Un nuovo client per Folding@Home con GPU ATI

[gabi.2437]

Qualcosa mi dice che i modelli che fanno sti qua siano un pochino più complicati di quelli che intendi tu

E cmq il problema del Folding va aggredito in un modo o nell'altro, oppure facciamo il classico partito del no all'italiana e "no, siamo ancora lontani dal risolvere il problema del folding, è inutile sprecar tempo in queste cose"

[7D9]

Originariamente inviato da kralin

e ne ha beneficiato l'umanità intera? ne dubito fortemente

Cosa vorresti dire con questo? Da un articolo scientifico ti aspetti che immediatamente ne tragga beneficio l'umanità intera?
I problemi scientifici non è che si risolvono in un colpo, si fanno studi, si pubblicano articoli,.. e poi se tutto va bene dopo anni di lavoro magari si ottiene un risultato.

[paulgazza]

un modelllo su un core2 si fa in 2-10 ore max, poi bisogna studiarlo e usare il cervello...



E secondo te sono poche? io nel mio lavoro ho a che fare con simulazioni che durano giorni... poi ti accorgi che un parametro andava cambiato e devi rifare tutto
Se posso mandare più sim in parallelo, è tempo guadagnato, ed il tempo è la cosa più preziosa che abbiamo

[ngh2]

OT: Scusate in quasi tutto il globo un uomo è libero di decidere, deinde chi vuole può "foldare", chi è contrario accetti l'opinione altrui e basta, senza stare a sindacare.
Del resto qualcuno nega che la droga alimenta la mafia, che alimenta lo sfruttamento, che alimenta tutto il suo non virtuoso comportamento e che a sua volta rientra con il traffico di droga e daccapo tutto?
Quindi visto che stiamo parlando di gesti virtuosi, chi vuole, virtuosamente donare qualche euro di energia elettrica in nome della ricerca, che a sua volta migliora la vita, che rende le persone meno schiave dell'ignoranza e le fa progredire verso il bene comune, lo può fare, il denaro è il suo, il tempo è il suo.
Al posto di fare qualcosa che tange la sfera prettamente personale, questi possono utilizzare i propri beni per elevare l'umanità verso nuovi orizzonti, ma il non farlo non colpevolizza nessuno, è solo una questione di punti di vista.

OT a parte mi piace la nuova propensione del mondo del calcolo ad utilzzare le architetture dei chip video, divenuti oramai potentissimi, spero che a breve anche il g92 e successori abbiano il loro applicativo, visto che i primi passi sono stati fatti da Nvidia in questa direzione.
Mi sembra ieri quando acquistai e montai l'8087 sul mio primo pc et volià magicamente apparve Mr. Autocad senza emulazione software, che bella la tecnologia, che bella la scienza, ma tornando all'OT senza ricerca non vai avanti:
- Folding e simili "sono dei piccoli passi per degli uomini, ma grandi passi per l'umanità"

[7D9]

Originariamente inviato da kralin

per far ricerca ci vuole il cervello, non è che si calcola tutto il calcolabile...
a me questo sembra più un esercizio di stile.
per carità utile alla comunità scientifica, ma non mi si venga a dire che porta qualche beneficio all'uomo della strada.

un modelllo su un core2 si fa in 2-10 ore max, poi bisogna studiarlo e usare il cervello...



forse ti sei perso il fatto che se il processore va al 5% o se non usi la scheda video il pc ti consuma almeno la metà (a seconda del processore o scheda video)...

Forse non sai quanto sia fondamentale l'uso di programmi al computer per la ricerca biomedica. Con il sequenziamento di interi genomi e sequenze proteiche si è venuta a creare una quantità di dati impressionante negli ultimi anni, che nessun cervello umano avrebbe potuto analizzare.
Per esempio cercare la corrispondenza di un gene all'interno del genoma umano (3 miliardi di coppie di basi) sarebbe una cosa impossibile da fare senza computer.

Lo stesso vale per le proteine, farmaci e molecole di vario tipo.


Per quanto riguarda il consumo energetico non mi sembra chissaché un oretta o due al giorno di utilizzo del processore. Ma ovviamente ognuno la pensa come vuole.
Dico solo che spesso certe persone (non mi sto riferendo a te) si attaccano a questi piccoli risparmi e poi magari lasciano la tele accesa in camera anche se nessuno la guarda, non hanno lampadine a basso consumo o hanno frigoriferi di 30 anni fa che consumano come un cluster intero di computer.

