[C++] problema ricerca caratteri in fille txt

[Rinho]

Salve a tutti!
Devo leggere in c++ un file txt piuttosto pesante (3Gb) in particolare scorrere tutti i caratteri presenti, e "estrarre" da questo file solo determinati caratteri, in particolare quelli che sono preceduti dal carattere '>'.
Ad esempio per

>1
NNNNNNNNNNNNNNNN
CARATTERIDACOPIARE
NNNNNNNNNNNNNNNN
>2
NNNNNNNNNNNNNNNN
CARATTERIDACOPIARE
NNNNNNNNNNNNNNNN

vorrei estrarre solamente i caratteri "CARATTERIDACOPIARE", in modo da poterli in seguito inserire in una matrice, ma non so come fare.

Per prima cosa sto cercando nel file il carattere '>', ma quando compilo (uso dev-cpp) mi esce un errore relativo a strcmp(c,">"):

invalid conversion from 'char' to 'const char*'

char c;
while ( !file.eof() )
{
      file.get(c);
      if ( strcmp(c,">")==0 )
      {
          ....
      }
}

Spero di essere stato chiaro! Grazie !!

[lorenzo001]

strcmp serve a confrontare le stringhe (array di char) non semplici char come c

Devi usare una semplice if

if (c=='>') ...

[vendettaaaaa]

while (!file.eof()) non è correttissimo, sarebbe meglio while (file >> c).
Purtroppo non ricordo bene perchè, ma c'ero incappato anch'io tempo fa...forse perchè la prima volta che chiami eof() senza aver letto alcun carattere, file non ha ancora definito quella variabile. Quindi o while (file >> c) oppure prima del tuo while metti file.peek();

[!fazz]

Originariamente inviato da vendettaaaaa

while (!file.eof()) non è correttissimo, sarebbe meglio while (file >> c).
Purtroppo non ricordo bene perchè, ma c'ero incappato anch'io tempo fa...forse perchè la prima volta che chiami eof() senza aver letto alcun carattere, file non ha ancora definito quella variabile. Quindi o while (file >> c) oppure prima del tuo while metti file.peek();

penso che sono almeno 15 anni che uso eof() senza nessun problema

ovviamente vale quello che hai detto tu

getline

while(!fin.eof())
{
...
...
...
smandruppamenti vari della stringa
...
...
...


fin.getline

}

[Rinho]

ok, ho messo c=='>' ed effettivamente funziona...

Ma secondo voi è meglio usare cin.get o cin.getline (con quest'ultima prende l'intera stringa o ancora i caratteri)?

Sapreste anche dirmi come fare per prendere ciò che è dopo il ">1", ">2"...?

grazie!!

[Rinho]

Ho provato a scrivere codice cercando sui libri, per il vettore di char in cui inserire ciò che mi serve, ma non mi è chiara la scrittura con i doppi **: vettore è ancora un puntatore a char? che differenza c'è tra char* e char**?

char c;
char **vettore;
int i=0;
     
while ( !reference_fasta.eof() )
{
     file.get(c);     
     if ( c!='>' ) 
     {
          if (c!= 'N')
          {  
               cout << c;
               vettore = new (char*);  // allocazione dinamica?
               for (i=0; i<reference_fasta.eof() ; i++)
                   genomariferimento[i]= c ;
                
           }
      }
}

anche qui quando (secondo me) assegno genomariferimento[i]= c; il compilatore dà errore.

[lorenzo001]

Se non dici nulla su cosa sia

genomariferimento

nè sul messaggio d'errore del compilatore, ci vuole la sfera di cristallo per risponderti ...

[Rinho]

Originariamente inviato da lorenzo001

Se non dici nulla su cosa sia

genomariferimento

nè sul messaggio d'errore del compilatore, ci vuole la sfera di cristallo per risponderti ...

hai ragionissima... scusate, non avevo modificato.. :

char c;
char **vettore;
int i=0;
     
while ( !file.eof() )
{
     file.get(c);     
     if ( c!='>' ) 
     {
          if (c!= 'N')
          {  
               cout << c;
               vettore = new (char*);  // allocazione dinamica?
               for (i=0; i<file.eof() ; i++)
                   vettore[i]= c ;
                
           }
      }
}

il messaggio d'errore relativo a vettore[i]=c è ancora " invalid conversion from 'char' to 'char*' "

[lorenzo001]

Beh ... è normale perchè utilizzi un doppio puntatore a char invece di un puntatore semplice.

Dovrebbe essere un semplice

char *vettore;

e poi allocarlo con

vettore = new char[100];

se ti servono 100 caratteri ...

[Rinho]

il problema è proprio che non conosco la grandezza del vettore a priori. devo scorrere tutto il file txt (di 3Gb) ed estrarre solo i caratteri che mi servono.

[lorenzo001]

Ma tu devi allocare un buffer utile per leggere e memorizzare una sola riga e poi leggere nello stesso buffer ogni riga, una dopo l'altra.

Poi devi precisare meglio che vuoi dire con "estrarre", ovvero, li vuoi scrivere in un altro file o portarli in memoria?

[Rinho]

devo creare un vettore in memoria che contenga la sequenza di caratteri che interessano dell'intero file.

[tomminno]

Originariamente inviato da Rinho

devo creare un vettore in memoria che contenga la sequenza di caratteri che interessano dell'intero file.

Già che parliamo di C++ perchè non usarlo veramente?
Usa std::vector<char> invece di un array di char.

In ogni caso se il file è di 3Gb tenere tutto in memoria non è propriamente l'ideale. Servirebbero soluzioni alternative.