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Mi sta venendo in mente un altro modo...e se si mantenesse una lista di file ?
Poi con diff si trovano facilmente quelli da aggiungere e quelli da togliere.
Con un signal handler (ad esempio su SIGHUP) potremmo caricare il file da una posizione nota e aggiungere e togliere i file con inotfy_add* e inotify_remove*.
E' un po' però che non mi scontro con i signal handler.
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