[Perbenista]

Leggendo alcuni dei commenti mi rendo conto che ho poco da stupirmi se l'italia è un paese di zoticoni ignoranti..Non a caso la gente che pensa solo ai comodi suoi la si manda pure al governo...e direi che è il giusto governante x dei giusti governati coglioni. W folding@home e la ricerca scientifica!

[kralin]

Originariamente inviato da 7D9

Forse non sai quanto sia fondamentale l'uso di programmi al computer per la ricerca biomedica.

ehm, mi sono appena preso un dottorato in bioinformatica...

Originariamente inviato da 7D9

Cosa vorresti dire con questo? Da un articolo scientifico ti aspetti che immediatamente ne tragga beneficio l'umanità intera?
I problemi scientifici non è che si risolvono in un colpo, si fanno studi, si pubblicano articoli,.. e poi se tutto va bene dopo anni di lavoro magari si ottiene un risultato.

quindi non mi si venga a dire che io traggo benefici dal folding @home, come sopra

Originariamente inviato da paulgazza

E secondo te sono poche? io nel mio lavoro ho a che fare con simulazioni che durano giorni... poi ti accorgi che un parametro andava cambiato e devi rifare tutto
Se posso mandare più sim in parallelo, è tempo guadagnato, ed il tempo è la cosa più preziosa che abbiamo

Quindi converrai con me nel dire che calcolare a caso non ha molto senso.
cmq non voglio aprire un flame, ho espresso la mia opinone, chi lo vuole usare lo faccia. io non lo faccio.

[Nightwalker]

Originariamente inviato da grogdunn

infondo il pc resta sempre acceso non è che consumo di più e quindi spendo di più IMHO

E ti sbagli di grosso.
Quando il processore o la gpu sono in idle consumano un tot, mentre in full consumano parecchio.

[iuccio]

Originariamente inviato da kralin

dire che la predizione di un folding possa essere di qualche reale utilità all'intera comunità è una falsità assurda. può portare a pubblicare qualche articolo, a mettere modelli in banche dati, ma non saranno mai con l'accuratezza necessaria per poter essere realmente utilii come si fa credere. il problema non è la potenza di calcolo, ma risolvere il problema del folding, cosa da cui si è ancora molto molto lontani.

Piano

Rosetta@home non è un progetto campato in aria. Lo scopo del progetto è proprio quello di migliorare gli algoritmi di folding, infatti spesso e volentieri le simulazioni prevedono il folding di proteine note partendo dalle catene di amminoacidi per valutare l'adattamento al modello reale.

Nota che Rosetta partecipa ogni anno al CASP ed ottiene ottimi risultati. Non è che fa il folding delle proteine perchè gli piace l'idea. Calcolando migliaia di volte, con parametri sempre diversi, i ricercatori scoprono di volta in volta come incrementare l'efficacia (e quindi l'efficienza) degli algoritmi di folding.

Proprio tu che sei laureato in Bioinformatica credo dovresti capire meglio di me, che sono laureato in Economia Internazionale, la "scienza dietro il progetto"

[Nightwalker]

Originariamente inviato da kralin

Quindi converrai con me nel dire che calcolare a caso non ha molto senso.
cmq non voglio aprire un flame, ho espresso la mia opinone, chi lo vuole usare lo faccia. io non lo faccio.

E' quello che mi sono messo a pensare qualche anno fa, ma che dati vengono calcolati?
Possibile che calcoli numeri a caso?
Oltre a calcolare i dati, in qualche modo li deve prendere no? Quindi ciuccia anche banda alla connessione.

[7D9]

kralin: dottorato in bioinformatica? Allora ci deve essere qualcosa che mi sfugge se chi ha un dottorato in informatica non vede di buon occhio questi progetti.

Tu ne saprai sicuramente più di me di queste cose. Mi potresti spiegare perchè un progetto che studia il folding delle proteine non dovrebbe portare benefici?
Adesso io ho in mente Rosetta@home perchè ci partecipo ed ero convinto che lo studio del folding ed allo stesso tempo il continuo miglioramento del programma fossero utili.
Essendo la funzione delle proteine direttamente legata alla sua struttura pensavo che un programma che a partire dalla sequenza amminoacidica mi dicesse la forma della proteina e quindi mi desse informazione sulla sua funzione (o non funzione in caso di patologie) fosse estremamente utile.
Un'altra applicazione credevo fosse anche lo studio di farmaci che, conoscendo la struttura della proteina, si legassero efficacemente al loro bersaglio.

