Prima della procedura dai il comando "vol X:" (dove "X" sta per la lettera dell'hard disk ?)
Questa procedura l'ho fatta molte volte e raramente mi ha dato problemi, strano che a te faccia storie.
Hai applicazioni che prima della procedura hanno avuto accesso all'hard disk esterno ? Magari sarebbe il caso di provare in modalitā provvisoria dove la maggior parte dei processi non viene aperto.
Prova inoltre ad aprire il CMD con privilegi da amministratore