beh hai fatto i fori per gli angolari ma una volta chiuso il case, per sigillare il tutto puoi usare il silicone trasparente che si usa anche per gli acquari
l'evaporazione è un fenomeno naturale, ma ovviamente in altro dovresti lasciare un foro con un tappo per rabboccare l'acqua e eventualmente svuotarla all'occorrenza!
per i microorganismi, io ti sconsigli di utilizzarli per 2 motivi:
1 non sarebbe eticamente corretto
2 gli organismi tendono a sporcare l'acqua, e diventerebbe difficile pulire l'interno una volta assemblato il tutto, quindi l'idea delle piante marine (finte) secondo me è l'ideale perchè non solo non sporcano, ma puoi utilizzare liquidi colorati al posto dell'acqua! Ad esempio blu! (sai che effetto?

)