ciao
farlo con IE non ti va bene perchè i file sono troppi o perchè perdi qualcosa?
di programmi mi sembra che ce ne siano
http://www.google.it/search?q=batch+...ient=firefox-a
puoi usare la trial di quello che ti sembra più idoneo e convertire tutto nel tempo consentito, sempre che non ti lasci qualche pubblicità nei file convertiti...