Controllo di coerenza e file corrotti HELP!

[WaaBho]

Salve a tutti!
Possiedo due Hard disk Western Digital identici da 250GB.
Uno dei due ha una partizione primaria ( C: ) da 70GB dove tenevo Windows e una secondaria ( D: ) da 180GB dove avevo i Programmi e vari file e documenti.
Sull'altro HD ( E: ) non ho partizioni, esso contiene la cartella dei Giochi installati ed il Backup dei dati presenti nell'altro HD.
Ho dovuto formattare la partizione primaria ( C: ) del S.O. lasciando intatte le restanti.
Ed ho manualmente eliminato la cartella "Programmi" in D: e quella "Giochi" sul secondo HD in E: .
E qui si è verificata una cosa strana!
Sul secondo HD ( E: ) ora ho solo una cartella (dei dati e documenti in Backup).
Ma questi dati (copiati da D: ) sono corrotti e non posso nemmeno eliminarli!ecco i messaggi di avviso che ricevo:
-"impossibile accedere alla directory il file è danneggiato"
-"impossibile eliminare la directory non è vuota"

E poi appena avviato Windows mi ha fatto il controllo di coerenza su E:
-mi corregge gli errori...verifica alcuni indici e mi recupera i file orfani (che poi sono tutti i file di backup presenti in E: )
-infine mi scrive "correzione errori al bitmap del volume completata.
Ma se ricopio i file di nuovo da D: a E. mi rotornano corrotti come prima!
Preciso...i file su D: sono perfetti!

Penso che ciò sia dovuto al fatto che per la prima volta sul secondo HD avevo installato tutti i giochi e che eliminare manualmente tale cartella non deve aver cancellato del tutto la presenza di alcuni file!
Visto che cè SOLO una cartella di Backup (quindi tutti file e documenti che ho già sull'altro HD) faccio prima a formattare del tutto il secondo disco fisso?
O è un problema più grave?
Confido in un vostro aiuto Grazie!

[WaaBho]

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