[Khronos]

certo che è possibile.
se però la tua intenzione è quella di reinstallare da zero windows, è molto più conveniente far uscire i dati importanti dal pc (cd, dvd, chiavette), formattare, reinstallare. Se il sistema operativo presente in questo momento non funziona, non importa. a questo penseranno sistemi operativi funzionanti da cd, senza installazione (molti live cd di linux, ad esempio, o la BartPe....). tramite loro estrapolerai sui dispositivi esterni i dati, indi riavvii il pc con il cd di windows et voilà, format.
se installi prima su D e poi cancelli su C, l'installazione su D creerà un dual boot (eliminabile tranquillamente) e in ogni caso i file d'avvio rimarranno su C.