[Dane]

spero sia utile:
io ho un portatile con il southbridge ICH4, quindi 100% ATA, o PATA come lo vogliate chiamare.

Da quando ho disabilitato (nel senso di piallato) nel kernel i driver ATA e abilitato i drivers SATA (almeno su x86 sono marchiati sperimentali) ho tutto quanto su sata. In tal modo i driver pata vengono emulati su quelli sata (ciò è quanto ho capito)
Al primo reboot ho avuto anch'io qualche kernel panic, dovuto all'impostazione di grub che indicava la partizione di root su hda5, mentre con i nuovi drivers sata doveva essere sda5.

In linea di massima se non riesce a caricare la partizione di root può essere che
- hai abilitato il supporto al filesystem (della partizione di root) come modulo (invece va messa con built-in);
- i drivers del controller del disco (dove sta /) non vanno bene
- hai cannato qualcosa nel grub.conf........o male che vada qualche opzione da passare al kernel.

Altra cosa: prova a disabilitare completamente uno dei due tipi di controller (magari staccando anche qualche disco), così per forza di cose riuscirai ad individuare il problema.