AlphaFold 2 di Google risolve uno dei più grandi problemi della biologia, il ripiegamento delle proteine

[Redazione di Hardware Upg]

Link alla notizia: https://edge9.hwupgrade.it/news/inno...ine_93989.html

AlphaFold 2 è l'intelligenza artificiale sviluppata da DeepMind, parte della famiglia di Google, che ha risolto per la prima volta il problema del ripiegamento delle proteine in maniera convincente. Un passo in avanti notevole per la biologia

Click sul link per visualizzare la notizia.

[CYRANO]

Quindi basta Folding@Home ?



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[Paganetor]

Tra supercomputer e calcolo distribuito si possono fare notevoli passi in avanti. Il fatto è che ci troviamo di fronte problemi sempre più complessi da affrontare, per i quali la potenza di calcolo è attualmente insufficiente...

[DVD_Italia]

DOMANDA: Vi ricordate che per il Covid-19 era uscito un software ... ma com'è andata a finire?

[demon77]

io supporto da qualche anno il progetto "ROSETTA" su BOINC.. che se ho ben capito fa esattamente questo tipo di simulazione..

Quindi in buona sostanza adesso non serve più?

[demon77]

Originariamente inviato da DVD_Italia

DOMANDA: Vi ricordate che per il Covid-19 era uscito un software ... ma com'è andata a finire?

E' sempre il progetto ROSETTA.
E' stata fatta molta ricerca ed enormi quantità di simulazioni.. che non implica arrivare necessariamente ad un traguardo purtroppo.

Comunque molti dei risultati ottenuti da queste simulazioni probabilmente sono stati usati anche per lo sviluppo dei vaccini che stanno arrivnado ora.

[boboviz]

Originariamente inviato da CYRANO

Quindi basta Folding@Home ?

Assolutamente no.
Folding si occupa non solo di previsione di proteine, ma anche della loro interazione con altre proteine (tecnicamente si chiama "docking"), di proteine "più grandi" di quelle del Casp, ecc, ecc.

Quanto ottenuto da AlphaFold è incredibile, ma è solo l'inizio!!

[boboviz]

Originariamente inviato da demon77

io supporto da qualche anno il progetto "ROSETTA" su BOINC.. che se ho ben capito fa esattamente questo tipo di simulazione..

Quindi in buona sostanza adesso non serve più?

Come sopra, no.
Rosetta (come Folding) è una piattaforma di simulazioni eterogenee (ab_initio, folding, docking, ecc). Quello di AlphaFold è solo l'inizio (incredibile) di una fantastica avventura.
P.S. Il team di Rosetta e quello di AlphaFold, in passato, hanno già collaborato e collaboreranno ancora, introducendo nel codice di Rosetta parti di AlphaFold e viceversa.

[boboviz]

Originariamente inviato da Paganetor

Tra supercomputer e calcolo distribuito si possono fare notevoli passi in avanti. Il fatto è che ci troviamo di fronte problemi sempre più complessi da affrontare, per i quali la potenza di calcolo è attualmente insufficiente...

AI, reti neurali profonde e, in un futuro abbastanza lontano (ma non troppo) server quantistici, rivoluzioneranno letteralmente l'approccio alla biologia (e alla medicina).

[boboviz]

Originariamente inviato da demon77

Comunque molti dei risultati ottenuti da queste simulazioni probabilmente sono stati usati anche per lo sviluppo dei vaccini che stanno arrivnado ora.

Togli il "probabilmente".

[jepessen]

Originariamente inviato da boboviz

AI, reti neurali profonde e, in un futuro abbastanza lontano (ma non troppo) server quantistici, rivoluzioneranno letteralmente l'approccio alla biologia (e alla medicina).

Affermazioni analoghe a quelle di qualche decina di anni fa con l'avvento dei personal computer, e siamo finiti a pubblicare video di gattini e a dare voce a gente che crede che la terra sia piatta e che da fama mondiale a ragazzine che fanno smorfie in video di dieci secondi...

[jepessen]

Originariamente inviato da demon77

E' sempre il progetto ROSETTA.
Comunque molti dei risultati ottenuti da queste simulazioni probabilmente sono stati usati anche per lo sviluppo dei vaccini che stanno arrivnado ora.

