentezza di avvio? E' una conseguenza della conversione? E' possibile sistemare in qualche modo?

ciao e a buon rendere
m.