Non me la sentirei di dire che sia un problema di schermature e di interferenza elettromagnetiche. Primo perchè nella stragrande maggioranza dei PC i floppy lavorano in prossimità delgi HD senza presentare il problema da te rilevato e secondo perchè all'interno di un case...di interferenze elettromagnetiche ce ne sono a iosa. Ti sei assicurato che non vi siano problemi con il cavo del floppy che magari se ripiegato (come accade quando il floppy sta nel case) impedisce una connessione salda?
Se così non è direi che la tua idea di scambiare floppy e lettore memory può darti un'indicazione in più sul fatto che siano o meno le interferenze a creare il problema (magari hai un HD che stranamente "spara onde" in maniera abnorme

).
Insomma tentar non nuoce.