Beh è tutto relativo. Io effettuo in genere una clonazione del sistema operativo, per evitarmi le rotture di formatta - installa - driver - ecc..
Se però vedi che è già un anno o due che il sistema operativo è installato, forse è il caso di optare per una bella installazione da 0, è sicuramente la più leggera e in genere ne vale la pena. Per il discorso dei programmi, se hai un tot di software che ti servono, non ci sono particolari ordini da seguire, installali e basta
Per consentire al sistema operativo di rimanere "snello" il mio consiglio è di monitorare con
msconfig i vari programmi che partono insieme al computer, e di tenere solo quelli strettamente necessari.