La cosa è fattibile a patto che i due filmati abbiano lo stesso "frame/rate", altrimenti si può comunque fare ma è più impegnativo...
Puoi usare
VirtualDubMod 1.5.10.1
Carichi il filmato...
Video---> Direct stream copy
Streams ---> Stream list ---> clicca su disable .... poi clicca su add e aggiungi la traccia audio che hai estratto dall'altro filmato.
File ---> Save as avi
Saluti
Mark-77