Estenuante installazione su linux!

[HDisperate]

Allora, è circa una settimana che provo ad installare un programma, scaricato da FSF, su Ubuntu. I primi 4 giorni li ho passati a soddisfare le dipendenze, poi 2 giorni per capire cosa non andasse visto che si bloccava (altra dipendenza a quanto pare) infine sono 2 giorni che ottengo sempre lo stesso messaggio.
Il programma è "ecell"(E' di biologia cellulare/molecolare, non ho scritto male excell :D ) e, dopo aver soddisfatto 3000 dipendenze arrivo ad un punto in cui ottengo "syntax error near unexpected token `('"; per completezza vi incollo le ultime righe del terminale:
...
checking math usability... no
checking math presence... no
checking for math... no
checking cmath usability... yes
checking cmath presence... yes
checking for cmath... yes
checking for dmtool dir... /home/antonio/Desktop/ecell-3.1.105
checking for headers required to compile python extensions... ./configure: line 21611: syntax error near unexpected token `('
./configure: line 21611: `case "(($ac_try" in'
configure: error: ./configure failed for ecell

Qualcuno sa di che si tratta e come poter ovviare? Sarebbe già il terzo programma al quale rinuncio per indisposizione del sistema operativo :D

[xyz3D]

Il problema non è il sistema operativo.

Il problema è che ti mancano credo dei moduli in Python (forse python-dev) e non puoi compilare il programma (che non conosco).

[HDisperate]

ho installato python-dev, ma nulla... ancora lo stesso errore

[ilsensine]

Puoi allegare il file config.log?

[HDisperate]

Eccolo

[ilsensine]

Il file fantasma...

(hint: comprimilo con gzip)

[HDisperate]

Eccolo

No, a quanto pare è troppo pesante
lo spezzo in 2 parti
Qui c'è il primo

[HDisperate]

E qui il secondo
Si, hai ragione, non ho pensato a comprimerlo :P

[zephyr83]

qualcuno si domanda ancora a cosa servono i PBI (o simili)? :sofico: in casi come questo sn d'oblbigo a mio avviso!!

[ilsensine]

Da quello che leggo dovrebbe esserci un altro config.log dentro la sottodirectory ecell. Puoi controllare?

[HDisperate]

io ne vedo uno solo :S

[Fil9998]

qualcuno si domanda ancora a cosa servono i PBI (o simili)? :sofico: in casi come questo sn d'oblbigo a mio avviso!!

mi sa che siamo giusto in due a pensarla così.

[ilsensine]

Dal secondo file che hai allegato:

configure:20685: === configuring in libltdl (/home/antonio/Desktop/ecell-3.1.105/libltdl)
configure:20788: running /bin/bash ./configure '--prefix=/usr/local' '--enable-ltdl-convenience' --cache-file=/dev/null --srcdir=.
configure:20685: === configuring in dmtool (/home/antonio/Desktop/ecell-3.1.105/dmtool)
configure:20788: running /bin/bash ./configure '--prefix=/usr/local' '--enable-ltdl-convenience' --cache-file=/dev/null --srcdir=.
configure:20685: === configuring in ecell (/home/antonio/Desktop/ecell-3.1.105/ecell)
configure:20788: running /bin/bash ./configure '--prefix=/usr/local' '--enable-ltdl-convenience' --cache-file=/dev/null --srcdir=.
configure:20793: error: ./configure failed for ecell

sembrerebbe entrare nelle sottodirectory indicate (libltdl, dmtool, ecell) ed eseguire unteriori configure da lì...

[HDisperate]

si hai ragione, li allego qua!

[ilsensine]

Il log è sano, c'è proprio un errore di sintassi in configure.
Mi scarico il pacchetto e do una occhiata...

[HDisperate]

Ok, thx!

[ilsensine]

non mi si apre il sito :muro:
Tu da dove hai scaricato?

[HDisperate]

http://directory.fsf.org/science/biology/

Si chiama E-Cell Simulation Environment

[ilsensine]

...sulla mia Etch il configure va a buon fine :muro:

L'unica differenza è che seguendo il tuo link mi sono ritrovato la ver. 3.1.103 invece della 3.1.105. Non credo che faccia differenza.

e, per la cronaca, occorre modificare i sorgenti per compilarlo con il gcc 4.x.
Fatto questo, si blocca nella compilazione più avanti :mc:

Quel programma non sembra più mantenuto.

