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Potresti usare fscanf; ma allora la dimensione della matrice dovrebbe essere fissa, oppure la stringa di formato (primo argomento di scanf, e secondo di fscanf) dovrebbe essere costruita volta per volta... senza contare i problemi con i newline...
Oppure, potresti leggere una riga alla volta con fgets, spezzettarla con strtok in stringhe più piccole ognuna contenente un solo numero, e convertire queste stringhe in oggetti di tipo double con atof.
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