Durante il primo lockdown i gestori del progetto folding@home avevano dichiarato che avrebbero dato priorita' alle proteine del coronavirus, e personalmente avevo la coda vuota. Ogni volta che finiva lo slot di calcolo il computer rimaneva ore senza fare niente in attesa di un nuovo slot disponibile...

[demon77]

Originariamente inviato da jepessen

Affermazioni analoghe a quelle di qualche decina di anni fa con l'avvento dei personal computer, e siamo finiti a pubblicare video di gattini e a dare voce a gente che crede che la terra sia piatta e che da fama mondiale a ragazzine che fanno smorfie in video di dieci secondi...

Sono due facce della stessa medaglia.

[demon77]

Originariamente inviato da jepessen

Durante il primo lockdown i gestori del progetto folding@home avevano dichiarato che avrebbero dato priorita' alle proteine del coronavirus, e personalmente avevo la coda vuota. Ogni volta che finiva lo slot di calcolo il computer rimaneva ore senza fare niente in attesa di un nuovo slot disponibile...

boh.
Io ho caricato su boinc il progetto rosetta ed è sempre sempre sempre attivo.
Mai lasciato la cpu a spasso.. a differenza degli altri progetti che a volte si fermano.

[boboviz]

Originariamente inviato da jepessen

Affermazioni analoghe a quelle di qualche decina di anni fa con l'avvento dei personal computer, e siamo finiti a pubblicare video di gattini e a dare voce a gente che crede che la terra sia piatta e che da fama mondiale a ragazzine che fanno smorfie in video di dieci secondi...

Se non sai come l'informatica ha rivoluzionato, negli ultimi decenni, la ricerca scientifica, non è mica colpa mia, eh.

[boboviz]

Originariamente inviato da jepessen

Durante il primo lockdown i gestori del progetto folding@home avevano dichiarato che avrebbero dato priorita' alle proteine del coronavirus, e personalmente avevo la coda vuota. Ogni volta che finiva lo slot di calcolo il computer rimaneva ore senza fare niente in attesa di un nuovo slot disponibile...

Nel primo periodo hanno avuto problemi a distribuire lavoro a causa delle molte richieste. Ma ormai, da un paio di mesi, il lavoro c'è ed è costante.

[TheAlchemyst]

Sicuramente un ottimo risultato che non potrà che migliorare.
Nel mio piccolo durante il lockdown ho dato il mio contributo alla ricerca sfruttando server online per studiare come il coronavirus attacca le nostre cellule. L'articolo compreso di video simulazione lo potete trovare qui https://chemrxiv.org/articles/Transition_Structures_Between_Unbound_and_Bound_SARS-CoV-2_Spike_Protein_to_Human_ACE2_Potential_Targets_for_Drug_Design/12385967/1?file=22821932

Nel tempo libero che il lavoro e la famiglia mi laaciano sto cercando anche la via per una cura ma purtroppo le mie capacità computazionali sono scarse.
Se qualcuno volesse contribuire alla causa vi lascio il link per la raccolta fondi dedicata all'acquisto di una workstation dedicata allo scopo.

gofund.me/d9dc49df

[boboviz]

Originariamente inviato da TheAlchemyst

Nel tempo libero che il lavoro e la famiglia mi laaciano sto cercando anche la via per una cura ma purtroppo le mie capacità computazionali sono scarse.
Se qualcuno volesse contribuire alla causa vi lascio il link per la raccolta fondi dedicata all'acquisto di una workstation dedicata allo scopo.

gofund.me/d9dc49df

Hai mai pensato di "tirar su" un progetto Boinc?

[TheAlchemyst]

No, purtroppo ai tempi di dottorato e vari assegni di ricerca avevo a disposizione una workstation personale. Avevo comunque guardato a boinc per i progetti più impegnativi ma all epoca era un po' troppo complicato. Controllerò. Grazie per il consiglio

[boboviz]

Originariamente inviato da TheAlchemyst

Avevo comunque guardato a boinc per i progetti più impegnativi ma all epoca era un po' troppo complicato. Controllerò. Grazie per il consiglio

Se ti interessa abbiamo fatto una guida in italiano su Boinc Italy per creare un progetto. E' stato molto semplificato negli anni (c'è addirittura una virtual machine pronta all'uso).