presunto problema di file system

[enri_bass]

salve. vi espongo il mio problema.
Posseggo due hard disk, i cui file system sono ntfs e fat32. Ho formattato il primo ntfs dove era presente windows xp e ho lasciato tutti i files presenti nel secondo hard disk fat32. Dopo aver formattato ho notato che in questo secondo hd molte delle cartelle hanno perso la loro qualifica di cartella e vengono riconosciute con un file di formato unknow e dimensione 32 kb; oltre a questo altre cartelle pur rimanendo tali hanno al loro interno files con nomi pieni di simboli stranissimi, e ovviamente non è possibile aprirli.
Ho l'impressione che possa esserci qualche conflitto relativo ai file system...
Chiedo alla community cosa possa essere successo.... se qualcuno si è mai trovato nella stessa situazione (nel mio caso si prla d perdita di dati importanti)
Grazie