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Dipende più che altro da quello che devi fare: non ci sono controindicazioni in sé, ma in genere non si partizionano per via del poco spazio che mettono a disposizione: si mantiene intero lo spazio per il sistema operativo+programmi e per lo storage ci si affida ai classici hard disk meccanici.
In ogni caso, se l'SSD è allineato e settato correttamente, non ci sono particolari motivi per non partizionare. Siccome vuoi mantenere libero dello spazio per un futuro sistema operativo, per i tuoi scopi la scelta è stata giusta secondo me.
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