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Non sono sicuro, chiedevo perché il tool non dovrebbe andare sotto linux, ma magari potrebbe leggere la partizione in ext4..quindi prima di formattare, direi di provare come proponevi a montarlo in un box e collegarlo via USB ad un computer con Windows..male che vada se non è in grado di effettuare la verifica, puoi appunto formattarlo in FAT32/NTFS e rifare il procedimento da capo (ammesso che tu possa formattare senza problemi).
In ogni caso, se non l'hai già fatto, urge un backup/copia di tutti i file importanti.
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