Perché dici che tutto questo non sarebbe utile? Cosa mi sono perso? C'è qualche dettaglio di cui non sono al corrente?

[kralin]

Originariamente inviato da iuccio

Piano

Rosetta@home non è un progetto campato in aria. Lo scopo del progetto è proprio quello di migliorare gli algoritmi di folding, infatti spesso e volentieri le simulazioni prevedono il folding di proteine note partendo dalle catene di amminoacidi per valutare l'adattamento al modello reale.

Nota che Rosetta partecipa ogni anno al CASP ed ottiene ottimi risultati. Non è che fa il folding delle proteine perchè gli piace l'idea. Calcolando migliaia di volte, con parametri sempre diversi, i ricercatori scoprono di volta in volta come incrementare l'efficacia (e quindi l'efficienza) degli algoritmi di folding.

Proprio tu che sei laureato in Bioinformatica credo dovresti capire meglio di me, che sono laureato in Economia Internazionale, la "scienza dietro il progetto"

non parlavo di rosetta ma di folding @home.
quello che vorrei far notare è che se anche si predice correttamente una delle nmila strutture che ogni proteina assume in vivo, non è che si è finito il lavoro o si può sapere vita morte e miracoli della proteina.
è necessario fare un modello che simuli correttamente il comportamento di una proteina in soluzione in risposta degli stimoli (temperatura, legami di cofattori o altre proteine) e per questo ne passerà ancora di acqua sotto i ponti...

p.s. non sono laureato in bioinformatica...

[ulk]

Non per infierire ma

http://it.wikipedia.org/wiki/SETI%40...sso_e_critiche

http://it.wikipedia.org/wiki/SETI#Le_critiche_a_SETI

Ci sarebbe da dire anche questo, nei progetti su geni o farmaci achi poi vanno i soldi dei brevetti?

[kralin]

Originariamente inviato da 7D9

kralin: dottorato in bioinformatica? Allora ci deve essere qualcosa che mi sfugge se chi ha un dottorato in informatica non vede di buon occhio questi progetti.

Tu ne saprai sicuramente più di me di queste cose. Mi potresti spiegare perchè un progetto che studia il folding delle proteine non dovrebbe portare benefici?
Adesso io ho in mente Rosetta@home perchè ci partecipo ed ero convinto che lo studio del folding ed allo stesso tempo il continuo miglioramento del programma fossero utili.
Essendo la funzione delle proteine direttamente legata alla sua struttura pensavo che un programma che a partire dalla sequenza amminoacidica mi dicesse la forma della proteina e quindi mi desse informazione sulla sua funzione (o non funzione in caso di patologie) fosse estremamente utile.
Un'altra applicazione credevo fosse anche lo studio di farmaci che, conoscendo la struttura della proteina, si legassero efficacemente al loro bersaglio.

Perché dici che tutto questo non sarebbe utile? Cosa mi sono perso? C'è qualche dettaglio di cui non sono al corrente?

non dico che non è utile, quello che dico è che il gruppo dell'univesità di stanford che ha rilasciato i tool di certo non sviluppa farmaci. se un azienda deve fare farmaci, stai tranquillo che se li fa da sola i modelli e di certo non li rende pubblici. però va di moda pera vere finanziamenti, dire che qualunque ricerca uno fa

"può avere nell'arco di 10 anni importanti ripercussioni in campo medico come nella cura del cancro o dell'AIDS"

frase magica che si usa per la stampa, ma che non significa assolutamente nulla. ci vuole un pò di umiltà e di serietà, altrimenti si prende in giro la gente. a me sinceramente da fastidio che ci siano delle persone che pensano di fare dle bene, o di aiutare a curare una malattia grave lasciando accesa la ps o il pc, visto che la bolletta poi arriva a loro.

[kralin]

Originariamente inviato da ulk

Non per infierire ma

http://it.wikipedia.org/wiki/SETI%40...sso_e_critiche

http://it.wikipedia.org/wiki/SETI#Le_critiche_a_SETI

Ci sarebbe da dire anche questo, nei progetti su geni o farmaci achi poi vanno i soldi dei brevetti?

chiaramente a te che hai dato del tempo CPU...

