Per proteggere il CD dalla duplicazione puoi fare poco o niente... Anche le protezioni commerciali più famose si bypassano con niente...
Riguardo al proteggere i file allegati al progetto...potresti crittarli con qualche algoritmo... Comunque facendo reverse engineering sull'eseguibile si potrebbe scovare facilmente la chiave per decrittare i file... Le uniche protezioni che funzionano discretamente sono quelle su chiave hardware... Tanto per farti un esempio, queste:
http://www.smartkey.eutron.it/ita/home.asp