[HDisperate]

Tu che versione hai installato quindi? la 3.1.103?
Che vuol dire che non è mantenuto?

Beh, io non mi sono mai addentrato nella programmazione e quindi per me è un pò difficile immedesimarmi, già il fatto che un programma vada compilato e poi installato mi lascia perplesso:P

Tra l'altronon so mai come associare errori a problemi: finchè sono dipendenze ok! ma adesso per esempio, per un altro programma sto avendo quest'errore:
main.c: At top level:
main.c:5965: error: expected ‘)’ before ‘*’ token
main.c:5995: error: expected ‘)’ before ‘*’ token
make: *** [main.o] Error 1
Altro errore di sintassi?! Inutile dire che questi sono frequentissimi e fin'ora sono stati frequentissiimi i miei fallimenti nell'installazione. Non mi piacerebbe arrivare ad usare linux solo per quei 4 programmi a "papa pronta", vorrei usarlo quasi al pari di Windows

[ilsensine]

Guarda, se PROPRIO hai disperato bisogno di quel programma, ci sono i precompilati per Fedora 5:
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=72485
Devi anche installare quanto detto qui:
http://ecell.sourceforge.net/download.html
ma è roba che puoi trovare precompilata per FC5.
A questo punto installa FC5 (anche dentro una macchina virtuale qemu o vmware) e vivi tranquillo (forse).

Direi che non è il caso di perdere ulteriore tempo con quei sorgenti...

[ilsensine]

Ok ho trovato la 3.1.105, l'ho compilata e installata tranquillamente su Debian Etch (rulez).

[R4iDei]

mi sa che siamo giusto in due a pensarla così.

Fai pure 3

[HDisperate]

Guarda, se PROPRIO hai disperato bisogno di quel programma, ci sono i precompilati per Fedora 5:
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=72485
Devi anche installare quanto detto qui:
http://ecell.sourceforge.net/download.html
ma è roba che puoi trovare precompilata per FC5.
A questo punto installa FC5 (anche dentro una macchina virtuale qemu o vmware) e vivi tranquillo (forse).

Direi che non è il caso di perdere ulteriore tempo con quei sorgenti...

Ma come mai l'installazione è così turbolenta per questi programmi?
Cioè, io ho sempre installato con linux dovendo soddisfare al massimo tantissime dipendenze, non ho mai avuti problemi simili. invece pare he sia così per tutti i programmi (o quasi, uno si salva) della sezione biologia e chimica(degli altri non so perchè non ho provato ma posso immaginare...).

[ilsensine]

Ma come mai l'installazione è così turbolenta per questi programmi?
In effetti la versione 105 da me si installa tranquillamente, le dipendenze necessarie le installo in poco tempo con synaptic.
Credo a questo punto in un bug nel bash di ubuntu che ti ha fatto quello scherzetto...

[Artemisyu]

Fai pure 3

Se chi ha creato il programma avesse creato un deb sarebbe stata la stessa cosa che creare un pbi.

[R4iDei]

Se chi ha creato il programma avesse creato un deb sarebbe stata la stessa cosa che creare un pbi.

Con l'unica differenza che un pbi funzionerebbe su qualunque distribuzione con qualunque versione delle librerie da cui dipende il programma

[HDisperate]

In effetti la versione 105 da me si installa tranquillamente, le dipendenze necessarie le installo in poco tempo con synaptic.
Credo a questo punto in un bug nel bash di ubuntu che ti ha fatto quello scherzetto...
E come potrei risolvere?

[Herod2k]

...Debian Etch (rulez).

e qui ci vuole una Standing ovation :D :D :D

[ilsensine]

E come potrei risolvere?
Installando etch, ovvio.
Oppure dandomi la tua mail, così ti spedisco il pacchetto già ./configurato e pronto per il make.

[ilsensine]

Installando etch, ovvio.
Oppure dandomi la tua mail, così ti spedisco il pacchetto già ./configurato e pronto per il make.
come non detto, sono 5MB di roba, non credo che il tuo mail server li accetterà mai :muro:

[zephyr83]

come non detto, sono 5MB di roba, non credo che il tuo mail server li accetterà mai :muro:
5 MB di roba? per così poco? Perché nn dovrebbe accettarli?