[gabi.2437]

I risultati sono open eh...

[7D9]

Originariamente inviato da kralin

non parlavo di rosetta ma di folding @home.
quello che vorrei far notare è che se anche si predice correttamente una delle nmila strutture che ogni proteina assume in vivo, non è che si è finito il lavoro o si può sapere vita morte e miracoli della proteina.
è necessario fare un modello che simuli correttamente il comportamento di una proteina in soluzione in risposta degli stimoli (temperatura, legami di cofattori o altre proteine) e per questo ne passerà ancora di acqua sotto i ponti...

p.s. non sono laureato in bioinformatica...

Come dici tu le cose sono molto complesse e ovviamente servono anche esperimenti e studi sul campo, quindi si... di acqua sotto i ponti ne dovrà passare ancora tanta, ma facendo queste simulazioni al computer si cerca proprio di farla passare più in fretta.

Originariamente inviato da kralin

non dico che non è utile, quello che dico è che il gruppo dell'univesità di stanford che ha rilasciato i tool di certo non sviluppa farmaci. se un azienda deve fare farmaci, stai tranquillo che se li fa da sola i modelli e di certo non li rende pubblici. però va di moda pera vere finanziamenti, dire che qualunque ricerca uno fa

"può avere nell'arco di 10 anni importanti ripercussioni in campo medico come nella cura del cancro o dell'AIDS"

frase magica che si usa per la stampa, ma che non significa assolutamente nulla. ci vuole un pò di umiltà e di serietà, altrimenti si prende in giro la gente. a me sinceramente da fastidio che ci siano delle persone che pensano di fare dle bene, o di aiutare a curare una malattia grave lasciando accesa la ps o il pc, visto che la bolletta poi arriva a loro.

Io sono contento che folding o rosetta non sviluppino direttamente i farmaci, così sono sicuro che il mio contributo non verrà infognato da interessi commerciali e che i risultati siano pubblici.

Poi devo dire che nessuno ha mai preso in giro la gente. Nessuno ha mai detto che scaricando tale programma si trova la cura per cancro, AIDS o simili in breve tempo. E' logico che dalla ricerca di base all'applicazione concreta di tempo e lavoro ne deve passare tanto, ma senza questo tipo di ricerca è difficile arrivare a qualche risultato.

[iuccio]

Originariamente inviato da kralin

non parlavo di rosetta ma di folding @home.
quello che vorrei far notare è che se anche si predice correttamente una delle nmila strutture che ogni proteina assume in vivo, non è che si è finito il lavoro o si può sapere vita morte e miracoli della proteina.
è necessario fare un modello che simuli correttamente il comportamento di una proteina in soluzione in risposta degli stimoli (temperatura, legami di cofattori o altre proteine) e per questo ne passerà ancora di acqua sotto i ponti...

p.s. non sono laureato in bioinformatica...

Sì scusa, hai un dottorato In effetti è un'altra cosa.

In effetti non ho citato il fatto che Rosetta fa anche simulazioni di docking. Per il discorso dell'acqua sotto i ponti... se non lo fa Rosetta, chi lo fa? Le case farmaceutiche, ok. Ma ci mettono tanto. Se partono già da una buona base (appunto, Rosetta e i suoi risultati) ci metteranno di meno, o sbaglio?

[Faustinho DaSilva]

ottima e lodevole iniziativa... scusate ma dissentisco con tutti gli utenti che sono scettici...

[kralin]

preso dal sito folding @home:

Moreover, when proteins do not fold correctly (i.e. "misfold"), there can be serious consequences, including many well known diseases, such as Alzheimer's, Mad Cow (BSE), CJD, ALS, Huntington's, Parkinson's disease, and many Cancers and cancer-related syndromes.

ecco la frasetta magica...

chiaro che chiunque legge qui, pensa di essere utile alla cura di queste malattie.

non dico che non abbiano risultati scientificamente rilevanti ( ci mancherebbe, con quella sproporzionata potenza di calcolo che non avessero risultati)
ma è tutta teoria e niente che possa essere ricondotto alla pratica. quindi mettere questa frase in home page, per me significa prendere in giro la gente che se lo fa girare per un anno spende 100 euro al posto tuo.