Con lo sdoppiatore molex non si risolve perché quello -nella stragrande maggioranza delle applicazioni- semplicemente sdoppia la linea dei 12V proveniente dall'alimentatore quindi il problema si amplificherebbe perché manderebbe tutte le 4 ventole al massimo.
Il case è vecchio e mal concepito (nessuna ventola frontale o superiore, supporto solo a ventole da 80) quindi non si può far molto per migliorare la situazione areazione. Per inciso un case fatto come vengono fatti oggi permette con meno ventole di ottenere risultati migliori
Comunque restando in tema, fan controller ce ne sono di tutti i gusti, mi sembra strano che quello integrato che stai usando abbia due canali diversi, forse ci sarebbe da indagare su questo punto, però partendo da questo presupposto, potresti puntare a qualche fan controller dedicato, dipende tutto dal budget. Se due ventole riesci a regolarle con l'hardcano potresti cercare qualcosa per regolare solo le altre due, qualcosa di semplice come questo che si monta all'interno del case e spunta dal retro tramite una delle feritoie PCI e con un reostato permette la regolazione della velocità delle ventole che vengono collegate.
Se il budget è maggiore ci sono sempre i rheobus che te le controllano anche tutte e quattro singolarmente ma non so se valga la pena (della serie a quel punto si potrebbe iniziare a pensare di cambiare il case ^^).
Altrimenti per stare sul super economico si usa il trucco della resistenza in serie (metodo che non approvo molto) in modo da far girare le ventole più lentamente.
Anche la modifica del connettore MOLEX viene spesso usata, per far girare le ventole a 7V invece che 12V. Quest'ultima modifica è la più economica ma non permette il controllo della ventola una volta fatto
