cambio sistema di riferimento HELP

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alllora ragà,
la mia domanda è un pò particolare...spero che qualcuno riesca ad aiutarmi!
Sto finendo la tesi...in pratica sto creando una immagine 3d che ottengo per ricostruzione di una risonanza magnetica usando VTK. Il problema è che su questo modello che ho fatto benissimo devo visualizzare appunto dei dati tramite sfere. Il problema è che questi dati mi vengono forniti dai medici in un sistema di riferimento che è diverso dal mio! Io ho l'origine nell'angolo in basso a sinistra...loro invece costruiscono un sistema di riferimento totalmente diverso, che consiste in una rotazione dell'angolo y di un tot di gradi (che nn so) e di una traslazione dell'origine di un tot (che non so).
Ora io so come loro costruiscono il loro sistema...in pratica prendono due punti, uno è A1 (in coordinate del mio sis. di rif. 52 127 92) e l'altro A2 (190 125 90), la retta che passa tra questi 2 punti costituiste l'asse x. Poi prendono il punto medio tra questi 2 punti e un punto N(126 38 115) e l'asse ortogonale che passa tra questi 2 punti è l'asse y...l'asse Z è quello ortogonale ai 2 ovviamente.
Ora "idealmente" si potrebbe passare da un sis di riferimento all'altro...ma in pratica come diavolo si fa? Ci sto perdendo un sacco di tempo e ancora nn ne sono venuto a capo. Ho trovato un programma che mi fa modificare il Sis di rif ma me lo fa spostare con il mouse, e non viene preciso (mi fa clikkare e spostare ruotare...ma non mi dice di quanto sposta e ruota...va ad okkio!).
Spero che qualcuno possa aiutarmi.

PS: il file che contiene il volume è in formato analyze, magari qualcuno ha un prog che me lo può far cambiare da lì !

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il volume posso salvarlo anche in altri formati...come ad esempio raw

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dai nemmeno qualche spunto?
se nn risolvo sto problema nn posso andare avanti con la tesi