Perdita installazioni di applicazioni Windows

[Drake76]

Salve,
ho un grosso problema, anzi un vero enigma...

Descrizione del sistema: Windows 2000 SP4 inserito in un dominio gestito da Windows Server 2003; dopo l'installazione dei componenti e dei programmi sono state rimosse tutte le autorizzazioni alle cartelle lasciando solo SYSTEM e un amministratore di dominio in controllo completo e l'utente administrator con tutto abilitato tranne il controllo completo, inoltre è stato cambiato il proprietario di tutti i files e cartelle con l'amministratore del dominio.

Fin qui tutto bene finchè dopo una settimana decido di deframmentare nuovamente e con sorpresa mi accorgo che è stato liberato approssimativamente più di 1 GB di spazio su disco.
Non avendo proceduto a pulizie o rimozioni di programmi mi sono insospettito e ho iniziato ad aprire alcuni dei programmi installati, ed ecco la seconda sorpresa; i collegamenti di alcuni programmi (come Office, Omnipage, Messenger) erano privi di icone ma funzionanti e andando nelle proprietà del collegamento non era neanche possibile cambiare icona.
Decido allora di usare l'utilità di ripristino di Office e arriva puntuale la terza sorpresa; all'avvio dell'installazione mi appare il messaggio "Impossibile aprire il pacchetto di correzione. Contattare il fornitore dell'applicazione per verificare che il pacchetto di correzione di Windows Installer sia valido." e un messaggio analogo mi appare se cerco di disinstallare o reinstallare l'applicazione, e lo fa con tutte le applicazioni alle quali è sparita l'icona del collegamento.

Qualche ora dopo è sparita l'icona da tutti i documenti Office e i programmi di Office non sono più avviabili neanche con il comando Esegui.

Girando per internet l'unica informazione valida che ho trovato è che il problema si verifica in caso di problemi con il Windows Installer in partizioni NTFS; seguendo il suggerimento di eliminare e reinstallare Windows Installer 2.0 il problema si è amplificato ulteriormente, ora mi parte Windows Installer all'avvio di qualsiasi applicazione il quale non è in grado di recuperare il file .msi e annulla l'installazione, inoltre non dispongo più dell'utilità "Installazione Applicazioni".

Posto che a questo punto mi convenga formattare e reinstallare, vorrei almeno sapere cosa è successo al fine di evitare che ciò si verifichi di nuovo.
Una mia mezza idea è che per qualche inspiegabile motivo Windows abbia cancellato i file .msi (dei quali non conosco il percorso) relativi alle applicazioni installate, questo spiegherebbe il GB di spazio liberato ma non spiegherebbe l'utilità di questi file e del perchè Windows li cancelli se sono così importanti.
L'inspiegabile motivo potrebbe essere che le autorizzazioni che ho dato alle cartelle siano troppo restrittive e abbiano impedito al sistema di compiere qualche operazione, il controllo completo all'utente "SYSTEM" e "Administrator" potrebbe dunque non essere sufficiente; quali sono le autorizzazioni minime di cui necessita il SO?

Resto in attesa di vostre più esperte considerazioni, grazie.

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Francesco