Puran Defrag (e non solo lui) offre l'opzione per deframmentare da tasto destro del mouse, quindi se i file sono in una cartella puoi deframmentarlì in questo modo che è la soluzione che più si avvicina, ne ho provati tanti ma almeno nei free non ho mai visto una opzione come quella di cui hai bisogno tu che è invece presente in alcuni a pagamento come "O&O Defrag" se non lo hanno cambiato ultimamente.
Alcuni potrebbero supportare file batch o script fatti in modo da deframmentare solo determinate directory ma penso che quella da tasto destro sia la più comoda ma dipende dalle tue esigenze.
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